test/jalview/util/MapListTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  29 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
  30
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Arrays;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 import jalview.bin.Cache;
  39 import jalview.gui.JvOptionPane;
  40
  41 public class MapListTest
  42 {
  43   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  44   public void setUp()
  45   {
  46     Cache.initLogger();
  47   }
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public void setUpJvOptionPane()
  51   {
  52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  54   }
  55
  56   @Test(groups = { "Functional" })
  57   public void testSomething()
  58   {
  59     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 },
  60             new int[]
  61             { 51, 1 }, 1, 3);
  62     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 1, 3, 17, 4 },
  63             new int[]
  64             { 51, 1 }, 1, 3);
  65     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 60 }, new int[] { 1, 20 }, 3,
  66             1);
  67     // test internal consistency
  68     int to[] = new int[51];
  69     testMap(ml, 1, 60);
  70     MapList mldna = new MapList(new int[] { 2, 2, 6, 8, 12, 16 },
  71             new int[]
  72             { 1, 3 }, 3, 1);
  73     int[] frm = mldna.locateInFrom(1, 1);
  74     testLocateFrom(mldna, 1, 1, new int[] { 2, 2, 6, 7 });
  75     testMap(mldna, 1, 3);
  76     /*
  77      * for (int from=1; from<=51; from++) { int[] too=ml.shiftTo(from); int[]
  78      * toofrom=ml.shiftFrom(too[0]);
  79      * System.out.println("ShiftFrom("+from+")=="+too[0]+" %
  80      * "+too[1]+"\t+-+\tShiftTo("+too[0]+")=="+toofrom[0]+" % "+toofrom[1]); }
  81      */
  82   }
  83
  84   private static void testLocateFrom(MapList mldna, int i, int j, int[] ks)
  85   {
  86     int[] frm = mldna.locateInFrom(i, j);
  87     assertEquals("Failed test locate from " + i + " to " + j,
  88             Arrays.toString(frm), Arrays.toString(ks));
  89   }
  90
  91   /**
  92    * test routine. not incremental.
  93    *
  94    * @param ml
  95    * @param fromS
  96    * @param fromE
  97    */
  98   private void testMap(MapList ml, int fromS, int fromE)
  99   {
 100     // todo convert to JUnit style tests
 101     for (int from = 1; from <= 25; from++)
 102     {
 103       int[] too = ml.shiftFrom(from);
 104       System.out.print("ShiftFrom(" + from + ")==");
 105       if (too == null)
 106       {
 107         System.out.print("NaN\n");
 108       }
 109       else
 110       {
 111         System.out.print(too[0] + " % " + too[1] + " (" + too[2] + ")");
 112         System.out.print("\t+--+\t");
 113         int[] toofrom = ml.shiftTo(too[0]);
 114         if (toofrom != null)
 115         {
 116           if (toofrom[0] != from)
 117           {
 118             System.err.println("Mapping not reflexive:" + from + " "
 119                     + too[0] + "->" + toofrom[0]);
 120           }
 121           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")==" + toofrom[0]
 122                   + " % " + toofrom[1] + " (" + toofrom[2] + ")");
 123         }
 124         else
 125         {
 126           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")=="
 127                   + "NaN! - not Bijective Mapping!");
 128         }
 129       }
 130     }
 131     int mmap[][] = ml.makeFromMap();
 132     System.out.println("FromMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 133             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 134     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 135     {
 136       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 137       {
 138         System.out.print(i + "=XXX");
 139
 140       }
 141       else
 142       {
 143         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 144       }
 145       if (i % 20 == 0)
 146       {
 147         System.out.print("\n");
 148       }
 149       else
 150       {
 151         System.out.print(",");
 152       }
 153     }
 154     // test range function
 155     System.out.print("\nTest locateInFrom\n");
 156     {
 157       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 158       while (f <= t)
 159       {
 160         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 161         int rng[] = ml.locateInFrom(f, t);
 162         if (rng != null)
 163         {
 164           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 165           {
 166             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 167           }
 168         }
 169         else
 170         {
 171           System.out.println("No range!");
 172         }
 173         System.out.print("\nReversed\n");
 174         rng = ml.locateInFrom(t, f);
 175         if (rng != null)
 176         {
 177           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 178           {
 179             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 180           }
 181         }
 182         else
 183         {
 184           System.out.println("No range!");
 185         }
 186         System.out.print("\n");
 187         f++;
 188         t--;
 189       }
 190     }
 191     System.out.print("\n");
 192     mmap = ml.makeToMap();
 193     System.out.println("ToMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 194             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 195     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 196     {
 197       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 198       {
 199         System.out.print(i + "=XXX");
 200
 201       }
 202       else
 203       {
 204         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 205       }
 206       if (i % 20 == 0)
 207       {
 208         System.out.print("\n");
 209       }
 210       else
 211       {
 212         System.out.print(",");
 213       }
 214     }
 215     System.out.print("\n");
 216     // test range function
 217     System.out.print("\nTest locateInTo\n");
 218     {
 219       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 220       while (f <= t)
 221       {
 222         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 223         int rng[] = ml.locateInTo(f, t);
 224         if (rng != null)
 225         {
 226           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 227           {
 228             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 229           }
 230         }
 231         else
 232         {
 233           System.out.println("No range!");
 234         }
 235         System.out.print("\nReversed\n");
 236         rng = ml.locateInTo(t, f);
 237         if (rng != null)
 238         {
 239           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 240           {
 241             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 242           }
 243         }
 244         else
 245         {
 246           System.out.println("No range!");
 247         }
 248         f++;
 249         t--;
 250         System.out.print("\n");
 251       }
 252     }
 253   }
 254
 255   /**
 256    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 257    * the 'to' map.
