test/jalview/schemes/HmmerGlobalBackgroundTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.HMMFile;
  10
  11 import java.awt.Color;
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.net.MalformedURLException;
  14
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class HmmerGlobalBackgroundTest {
  18
  19   @Test(groups = "Functional")
  20   public void testFindColour() throws MalformedURLException, IOException
  21   {
  22     HMMFile file = new HMMFile("test/jalview/io/test_PKinase_hmm.txt",
  23             DataSourceType.FILE);
  24
  25     SequenceI hmmSeq = file.getSeqsAsArray()[0];
  26     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { hmmSeq });
  27     ColourSchemeI scheme = new HmmerGlobalBackground(al);
  28
  29     /*
  30      * 'A' in column 1, node 2, match emission 2.77204
  31      * e-2.77204 = 0.0625
  32      * background frequency is 0.0826
  33      * ratio is 0.757, log is negative, colour is Orange
  34      */
  35     Color actual = scheme.findColour('A', 1, null, null, 0);
  36     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  37
  38     // gap is white
  39     actual = scheme.findColour('-', 2, null, null, 0);
  40     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  41     actual = scheme.findColour(' ', 2, null, null, 0);
  42     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  43     actual = scheme.findColour('.', 2, null, null, 0);
  44     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  45
  46     /*
  47      * 'Y' in column 4, node 5, match emission 4.41426
  48      * e-4.41426 = 0.0121
  49      * background frequency is 0.0292
  50      * ratio is 0.414, log is negative, colour is Orange
  51      */
  52     actual = scheme.findColour('Y', 4, null, null, 0);
  53     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  54
  55     /*
  56      * 'M' in column 109, no matching node, colour is reddish
  57      */
  58     actual = scheme.findColour('M', 109, null, null, 0);
  59     assertEquals(actual, new Color(230, 0, 0));
  60
  61     /*
  62      * 'I' in column 6, node 7, match emission 1.33015
  63      * e-1.33015 = 0.2644
  64      * background frequency is 0.0593
  65      * ratio is 4.459, log is 1.495
  66      * colour is graduated 1.495/4.52 or 84/255 of the way from
  67      * white(255, 255, 255) to blue(0, 0, 255)
  68      */
  69     actual = scheme.findColour('I', 6, null, null, 0);
  70     assertEquals(actual, new Color(171, 171, 255));
  71
  72     /*
  73      * 'V' in column 14, node 15, match emission 0.44769
  74      * e-0.44769 = 0.6391
  75      * background frequency is 0.0686
  76      * ratio is 9.316, log is 2.232
  77      * colour is graduated 2.232/4.52 or 126/255 of the way from
  78      * white(255, 255, 255) to blue(0, 0, 255)
  79      */
  80     actual = scheme.findColour('V', 14, null, null, 0);
  81     assertEquals(actual, new Color(129, 129, 255));
  82
  83     /*
  84      * invalid symbol is White
  85      */
  86     actual = scheme.findColour('X', 2, null, null, 0);
  87     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  88   }
  89
  90 }