test/jalview/schemes/PIDColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class PIDColourSchemeTest
  10 {
  11   /**
  12    * Test findColour for cases:
  13    * <ul>
  14    * <li>gap: white</li>
  15    * <li>no match to consensus: white</li>
  16    * <li>match consensus with pid > 80%: 100,100,255</li>
  17    * <li>match consensus with pid > 60%: 153, 153, 255</li>
  18    * <li>match consensus with pid > 40%: 204, 204, 255</li>
  19    * <li>match consensus with pid <= 40%: white</li>
  20    * <li>joint consensus matching</li>
  21    * <li>case insensitive matching</li>
  22    * <ul>
  23    */
  24   @Test
  25   public void testFindColour()
  26   {
  27     ColourSchemeI scheme = new PIDColourScheme();
  28
  29     Color over40 = new Color(204, 204, 255);
  30     Color over60 = new Color(153, 153, 255);
  31     Color over80 = new Color(100, 100, 255);
  32
  33     /*
  34      * doesn't use column or sequence
  35      */
  36     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 0f), Color.white);
  37     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 40f), Color.white);
  38     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 40.1f), over40);
  39     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 60f), over40);
  40     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 60.1f), over60);
  41     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 80f), over60);
  42     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 80.1f), over80);
  43     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 100f), over80);
  44
  45     assertEquals(scheme.findColour('a', 0, null, "A", 80f), over60);
  46     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "a", 80f), over60);
  47     assertEquals(scheme.findColour('a', 0, null, "a", 80f), over60);
  48     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "AC", 80f), over60);
  49     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "KCA", 80f), over60);
  50   }
  51 }