test/jalview/structure/StructureSelectionManagerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
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   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31
  32 import java.util.HashSet;
  33 import java.util.Set;
  34
  35 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 import MCview.PDBfile;
  39
  40 public class StructureSelectionManagerTest
  41 {
  42   private StructureSelectionManager ssm;
  43
  44   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  45   public void setUp()
  46   {
  47     ssm = new StructureSelectionManager();
  48   }
  49
  50   @Test(groups = { "Functional" })
  51   public void testRegisterMapping()
  52   {
  53     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
  54     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
  55
  56     ssm.registerMapping(acf1);
  57     assertEquals(1, ssm.seqmappings.size());
  58     assertTrue(ssm.seqmappings.contains(acf1));
  59
  60     ssm.registerMapping(acf2);
  61     assertEquals(2, ssm.seqmappings.size());
  62     assertTrue(ssm.seqmappings.contains(acf1));
  63     assertTrue(ssm.seqmappings.contains(acf2));
  64
  65     /*
  66      * Re-adding the first mapping does nothing
  67      */
  68     ssm.registerMapping(acf1);
  69     assertEquals(2, ssm.seqmappings.size());
  70     assertTrue(ssm.seqmappings.contains(acf1));
  71     assertTrue(ssm.seqmappings.contains(acf2));
  72   }
  73
  74   @Test(groups = { "Functional" })
  75   public void testRegisterMappings()
  76   {
  77     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
  78     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
  79     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
  80
  81     Set<AlignedCodonFrame> set1 = new HashSet<AlignedCodonFrame>();
  82     set1.add(acf1);
  83     set1.add(acf2);
  84     Set<AlignedCodonFrame> set2 = new HashSet<AlignedCodonFrame>();
  85     set2.add(acf2);
  86     set2.add(acf3);
  87
  88     /*
  89      * Add both sets twice; each mapping should be added once only
  90      */
  91     ssm.registerMappings(set1);
  92     ssm.registerMappings(set1);
  93     ssm.registerMappings(set2);
  94     ssm.registerMappings(set2);
  95
  96     assertEquals(3, ssm.seqmappings.size());
  97     assertTrue(ssm.seqmappings.contains(acf1));
  98     assertTrue(ssm.seqmappings.contains(acf2));
  99     assertTrue(ssm.seqmappings.contains(acf3));
 100   }
 101
 102   /**
 103    * Verify that RESNUM sequence features are present after creating a PDB
 104    * mapping
 105    */
 106   @Test(groups = { "Functional" })
 107   public void testSetMapping_seqFeatures()
 108   {
 109     SequenceI seq = new Sequence(
 110             "1GAQ|B",
 111             "ATYNVKLITPEGEVELQVPDDVYILDQAEEDGIDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSVDQSDQSYLDDGQIADGWVLTCHAYPTSDVVIETHKEEELTGA");
 112     StructureSelectionManager sm = new StructureSelectionManager();
 113     sm.setProcessSecondaryStructure(true);
 114     sm.setAddTempFacAnnot(true);
 115     PDBfile pmap = sm.setMapping(true, new SequenceI[] { seq },
 116             new String[] { null }, "examples/1gaq.txt", FormatAdapter.FILE);
 117     assertTrue(pmap != null);
 118
 119     assertEquals(3, pmap.getSeqs().size());
 120     assertEquals("1GAQ|A", pmap.getSeqs().get(0).getName());
 121     assertEquals("1GAQ|B", pmap.getSeqs().get(1).getName());
 122     assertEquals("1GAQ|C", pmap.getSeqs().get(2).getName());
 123
 124     /*
 125      * Verify a RESNUM sequence feature in the PDBfile sequence
 126      */
 127     SequenceFeature sf = pmap.getSeqs().get(0).getSequenceFeatures()[0];
 128     assertEquals("RESNUM", sf.getType());
 129     assertEquals("1gaq", sf.getFeatureGroup());
 130     assertEquals("GLU:  19  1gaqA", sf.getDescription());
 131
 132     /*
 133      * Verify a RESNUM sequence feature in the StructureSelectionManager mapped
 134      * sequence
 135      */
 136     StructureMapping map = sm.getMapping("examples/1gaq.txt")[0];
 137     sf = map.sequence.getSequenceFeatures()[0];
 138     assertEquals("RESNUM", sf.getType());
 139     assertEquals("1gaq", sf.getFeatureGroup());
 140     assertEquals("ALA:   1  1gaqB", sf.getDescription());
 141   }
 142 }