test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import org.testng.annotations.Test;
  24 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  25
  26 import java.util.Map;
  27
  28 public class ScoreMatrixPrinter
  29 {
  30   @Test
  31   public void printAllMatrices()
  32   {
  33     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  34             .entrySet())
  35     {
  36       System.out.println("Matrix " + sm.getKey());
  37       System.out.println(sm.getValue().toString());
  38     }
  39   }
  40
  41   @Test
  42   public void printHTMLMatrices()
  43   {
  44     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> _sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  45             .entrySet())
  46     {
  47       if (_sm.getValue() instanceof ScoreMatrix)
  48       {
  49         ScoreMatrix sm = (ScoreMatrix) _sm.getValue();
  50         System.out.println("Matrix " + _sm.getKey());
  51         System.out.println(sm.outputMatrix(true));
  52       }
  53     }
  54   }
  55
  56 }