test/jalview/util/DnaUtilsTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
   6
   7 import java.text.ParseException;
   8 import java.util.List;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11
  12 public class DnaUtilsTest
  13 {
  14   /**
  15    * Tests for parsing an ENA/GenBank location specifier
  16    *
  17    * @throws ParseException
  18    *
  19    * @see http://www.insdc.org/files/feature_table.html#3.4
  20    */
  21   @Test(groups = { "Functional" })
  22   public void testParseLocation() throws ParseException
  23   {
  24     /*
  25      * single locus
  26      */
  27     List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation("467");
  28     assertEquals(1, ranges.size());
  29     assertEquals(467, ranges.get(0)[0]);
  30     assertEquals(467, ranges.get(0)[1]);
  31
  32     /*
  33      * simple range
  34      */
  35     ranges = DnaUtils.parseLocation("12..78");
  36     assertEquals(1, ranges.size());
  37     assertEquals(12, ranges.get(0)[0]);
  38     assertEquals(78, ranges.get(0)[1]);
  39
  40     /*
  41      * join of simple ranges
  42      */
  43     ranges = DnaUtils.parseLocation("join(12..78,134..202,322..345)");
  44     assertEquals(3, ranges.size());
  45     assertEquals(12, ranges.get(0)[0]);
  46     assertEquals(78, ranges.get(0)[1]);
  47     assertEquals(134, ranges.get(1)[0]);
  48     assertEquals(202, ranges.get(1)[1]);
  49     assertEquals(322, ranges.get(2)[0]);
  50     assertEquals(345, ranges.get(2)[1]);
  51
  52     /*
  53      * complement of a simple range
  54      */
  55     ranges = DnaUtils.parseLocation("complement(34..126)");
  56     assertEquals(1, ranges.size());
  57     assertEquals(126, ranges.get(0)[0]);
  58     assertEquals(34, ranges.get(0)[1]);
  59
  60     /*
  61      * complement of a join
  62      */
  63     ranges = DnaUtils
  64             .parseLocation("complement(join(2691..4571,4918..5163))");
  65     assertEquals(2, ranges.size());
  66     assertEquals(5163, ranges.get(0)[0]);
  67     assertEquals(4918, ranges.get(0)[1]);
  68     assertEquals(4571, ranges.get(1)[0]);
  69     assertEquals(2691, ranges.get(1)[1]);
  70
  71     /*
  72      * join of two complements
  73      */
  74     ranges = DnaUtils
  75             .parseLocation("join(complement(4918..5163),complement(2691..4571))");
  76     assertEquals(2, ranges.size());
  77     assertEquals(5163, ranges.get(0)[0]);
  78     assertEquals(4918, ranges.get(0)[1]);
  79     assertEquals(4571, ranges.get(1)[0]);
  80     assertEquals(2691, ranges.get(1)[1]);
  81
  82     /*
  83      * join complement to non-complement
  84      * @see http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomesubmit_annotation/ Transpliced Genes
  85      */
  86     ranges = DnaUtils
  87             .parseLocation("join(complement(36618..36700),86988..87064)");
  88     assertEquals(2, ranges.size());
  89     assertEquals(36700, ranges.get(0)[0]);
  90     assertEquals(36618, ranges.get(0)[1]);
  91     assertEquals(86988, ranges.get(1)[0]);
  92     assertEquals(87064, ranges.get(1)[1]);
  93
  94     /*
  95      * valid things we don't yet handle
  96      */
  97     checkForParseException("<34..126");
  98     checkForParseException("35..>126");
  99     checkForParseException("34.126");
 100     checkForParseException("34^126");
 101     checkForParseException("order(34..126,130..180)");
 102
 103     /*
 104      * invalid things
 105      */
 106     checkForParseException("");
 107     checkForParseException("JOIN(1..2)");
 108     checkForParseException("join(1..2");
 109     checkForParseException("join(1..2(");
 110     checkForParseException("complement(1..2");
 111     checkForParseException("complement(1..2(");
 112     try
 113     {
 114       assertNull(DnaUtils.parseLocation(null));
 115       fail("Expected exception");
 116     } catch (NullPointerException e)
 117     {
 118       // expected
 119     }
 120
 121     /*
 122      * nested joins are not allowed; just as well since this fails to parse
 123      * (splitting tokens by comma fragments the inner join expression)
 124      */
 125     checkForParseException("join(1..2,join(4..5,10..12),18..22)");
 126     /*
 127      * complement may not enclose multiple ranges
 128      * parsing fails for the same reason
 129      */
 130     checkForParseException("join(complement(36618..36700,4000..4200),86988..87064)");
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Verifies that a ParseException is thrown when the given location is parsed
 135    *
 136    * @param location
 137    */
 138   void checkForParseException(String location)
 139   {
 140     try
 141     {
 142       DnaUtils.parseLocation(location);
 143       fail("Expected exception");
 144     } catch (ParseException e)
 145     {
 146       // expected;
 147     }
 148   }
 149
 150 }