test/jalview/structure/AtomSpecTest.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5 import static org.testng.Assert.fail;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class AtomSpecTest
  10 {
  11   @Test
  12   public void testFromChimeraAtomSpec()
  13   {
  14     AtomSpec as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec("#1:12.B");
  15     assertEquals(as.getModelNumber(), 1);
  16     assertEquals(as.getPdbResNum(), 12);
  17     assertEquals(as.getChain(), "B");
  18     assertNull(as.getPdbFile());
  19
  20     // no model - default to zero
  21     as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(":13.C");
  22     assertEquals(as.getModelNumber(), 0);
  23     assertEquals(as.getPdbResNum(), 13);
  24     assertEquals(as.getChain(), "C");
  25     assertNull(as.getPdbFile());
  26
  27     // model.submodel
  28     as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec("#3.2:15");
  29     assertEquals(as.getModelNumber(), 3);
  30     assertEquals(as.getPdbResNum(), 15);
  31     assertEquals(as.getChain(), "");
  32     assertNull(as.getPdbFile());
  33
  34     String spec = "3:12.B";
  35     try
  36     {
  37       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  38       fail("Expected exception for " + spec);
  39     } catch (IllegalArgumentException e)
  40     {
  41       // ok
  42     }
  43
  44     spec = "#3:12-14.B";
  45     try
  46     {
  47       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  48       fail("Expected exception for " + spec);
  49     } catch (IllegalArgumentException e)
  50     {
  51       // ok
  52     }
  53
  54     spec = "";
  55     try
  56     {
  57       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  58       fail("Expected exception for " + spec);
  59     } catch (IllegalArgumentException e)
  60     {
  61       // ok
  62     }
  63
  64     spec = null;
  65     try
  66     {
  67       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  68       fail("Expected exception for " + spec);
  69     } catch (NullPointerException e)
  70     {
  71       // ok
  72     }
  73   }
  74
  75   @Test
  76   public void testFromChimeraXAtomSpec()
  77   {
  78     AtomSpec as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec("#1/B:12");
  79     assertEquals(as.getModelNumber(), 1);
  80     assertEquals(as.getPdbResNum(), 12);
  81     assertEquals(as.getChain(), "B");
  82     assertNull(as.getPdbFile());
  83
  84     // no model - default to zero
  85     as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec("/C:13");
  86     assertEquals(as.getModelNumber(), 0);
  87     assertEquals(as.getPdbResNum(), 13);
  88     assertEquals(as.getChain(), "C");
  89     assertNull(as.getPdbFile());
  90
  91     // model.submodel
  92     as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec("#3.2/:15");
  93     assertEquals(as.getModelNumber(), 3);
  94     assertEquals(as.getPdbResNum(), 15);
  95     assertEquals(as.getChain(), "");
  96     assertNull(as.getPdbFile());
  97
  98     String spec = "3:12.B";
  99     try
 100     {
 101       as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec(spec);
 102       fail("Expected exception for " + spec);
 103     } catch (IllegalArgumentException e)
 104     {
 105       // ok
 106     }
 107
 108     spec = "#3:12-14.B";
 109     try
 110     {
 111       as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec(spec);
 112       fail("Expected exception for " + spec);
 113     } catch (IllegalArgumentException e)
 114     {
 115       // ok
 116     }
 117
 118     spec = "";
 119     try
 120     {
 121       as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec(spec);
 122       fail("Expected exception for " + spec);
 123     } catch (IllegalArgumentException e)
 124     {
 125       // ok
 126     }
 127
 128     spec = null;
 129     try
 130     {
 131       as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec(spec);
 132       fail("Expected exception for " + spec);
 133     } catch (NullPointerException e)
 134     {
 135       // ok
 136     }
 137   }
 138 }