test/jalview/urls/IdentifiersUrlProviderTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.urls;
  23
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileWriter;
  30 import java.util.Arrays;
  31 import java.util.HashMap;
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 public class IdentifiersUrlProviderTest
  38 {
  39   // Test identifiers.org download file
  40   private static final String testIdOrgFile = "[{\"id\":\"MIR:00000002\",\"name\":\"ChEBI\",\"pattern\":\"^CHEBI:\\d+$\","
  41           + "\"definition\":\"Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI)\",\"prefix\":\"chebi\","
  42           + "\"url\":\"http://identifiers.org/chebi\"},{\"id\":\"MIR:00000005\",\"name\":\"UniProt Knowledgebase\","
  43           + "\"pattern\":\"^([A-N,R-Z][0-9]([A-Z][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9]){1,2})|([O,P,Q][0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])(\\.\\d+)?$\","
  44           + "\"definition\":\"The UniProt Knowledgebase (UniProtKB)\",\"prefix\":\"uniprot\",\"url\":\"http://identifiers.org/uniprot\"},"
  45           + "{\"id\":\"MIR:00000011\",\"name\":\"InterPro\",\"pattern\":\"^IPR\\d{6}$\",\"definition\":\"InterPro\",\"prefix\":\"interpro\","
  46           + "\"url\":\"http://identifiers.org/interpro\"},"
  47           + "{\"id\":\"MIR:00000372\",\"name\":\"ENA\",\"pattern\":\"^[A-Z]+[0-9]+(\\.\\d+)?$\",\"definition\":\"The European Nucleotide Archive (ENA),\""
  48           + "\"prefix\":\"ena.embl\",\"url\":\"http://identifiers.org/ena.embl\"}]";
  49
  50   private static final String[] dlinks = {
  51       "UniProt Knowledgebase|http://identifiers.org/uniprot/$DB_ACCESSION$",
  52       "InterPro|http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$",
  53       "ENA|http://identifiers.org/ena.embl/$DB_ACCESSION$" };
  54
  55   private static final String[] dlinks1 = {
  56       "MIR:00000011|http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$",
  57       "MIR:00000372|http://identifiers.org/ena.embl/$DB_ACCESSION$" };
  58
  59   private static final String[] dlinks2 = {
  60       "MIR:00000005|http://identifiers.org/uniprot/$DB_ACCESSION$",
  61       "MIR:00000011|http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$" };
  62
  63   private static final String stringLinks = "MIR:00000005|http://identifiers.org/uniprot/$DB_ACCESSION$"
  64           + "MIR:00000011|http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$"
  65           + "MIR:00000372|http://identifiers.org/ena.embl/$DB_ACCESSION$";
  66
  67   private static final String[] unselDlinks = { "ChEBI|http://identifiers.org/chebi/$DB_ACCESSION$" };
  68
  69   private static final Vector<String> displayLinks = new Vector<String>(
  70         Arrays.asList(dlinks));
  71
  72   private static final Vector<String> unselDisplayLinks = new Vector<String>(
  73           Arrays.asList(unselDlinks));
  74
  75   private static final Vector<String> displayLinks1 = new Vector<String>(
  76           Arrays.asList(dlinks1));
  77
  78   private static final Vector<String> displayLinks2 = new Vector<String>(
  79           Arrays.asList(dlinks2));
  80
  81   private static final HashMap<String, String> urlMap = new HashMap<String, String>()
  82   {
  83     {
  84       put("MIR:00000005", "http://identifiers.org/uniprot/$DB_ACCESSION$");
  85       put("MIR:00000011", "http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$");
  86       put("MIR:00000372", "http://identifiers.org/ena.embl/$DB_ACCESSION$");
  87     }
  88   };
  89
  90   private String testfile = "";
  91
  92
  93   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  94   public void setup()
  95   {
  96     // setup test ids in a file
  97     File outFile = null;
  98     try
  99     {
 100       outFile = File.createTempFile("testidsfile", "txt");
 101       outFile.deleteOnExit();
 102
 103       FileWriter fw = new FileWriter(outFile);
 104       fw.write(testIdOrgFile);
 105       fw.close();
 106
 107       testfile = outFile.getAbsolutePath();
 108
 109     } catch (Exception ex)
 110     {
 111       System.err.println(ex);
 112     }
 113
 114     IdOrgSettings.setDownloadLocation(testfile);
 115   }
 116
 117   /*
 118    * Test urls are set and returned correctly
 119    */
 120   @Test(groups = { "Functional" })
 121   public void testUrlLinks()
 122   {
 123     // creation from cached id list
 124     String idList = "MIR:00000005|MIR:00000011|MIR:00000372";
 125     UrlProviderI idProv = new IdentifiersUrlProvider(idList);
 126
 127     assertTrue(displayLinks.containsAll(idProv.getLinksForMenu()));
 128
 129     // because UrlProvider does not guarantee order of links, we can't just
 130     // compare the output of writeUrlsAsString to a string, hence the hoops here
 131     String result = idProv.writeUrlsAsString(true);
 132     UrlProviderI up = new IdentifiersUrlProvider(result);
 133     assertTrue(displayLinks.containsAll(up.getLinksForMenu()));
 134
 135     result = idProv.writeUrlsAsString(false);
 136     up = new IdentifiersUrlProvider(result);
 137     assertTrue(unselDisplayLinks.containsAll(up.getLinksForMenu()));
 138
 139   }
 140
 141   /*
 142    * Test default is set and returned correctly
 143    */
 144   @Test(groups = { "Functional" })
 145   public void testDefaultUrl()
 146   {
 147     // creation from cached id list
 148     String idList = "MIR:00000005|MIR:00000011|MIR:00000372";
 149     UrlProviderI idProv = new IdentifiersUrlProvider(idList);
 150
 151     // initially no default
 152     assertEquals(null, idProv.getDefaultUrl("seqid"));
 153
 154     // set and then retrieve default
 155     assertTrue(idProv.setDefaultUrl("MIR:00000005"));
 156     assertEquals("http://identifiers.org/uniprot/seqid",
 157             idProv.getDefaultUrl("seqid"));
 158
 159     // ids less than length 4 return null
 160     assertEquals(null,
 161             idProv.getDefaultUrl("123"));
 162
 163     // attempt to set bad default
 164     assertFalse(idProv.setDefaultUrl("MIR:00001234"));
 165     // default set to null (as default should have been set elsewhere)
 166     assertEquals(null, idProv.getDefaultUrl("seqid"));
 167
 168     // chooseDefaultUrl not implemented for IdentifiersUrlProvider
 169     assertEquals(null, idProv.chooseDefaultUrl());
 170   }
 171 }