test/jalview/schemes/PIDColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.gui.AlignFrame;
   7 import jalview.gui.AlignViewport;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.FileLoader;
  10
  11 import java.awt.Color;
  12
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 public class PIDColourSchemeTest
  16 {
  17   static final Color white = Color.white;
  18
  19   static final Color over40 = new Color(204, 204, 255);
  20
  21   static final Color over60 = new Color(153, 153, 255);
  22
  23   static final Color over80 = new Color(100, 100, 255);
  24
  25   /**
  26    * Test findColour for cases:
  27    * <ul>
  28    * <li>gap: white</li>
  29    * <li>no match to consensus: white</li>
  30    * <li>match consensus with pid > 80%: 100,100,255</li>
  31    * <li>match consensus with pid > 60%: 153, 153, 255</li>
  32    * <li>match consensus with pid > 40%: 204, 204, 255</li>
  33    * <li>match consensus with pid <= 40%: white</li>
  34    * <li>joint consensus matching</li>
  35    * <li>case insensitive matching</li>
  36    * <ul>
  37    */
  38   @Test(groups = "Functional")
  39   public void testFindColour()
  40   {
  41     ColourSchemeI scheme = new PIDColourScheme();
  42
  43     /*
  44      * doesn't use column or sequence
  45      */
  46     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 0f), white);
  47     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 40f), white);
  48     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 40.1f), over40);
  49     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 60f), over40);
  50     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 60.1f), over60);
  51     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 80f), over60);
  52     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 80.1f), over80);
  53     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 100f), over80);
  54     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "KFV", 100f), white);
  55
  56     assertEquals(scheme.findColour('a', 0, null, "A", 80f), over60);
  57     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "a", 80f), over60);
  58     assertEquals(scheme.findColour('a', 0, null, "a", 80f), over60);
  59     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "AC", 80f), over60);
  60     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "KCA", 80f), over60);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Test that changing the 'ignore gaps in consensus' in the viewport (an
  65    * option on the annotation label popup menu) results in a change to the
  66    * colouring
  67    */
  68   @Test(groups = "Functional")
  69   public void testFindColour_ignoreGaps()
  70   {
  71     /*
  72      * AAAAA
  73      * AAAAA
  74      * -CCCC
  75      * FFFFF
  76      *
  77      * first column consensus is A
  78      * first column PID is 50%, or 67% ignoring gaps
  79      */
  80     String seqs = ">seq1\nAAAAA\n>seq2\nAAAAA\n>seq3\n-CCCC\n>seq4\nFFFFF\n";
  81     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqs,
  82             DataSourceType.PASTE);
  83     AlignViewport viewport = af.getViewport();
  84     viewport.setIgnoreGapsConsensus(false, af.alignPanel);
  85     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.PID.toString());
  86
  87     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);
  88
  89     /*
  90      * including gaps, A should be coloured for 50% consensus
  91      */
  92     Color c = viewport
  93             .getResidueShading().findColour('A', 0, seq);
  94     assertEquals(c, over40);
  95
  96     /*
  97      * now choose to ignore gaps; colour should be for 67%
  98      */
  99     viewport.setIgnoreGapsConsensus(true, af.alignPanel);
 100     c = viewport
 101             .getResidueShading().findColour('A', 0, seq);
 102     assertEquals(c, over60);
 103   }
 104 }