test/jalview/structure/StructureSelectionManagerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31 import jalview.io.StructureFile;
  32 import jalview.util.MapList;
  33
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  38 import org.testng.annotations.Test;
  39
  40 public class StructureSelectionManagerTest
  41 {
  42   private StructureSelectionManager ssm;
  43
  44   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  45   public void setUp()
  46   {
  47     StructureImportSettings.setShowSeqFeatures(true);
  48     ssm = new StructureSelectionManager();
  49   }
  50
  51   @Test(groups = { "Functional" })
  52   public void testRegisterMapping()
  53   {
  54     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
  55     acf1.addMap(new Sequence("s1", "ttt"), new Sequence("p1", "p"),
  56             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  57     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
  58     acf2.addMap(new Sequence("s2", "ttt"), new Sequence("p2", "p"),
  59             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  60
  61     ssm.registerMapping(acf1);
  62     assertEquals(1, ssm.getSequenceMappings().size());
  63     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  64
  65     ssm.registerMapping(acf2);
  66     assertEquals(2, ssm.getSequenceMappings().size());
  67     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  68     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
  69
  70     /*
  71      * Re-adding the first mapping does nothing
  72      */
  73     ssm.registerMapping(acf1);
  74     assertEquals(2, ssm.getSequenceMappings().size());
  75     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  76     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
  77   }
  78
  79   @Test(groups = { "Functional" })
  80   public void testRegisterMappings()
  81   {
  82     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
  83     acf1.addMap(new Sequence("s1", "ttt"), new Sequence("p1", "p"),
  84             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  85     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
  86     acf2.addMap(new Sequence("s2", "ttt"), new Sequence("p2", "p"),
  87             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  88     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
  89     acf3.addMap(new Sequence("s3", "ttt"), new Sequence("p3", "p"),
  90             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  91
  92     List<AlignedCodonFrame> set1 = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
  93     set1.add(acf1);
  94     set1.add(acf2);
  95     List<AlignedCodonFrame> set2 = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
  96     set2.add(acf2);
  97     set2.add(acf3);
  98
  99     /*
 100      * Add both sets twice; each mapping should be added once only
 101      */
 102     ssm.registerMappings(set1);
 103     ssm.registerMappings(set1);
 104     ssm.registerMappings(set2);
 105     ssm.registerMappings(set2);
 106
 107     assertEquals(3, ssm.getSequenceMappings().size());
 108     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
 109     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
 110     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf3));
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Verify that RESNUM sequence features are present after creating a PDB
 115    * mapping
 116    */
 117   @Test(groups = { "Functional" })
 118   public void testSetMapping_seqFeatures()
 119   {
 120     SequenceI seq = new Sequence(
 121             "1GAQ|B",
 122             "ATYNVKLITPEGEVELQVPDDVYILDQAEEDGIDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSVDQSDQSYLDDGQIADGWVLTCHAYPTSDVVIETHKEEELTGA");
 123     StructureSelectionManager sm = new StructureSelectionManager();
 124     sm.setProcessSecondaryStructure(true);
 125     sm.setAddTempFacAnnot(true);
 126     StructureFile pmap = sm.setMapping(true, new SequenceI[] { seq },
 127             new String[] { null }, "examples/1gaq.txt", FormatAdapter.FILE);
 128     assertTrue(pmap != null);
 129
 130     assertEquals(3, pmap.getSeqs().size());
 131     assertEquals("1GAQ|A", pmap.getSeqs().get(0).getName());
 132     assertEquals("1GAQ|B", pmap.getSeqs().get(1).getName());
 133     assertEquals("1GAQ|C", pmap.getSeqs().get(2).getName());
 134
 135     /*
 136      * Verify a RESNUM sequence feature in the PDBfile sequence
 137      */
 138     SequenceFeature sf = pmap.getSeqs().get(0).getSequenceFeatures()[0];
 139     assertEquals("RESNUM", sf.getType());
 140     assertEquals("1gaq", sf.getFeatureGroup());
 141     assertEquals("GLU:  19  1gaqA", sf.getDescription());
 142
 143     /*
 144      * Verify a RESNUM sequence feature in the StructureSelectionManager mapped
 145      * sequence
 146      */
 147     StructureMapping map = sm.getMapping("examples/1gaq.txt")[0];
 148     sf = map.sequence.getSequenceFeatures()[0];
 149     assertEquals("RESNUM", sf.getType());
 150     assertEquals("1gaq", sf.getFeatureGroup());
 151     assertEquals("ALA:   1  1gaqB", sf.getDescription());
 152   }
 153 }