test/jalview/util/ComparisonTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6 import org.testng.annotations.Test;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 public class ComparisonTest
  11 {
  12
  13   @Test
  14   public void testIsGap()
  15   {
  16     assertTrue(Comparison.isGap('-'));
  17     assertTrue(Comparison.isGap('.'));
  18     assertTrue(Comparison.isGap(' '));
  19     assertFalse(Comparison.isGap('X'));
  20     assertFalse(Comparison.isGap('x'));
  21     assertFalse(Comparison.isGap('*'));
  22     assertFalse(Comparison.isGap('G'));
  23   }
  24
  25   /**
  26    * Test for isNucleotide is that sequences in a dataset are more than 85%
  27    * AGCTU. Test is not case-sensitive and ignores gaps.
  28    */
  29   @Test
  30   public void testIsNucleotide() {
  31     SequenceI seq = new Sequence("eightypercent", "agctuAGCPV");
  32     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  33     { seq }));
  34     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][]
  35     { new SequenceI[]
  36     { seq } }));
  37
  38     seq = new Sequence("eightyfivepercent", "agctuAGCPVagctuAGCUV");
  39     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  40     { seq }));
  41
  42     seq = new Sequence("nineypercent", "agctuAGCgVagctuAGCUV");
  43     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  44     { seq }));
  45
  46     seq = new Sequence("eightyfivepercentgapped",
  47             "--agc--tuA--GCPV-a---gct-uA-GC---UV");
  48     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  49     { seq }));
  50
  51     seq = new Sequence("nineypercentgapped",
  52             "ag--ct-u-A---GC---g----Vag--c---tuAGCUV");
  53     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  54     { seq }));
  55
  56     seq = new Sequence("allgap", "---------");
  57     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  58     { seq }));
  59
  60     seq = new Sequence("DNA", "ACTugGCCAG");
  61     SequenceI seq2 = new Sequence("Protein", "FLIMVSPTYW");
  62     /*
  63      * 90% DNA:
  64      */
  65     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  66     { seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq2 }));
  67     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][]
  68     { new SequenceI[]
  69     { seq }, new SequenceI[]
  70     { seq, seq, seq }, new SequenceI[]
  71     { seq, seq, seq, seq, seq, seq2 } }));
  72     /*
  73      * 80% DNA:
  74      */
  75     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  76     { seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq2, seq2 }));
  77     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][]
  78     { new SequenceI[]
  79     { seq }, new SequenceI[]
  80     { seq, seq, seq }, new SequenceI[]
  81     { seq, seq, seq, seq, seq2, seq2, null } }));
  82
  83     seq = new Sequence("ProteinThatLooksLikeDNA", "WYATGCCTGAgtcgt");
  84     // 12/14 = 85.7%
  85     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  86     { seq }));
  87
  88     assertFalse(Comparison.isNucleotide((SequenceI[]) null));
  89     assertFalse(Comparison.isNucleotide((SequenceI[][]) null));
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Test percentage identity calculation for two sequences.
  94    */
  95   @Test
  96   public void testPID_matchGaps()
  97   {
  98     String seq1 = "ABCDEF";
  99     String seq2 = "abcdef";
 100     assertEquals("identical", 100f, Comparison.PID(seq1, seq2), 0.001f);
 101
 102     // comparison range defaults to length of first sequence
 103     seq2 = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
 104     assertEquals("identical", 100f, Comparison.PID(seq1, seq2), 0.001f);
 105
 106     seq2 = "a---bcdef";
 107   }
 108 }