test/jalview/schemes/HydrophobicColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class HydrophobicColourSchemeTest
  10 {
  11   /**
  12    * Turn colours are based on the scores in ResidueProperties.hyd A = 1.8, R =
  13    * -4.5, N = -3.5, D = -3.5... min = -3.9 max = 4.5
  14    * <p>
  15    * scores are scaled to c 0-1 between min and max and colour is (c, 0, 1-c)
  16    */
  17   @Test(groups = "Functional")
  18   public void testFindColour()
  19   {
  20     ScoreColourScheme scheme = new HydrophobicColourScheme();
  21
  22     float min = -3.9f;
  23     float max = 4.5f;
  24     float a = (1.8f - min) / (max - min);
  25     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null),
  26  new Color(a, 0, 1 - a));
  27
  28     float d = (-3.5f - min) / (max - min);
  29     assertEquals(scheme.findColour('D', 0, null),
  30  new Color(d, 0, 1 - d));
  31
  32     assertEquals(scheme.findColour('-', 0, null), Color.WHITE);
  33   }
  34
  35 }