test/jalview/structure/AtomSpecModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  26
  27 import java.util.List;
  28
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class AtomSpecModelTest
  32 {
  33   @Test(groups = "Functional")
  34   public void testGetRanges()
  35   {
  36     AtomSpecModel model = new AtomSpecModel();
  37     assertFalse(model.getModels().iterator().hasNext());
  38     List<int[]> ranges = model.getRanges("1", "A");
  39     assertTrue(ranges.isEmpty());
  40
  41     model.addRange("1", 12, 14, "A");
  42     assertTrue(model.getRanges("1", "B").isEmpty());
  43     assertTrue(model.getRanges("2", "A").isEmpty());
  44     ranges = model.getRanges("1", "A");
  45     assertEquals(ranges.size(), 1);
  46     int[] range = ranges.get(0);
  47     assertEquals(range[0], 12);
  48     assertEquals(range[1], 14);
  49
  50     /*
  51      * add some ranges; they should be coalesced and
  52      * ordered when retrieved
  53      */
  54     model.addRange("1", 25, 25, "A");
  55     model.addRange("1", 20, 24, "A");
  56     model.addRange("1", 6, 8, "A");
  57     model.addRange("1", 13, 18, "A");
  58     model.addRange("1", 5, 6, "A");
  59     ranges = model.getRanges("1", "A");
  60     assertEquals(ranges.size(), 3);
  61     range = ranges.get(0);
  62     assertEquals(range[0], 5);
  63     assertEquals(range[1], 8);
  64     range = ranges.get(1);
  65     assertEquals(range[0], 12);
  66     assertEquals(range[1], 18);
  67     range = ranges.get(2);
  68     assertEquals(range[0], 20);
  69     assertEquals(range[1], 25);
  70   }
  71 }