test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
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  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  24
  25 import java.util.Map;
  26
  27 import org.junit.Test;
  28
  29
  30 public class ScoreMatrixPrinter
  31 {
  32   @Test
  33   public void printAllMatrices()
  34   {
  35     for (Map.Entry<String,ScoreModelI> sm: ResidueProperties.scoreMatrices.entrySet())
  36     {
  37       System.out.println("Matrix "+sm.getKey());
  38       System.out.println(sm.getValue().toString());
  39     }
  40   }
  41   @Test
  42   public void printHTMLMatrices()
  43   {
  44     for (Map.Entry<String,ScoreModelI> _sm: ResidueProperties.scoreMatrices.entrySet())
  45     {
  46       if (_sm.getValue() instanceof ScoreMatrix)
  47       {
  48         ScoreMatrix sm = (ScoreMatrix) _sm.getValue();
  49         System.out.println("Matrix "+_sm.getKey());
  50         System.out.println(sm.outputMatrix(true));
  51       }
  52     }
  53   }
  54
  55 }