test/jalview/structure/AtomSpecModelTest.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class AtomSpecModelTest
  12 {
  13   @Test(groups = "Functional")
  14   public void testGetRanges()
  15   {
  16     AtomSpecModel model = new AtomSpecModel();
  17     assertFalse(model.getModels().iterator().hasNext());
  18     List<int[]> ranges = model.getRanges("1", "A");
  19     assertTrue(ranges.isEmpty());
  20
  21     model.addRange("1", 12, 14, "A");
  22     assertTrue(model.getRanges("1", "B").isEmpty());
  23     assertTrue(model.getRanges("2", "A").isEmpty());
  24     ranges = model.getRanges("1", "A");
  25     assertEquals(ranges.size(), 1);
  26     int[] range = ranges.get(0);
  27     assertEquals(range[0], 12);
  28     assertEquals(range[1], 14);
  29
  30     /*
  31      * add some ranges; they should be coalesced and
  32      * ordered when retrieved
  33      */
  34     model.addRange("1", 25, 25, "A");
  35     model.addRange("1", 20, 24, "A");
  36     model.addRange("1", 6, 8, "A");
  37     model.addRange("1", 13, 18, "A");
  38     model.addRange("1", 5, 6, "A");
  39     ranges = model.getRanges("1", "A");
  40     assertEquals(ranges.size(), 3);
  41     range = ranges.get(0);
  42     assertEquals(range[0], 5);
  43     assertEquals(range[1], 8);
  44     range = ranges.get(1);
  45     assertEquals(range[0], 12);
  46     assertEquals(range[1], 18);
  47     range = ranges.get(2);
  48     assertEquals(range[0], 20);
  49     assertEquals(range[1], 25);
  50   }
  51 }