test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.util.Map;
  21
  22 import org.junit.Test;
  23
  24
  25 public class ScoreMatrixPrinter
  26 {
  27   @Test
  28   public void printAllMatrices()
  29   {
  30     for (Map.Entry<String,ScoreMatrix> sm:((Map<String, ScoreMatrix>) ResidueProperties.scoreMatrices).entrySet())
  31     {
  32       System.out.println("Matrix "+sm.getKey());
  33       System.out.println(sm.getValue().toString());
  34     }
  35   }
  36   @Test
  37   public void printHTMLMatrices()
  38   {
  39     for (Map.Entry<String,ScoreMatrix> sm:((Map<String, ScoreMatrix>) ResidueProperties.scoreMatrices).entrySet())
  40     {
  41       System.out.println("Matrix "+sm.getKey());
  42       System.out.println(sm.getValue().outputMatrix(true));
  43     }
  44   }
  45
  46 }