test/jalview/structure/StructureSelectionManagerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.io.DataSourceType;
  32 import jalview.io.StructureFile;
  33 import jalview.util.MapList;
  34
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  40 import org.testng.annotations.Test;
  41
  42 public class StructureSelectionManagerTest
  43 {
  44
  45   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  46   public void setUpJvOptionPane()
  47   {
  48     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  49     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  50   }
  51
  52   private StructureSelectionManager ssm;
  53
  54   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  55   public void setUp()
  56   {
  57     StructureImportSettings.setShowSeqFeatures(true);
  58     ssm = new StructureSelectionManager();
  59   }
  60
  61   @Test(groups = { "Functional" })
  62   public void testRegisterMapping()
  63   {
  64     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
  65     acf1.addMap(new Sequence("s1", "ttt"), new Sequence("p1", "p"),
  66             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  67     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
  68     acf2.addMap(new Sequence("s2", "ttt"), new Sequence("p2", "p"),
  69             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  70
  71     ssm.registerMapping(acf1);
  72     assertEquals(1, ssm.getSequenceMappings().size());
  73     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  74
  75     ssm.registerMapping(acf2);
  76     assertEquals(2, ssm.getSequenceMappings().size());
  77     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  78     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
  79
  80     /*
  81      * Re-adding the first mapping does nothing
  82      */
  83     ssm.registerMapping(acf1);
  84     assertEquals(2, ssm.getSequenceMappings().size());
  85     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  86     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
  87   }
  88
  89   @Test(groups = { "Functional" })
  90   public void testRegisterMappings()
  91   {
  92     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
  93     acf1.addMap(new Sequence("s1", "ttt"), new Sequence("p1", "p"),
  94             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  95     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
  96     acf2.addMap(new Sequence("s2", "ttt"), new Sequence("p2", "p"),
  97             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
  98     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
  99     acf3.addMap(new Sequence("s3", "ttt"), new Sequence("p3", "p"),
 100             new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
 101
 102     List<AlignedCodonFrame> set1 = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 103     set1.add(acf1);
 104     set1.add(acf2);
 105     List<AlignedCodonFrame> set2 = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 106     set2.add(acf2);
 107     set2.add(acf3);
 108
 109     /*
 110      * Add both sets twice; each mapping should be added once only
 111      */
 112     ssm.registerMappings(set1);
 113     ssm.registerMappings(set1);
 114     ssm.registerMappings(set2);
 115     ssm.registerMappings(set2);
 116
 117     assertEquals(3, ssm.getSequenceMappings().size());
 118     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
 119     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
 120     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf3));
 121   }
 122
 123   /**
 124    * Verify that RESNUM sequence features are present after creating a PDB
 125    * mapping
 126    */
 127   @Test(groups = { "Functional" })
 128   public void testSetMapping_seqFeatures()
 129   {
 130     SequenceI seq = new Sequence(
 131             "1GAQ|B",
 132             "ATYNVKLITPEGEVELQVPDDVYILDQAEEDGIDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSVDQSDQSYLDDGQIADGWVLTCHAYPTSDVVIETHKEEELTGA");
 133     StructureSelectionManager sm = new StructureSelectionManager();
 134     sm.setProcessSecondaryStructure(true);
 135     sm.setAddTempFacAnnot(true);
 136     StructureFile pmap = sm.setMapping(true, new SequenceI[] { seq },
 137             new String[] { null }, "examples/1gaq.txt", DataSourceType.FILE);
 138     assertTrue(pmap != null);
 139
 140     assertEquals(3, pmap.getSeqs().size());
 141     assertEquals("1GAQ|A", pmap.getSeqs().get(0).getName());
 142     assertEquals("1GAQ|B", pmap.getSeqs().get(1).getName());
 143     assertEquals("1GAQ|C", pmap.getSeqs().get(2).getName());
 144
 145     /*
 146      * Verify a RESNUM sequence feature in the PDBfile sequence
 147      */
 148     SequenceFeature sf = pmap.getSeqs().get(0).getSequenceFeatures()[0];
 149     assertEquals("RESNUM", sf.getType());
 150     assertEquals("1gaq", sf.getFeatureGroup());
 151     assertEquals("GLU:  19  1gaqA", sf.getDescription());
 152
 153     /*
 154      * Verify a RESNUM sequence feature in the StructureSelectionManager mapped
 155      * sequence
 156      */
 157     StructureMapping map = sm.getMapping("examples/1gaq.txt")[0];
 158     sf = map.sequence.getSequenceFeatures()[0];
 159     assertEquals("RESNUM", sf.getType());
 160     assertEquals("1gaq", sf.getFeatureGroup());
 161     assertEquals("ALA:   1  1gaqB", sf.getDescription());
 162   }
 163 }