test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
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  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  24
  25 import java.util.Map;
  26
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class ScoreMatrixPrinter
  30 {
  31   @Test(groups = { "Functional" })
  32   public void printAllMatrices()
  33   {
  34     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  35             .entrySet())
  36     {
  37       System.out.println("Matrix " + sm.getKey());
  38       System.out.println(sm.getValue().toString());
  39     }
  40   }
  41
  42   @Test(groups = { "Functional" })
  43   public void printHTMLMatrices()
  44   {
  45     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> _sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  46             .entrySet())
  47     {
  48       if (_sm.getValue() instanceof ScoreMatrix)
  49       {
  50         ScoreMatrix sm = (ScoreMatrix) _sm.getValue();
  51         System.out.println("Matrix " + _sm.getKey());
  52         System.out.println(sm.outputMatrix(true));
  53       }
  54     }
  55   }
  56
  57 }