test/jalview/schemes/HelixColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class HelixColourSchemeTest
  10 {
  11   /**
  12    * Turn colours are based on the scores in ResidueProperties.helix A = 1.42, R
  13    * = 0.98, N = 0.67, D = 1.01... min = 0.57 max = 1.51
  14    * <p>
  15    * scores are scaled to c 0-1 between min and max and colour is (c, 1-c, c)
  16    */
  17   @Test(groups = "Functional")
  18   public void testFindColour()
  19   {
  20     ScoreColourScheme scheme = new HelixColourScheme();
  21
  22     float min = 0.57f;
  23     float max = 1.51f;
  24     float a = (1.42f - min) / (max - min);
  25     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null), new Color(a, 1 - a, a));
  26
  27     float d = (1.01f - min) / (max - min);
  28     assertEquals(scheme.findColour('D', 0, null), new Color(d, 1 - d, d));
  29
  30     assertEquals(scheme.findColour('-', 0, null), Color.WHITE);
  31   }
  32
  33 }