test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25
  26 import java.util.Map;
  27
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class ScoreMatrixPrinter
  32 {
  33
  34   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  35   public void setUpJvOptionPane()
  36   {
  37     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  38     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  39   }
  40
  41   @Test(groups = { "Functional" })
  42   public void printAllMatrices()
  43   {
  44     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  45             .entrySet())
  46     {
  47       System.out.println("Matrix " + sm.getKey());
  48       System.out.println(sm.getValue().toString());
  49     }
  50   }
  51
  52   @Test(groups = { "Functional" })
  53   public void printHTMLMatrices()
  54   {
  55     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> _sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  56             .entrySet())
  57     {
  58       if (_sm.getValue() instanceof ScoreMatrix)
  59       {
  60         ScoreMatrix sm = (ScoreMatrix) _sm.getValue();
  61         System.out.println("Matrix " + _sm.getKey());
  62         System.out.println(sm.outputMatrix(true));
  63       }
  64     }
  65   }
  66
  67 }