test/jalview/schemes/ResidueColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Profile;
   8
   9 import java.awt.Color;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class ResidueColourSchemeTest
  14 {
  15   @Test(groups = "Functional")
  16   public void testAboveThreshold()
  17   {
  18     /*
  19      * make up profiles for this alignment:
  20      * AR-Q
  21      * AR--
  22      * SR-T
  23      * SR-T
  24      */
  25     Profile[] profiles = new Profile[4];
  26     profiles[0] = new Profile(4, 0, 2, "AS");
  27     profiles[1] = new Profile(4, 0, 4, "R");
  28     profiles[2] = new Profile(4, 4, 0, "");
  29     profiles[3] = new Profile(4, 1, 2, "T");
  30     ResidueColourScheme rcs = new ResidueColourScheme();
  31     rcs.setConsensus(profiles);
  32
  33     /*
  34      * no threshold
  35      */
  36     rcs.setThreshold(0, true);
  37     assertTrue(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  38     assertTrue(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  39     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 0));
  40     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  41     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  42     assertTrue(rcs.aboveThreshold('t', 3));
  43     assertFalse(rcs.aboveThreshold('Q', 3));
  44
  45     /*
  46      * with threshold, include gaps
  47      */
  48     rcs.setThreshold(60, false);
  49     assertFalse(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  50     assertFalse(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  51     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  52     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  53     assertFalse(rcs.aboveThreshold('t', 3)); // 50% < 60%
  54
  55     /*
  56      * with threshold, ignore gaps
  57      */
  58     rcs.setThreshold(60, true);
  59     assertFalse(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  60     assertFalse(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  61     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  62     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  63     assertTrue(rcs.aboveThreshold('t', 3)); // 67% > 60%
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Test colour bleaching based on conservation score and conservation slider.
  68    * Scores of 10 or 11 should leave colours unchanged. Gap is always white.
  69    */
  70   @Test(groups = "Functional")
  71   public void testApplyConservation()
  72   {
  73     ResidueColourScheme rcs = new ResidueColourScheme();
  74
  75     // no conservation present - no fading
  76     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 12));
  77
  78     // cheat by setting conservation sequence directly
  79     // rather than calculating it - good enough for this test
  80     String consensus = "0123456789+*-";
  81     rcs.conservation = consensus.toCharArray();
  82
  83     // column out of range:
  84     assertEquals(Color.RED,
  85             rcs.applyConservation(Color.RED, consensus.length()));
  86
  87     /*
  88      * with 100% threshold, 'fade factor' is
  89      * (11-score)/10 * 100/20 = (11-score)/2
  90      * which is >= 1 for all scores i.e. all fade to white except +, *
  91      */
  92     rcs.setConservationInc(100);
  93     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 0));
  94     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 1));
  95     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 2));
  96     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 3));
  97     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 4));
  98     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 5));
  99     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 6));
 100     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 7));
 101     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 8));
 102     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 9));
 103     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 10));
 104     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 11));
 105     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 12));
 106
 107     /*
 108      * with 0% threshold, there should be no fading
 109      */
 110     rcs.setConservationInc(0);
 111     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 0));
 112     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 1));
 113     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 2));
 114     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 3));
 115     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 4));
 116     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 5));
 117     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 6));
 118     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 7));
 119     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 8));
 120     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 9));
 121     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 10));
 122     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 11));
 123     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 12)); // gap
 124
 125     /*
 126      * with 40% threshold, 'fade factor' is
 127      * (11-score)/10 * 40/20 = (11-score)/5
 128      * which is {>1, >1, >1, >1, >1, >1, 1, 0.8, 0.6, 0.4} for score 0-9
 129      * e.g. score 7 colour fades 80% of the way to white (255, 255, 255)
 130      */
 131     rcs.setConservationInc(40);
 132     Color colour = new Color(155, 105, 55);
 133     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 0));
 134     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 1));
 135     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 2));
 136     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 3));
 137     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 4));
 138     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 5));
 139     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 6));
 140     assertEquals(new Color(235, 225, 215), rcs.applyConservation(colour, 7));
 141     assertEquals(new Color(215, 195, 175), rcs.applyConservation(colour, 8));
 142     assertEquals(new Color(195, 165, 135), rcs.applyConservation(colour, 9));
 143     assertEquals(colour, rcs.applyConservation(colour, 10));
 144     assertEquals(colour, rcs.applyConservation(colour, 11));
 145     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 12));
 146   }
 147 }