test/jalview/util/DnaUtilsTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class DnaUtilsTest
  12 {
  13   /**
  14    * Tests for parsing an ENA/GenBank location specifier
  15    *
  16    * @see http://www.insdc.org/files/feature_table.html#3.4
  17    */
  18   @Test(groups = { "Functional" })
  19   public void testParseLocation()
  20   {
  21     /*
  22      * single locus
  23      */
  24     List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation("467");
  25     assertEquals(1, ranges.size());
  26     assertEquals(467, ranges.get(0)[0]);
  27     assertEquals(467, ranges.get(0)[1]);
  28
  29     /*
  30      * simple range
  31      */
  32     ranges = DnaUtils.parseLocation("12..78");
  33     assertEquals(1, ranges.size());
  34     assertEquals(12, ranges.get(0)[0]);
  35     assertEquals(78, ranges.get(0)[1]);
  36
  37     /*
  38      * join of simple ranges
  39      */
  40     ranges = DnaUtils.parseLocation("join(12..78,134..202,322..345)");
  41     assertEquals(3, ranges.size());
  42     assertEquals(12, ranges.get(0)[0]);
  43     assertEquals(78, ranges.get(0)[1]);
  44     assertEquals(134, ranges.get(1)[0]);
  45     assertEquals(202, ranges.get(1)[1]);
  46     assertEquals(322, ranges.get(2)[0]);
  47     assertEquals(345, ranges.get(2)[1]);
  48
  49     /*
  50      * complement of a simple range
  51      */
  52     ranges = DnaUtils.parseLocation("complement(34..126)");
  53     assertEquals(1, ranges.size());
  54     assertEquals(126, ranges.get(0)[0]);
  55     assertEquals(34, ranges.get(0)[1]);
  56
  57     /*
  58      * complement of a join
  59      */
  60     ranges = DnaUtils
  61             .parseLocation("complement(join(2691..4571,4918..5163))");
  62     assertEquals(2, ranges.size());
  63     assertEquals(5163, ranges.get(0)[0]);
  64     assertEquals(4918, ranges.get(0)[1]);
  65     assertEquals(4571, ranges.get(1)[0]);
  66     assertEquals(2691, ranges.get(1)[1]);
  67
  68     /*
  69      * join of two complements
  70      */
  71     ranges = DnaUtils
  72             .parseLocation("join(complement(4918..5163),complement(2691..4571))");
  73     assertEquals(2, ranges.size());
  74     assertEquals(5163, ranges.get(0)[0]);
  75     assertEquals(4918, ranges.get(0)[1]);
  76     assertEquals(4571, ranges.get(1)[0]);
  77     assertEquals(2691, ranges.get(1)[1]);
  78
  79     /*
  80      * join complement to non-complement
  81      * @see http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomesubmit_annotation/ Transpliced Genes
  82      */
  83     ranges = DnaUtils
  84             .parseLocation("join(complement(36618..36700),86988..87064)");
  85     assertEquals(2, ranges.size());
  86     assertEquals(36700, ranges.get(0)[0]);
  87     assertEquals(36618, ranges.get(0)[1]);
  88     assertEquals(86988, ranges.get(1)[0]);
  89     assertEquals(87064, ranges.get(1)[1]);
  90
  91     /*
  92      * beyond 5' or 3' locus
  93      */
  94     ranges = DnaUtils.parseLocation("<34..126");
  95     assertEquals(1, ranges.size());
  96     assertEquals(34, ranges.get(0)[0]);
  97     assertEquals(126, ranges.get(0)[1]);
  98     ranges = DnaUtils.parseLocation("35..>127");
  99     assertEquals(1, ranges.size());
 100     assertEquals(35, ranges.get(0)[0]);
 101     assertEquals(127, ranges.get(0)[1]);
 102
 103     /*
 104      * valid things we don't yet handle
 105      */
 106     assertNull(DnaUtils.parseLocation("34.126"));
 107     assertNull(DnaUtils.parseLocation("34^126"));
 108     assertNull(DnaUtils.parseLocation("order(34..126,130..180)"));
 109
 110     /*
 111      * invalid things
 112      */
 113     assertNull(DnaUtils.parseLocation(""));
 114     assertNull(DnaUtils.parseLocation("JOIN(1..2)"));
 115     assertNull(DnaUtils.parseLocation("join(1..2"));
 116     assertNull(DnaUtils.parseLocation("join(1..2("));
 117     assertNull(DnaUtils.parseLocation("complement(1..2"));
 118     assertNull(DnaUtils.parseLocation("complement(1..2("));
 119     try
 120     {
 121       assertNull(DnaUtils.parseLocation(null));
 122       fail("Expected exception");
 123     } catch (NullPointerException e)
 124     {
 125       // expected
 126     }
 127
 128     /*
 129      * nested joins are not allowed; just as well since this fails to parse
 130      * (splitting tokens by comma fragments the inner join expression)
 131      */
 132     assertNull(DnaUtils
 133             .parseLocation("join(1..2,join(4..5,10..12),18..22)"));
 134     /*
 135      * complement may not enclose multiple ranges
 136      * parsing fails for the same reason
 137      */
 138     assertNull(DnaUtils
 139             .parseLocation("join(complement(36618..36700,4000..4200),86988..87064)"));
 140   }
 141
 142 }