test/jalview/schemes/HmmerLocalBackgroundTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.io.DataSourceType;
  10 import jalview.io.HMMFile;
  11
  12 import java.awt.Color;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.net.MalformedURLException;
  15
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18 public class HmmerLocalBackgroundTest {
  19
  20   @Test(groups = "Functional")
  21   public void testFindColour() throws MalformedURLException, IOException
  22   {
  23     HMMFile file = new HMMFile("test/jalview/io/test_PKinase_hmm.txt",
  24             DataSourceType.FILE);
  25
  26     /*
  27      * alignment with 20 residues and background frequencies:
  28      * A/a, S 3/20 = 0.15
  29      * M, K 4/20 = 0.2
  30      * V 2/20 = 0.1
  31      * Q, R, L 1/20 = 0.05
  32      * log(totalCount) = log(20) = 2.996
  33      */
  34     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "AAMMMKKKVV");
  35     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "aAM-QKRSSSL");
  36     SequenceI hmmSeq = file.getSeqsAsArray()[0];
  37     AnnotatedCollectionI ac = new Alignment(
  38             new SequenceI[]
  39             { hmmSeq, seq1, seq2 });
  40     ColourSchemeI scheme = new HmmerLocalBackground(ac);
  41
  42     /*
  43      * 'A' in column 1, node 2, match emission 2.77204
  44      * e-2.77204 = 0.0625
  45      * background frequency is 0.15
  46      * ratio is < 1, log is negative, colour is Orange
  47      */
  48     Color actual = scheme.findColour('A', 1, null, null, 0);
  49     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  50
  51     // gap is white
  52     actual = scheme.findColour('-', 2, null, null, 0);
  53     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  54     actual = scheme.findColour(' ', 2, null, null, 0);
  55     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  56     actual = scheme.findColour('.', 2, null, null, 0);
  57     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  58
  59     /*
  60      * 'L' in column 3, node 4, match emission 1.98342
  61      * e-1.98342 = 0.1376
  62      * background frequency is 0.05
  63      * ratio is 2.752, log is 1.012
  64      * colour is graduated 1.012/2.996 or 86/255 of the way from
  65      * white(255, 255, 255) to blue(0, 0, 255)
  66      */
  67     actual = scheme.findColour('L', 3, null, null, 0);
  68     assertEquals(actual, new Color(169, 169, 255));
  69
  70     /*
  71      * invalid symbol is White
  72      */
  73     actual = scheme.findColour('X', 2, null, null, 0);
  74     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  75   }
  76
  77 }