 258    */
 259   @Test(groups = { "Functional" })
 260   public void testLocateInFrom_noIntrons()
 261   {
 262     /*
 263      * Simple mapping with no introns
 264      */
 265     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 266     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 267     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 268     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 269     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 270     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 271     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 272     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 2)));
 273     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 3)));
 274     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 4)));
 275     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
 276     assertEquals("[4, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 4)));
 277     assertEquals("[7, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 4)));
 278     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 279     // reversing the range reverses the result:
 280     assertEquals("[12, 7]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 3))); // fails with [10, 9] !
 281
 282     assertNull(ml.locateInFrom(0, 0));
 283     assertNull(ml.locateInFrom(1, 5));
 284     assertNull(ml.locateInFrom(-1, 1));
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 289    * the 'to' map.
 290    */
 291   @Test(groups = { "Functional" })
 292   public void testLocateInFrom_withIntrons()
 293   {
 294     /*
 295      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 296      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 297      */
 298     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 299     int[] protein = { 1, 4 };
 300     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 301     assertEquals("[2, 3, 5, 5]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 302     assertEquals("[6, 7, 9, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 303     assertEquals("[10, 10, 12, 12, 14, 14]",
 304             Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 305     assertEquals("[16, 18]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 306   }
 307
 308   @Test(groups = { "Functional" })
 309   public void testLocateInFrom_reverseStrand()
 310   {
 311     int[] codons = new int[] { 12, 1 };
 312     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 313     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 314     assertEquals("[12, 10]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 315     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
 316   }
 317
 318    /**
 319    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 320    * 'from' map.
 321    */
 322   @Test(groups = { "Functional" })
 323   public void testLocateInTo_noIntrons()
 324   {
 325     /*
 326      * Simple mapping with no introns
 327      */
 328     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 329     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 330     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 331     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 3)));
 332     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 333     assertEquals("[3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 9)));
 334     assertEquals("[4, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(10, 12)));
 335     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 6)));
 336     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 9)));
 337     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 12)));
 338     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 339     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 12)));
 340     // reversing the 'from' range reverses the result
 341     assertEquals("[4, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(12, 4)));
 342
 343     /*
 344      * A part codon is treated as if a whole one.
 345      */
 346     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 1)));
 347     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 2)));
 348     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 4)));
 349     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 8)));
 350     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 11)));
 351     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(5, 11)));
 352
 353     assertNull(ml.locateInTo(0, 0));
 354     assertNull(ml.locateInTo(1, 13));
 355     assertNull(ml.locateInTo(-1, 1));
 356   }
 357
 358   /**
 359    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 360    * 'from' map.
 361    */
 362   @Test(groups = { "Functional" })
 363   public void testLocateInTo_withIntrons()
 364   {
 365     /*
 366      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 367      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 368      */
 369     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 370     /*
 371      * Mapped proteins at positions 1, 3, 4, 6 in the sequence
 372      */
 373     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 374     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 375
 376     /*
 377      * Can't map from an unmapped position
 378      */
 379     assertNull(ml.locateInTo(1, 2));
 380     assertNull(ml.locateInTo(1, 4));
 381     assertNull(ml.locateInTo(2, 4));
 382     assertNull(ml.locateInTo(4, 4));
 383
 384     /*
 385      * Valid range or subrange of codon1 maps to protein1
 386      */
 387     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 2)));
 388     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 3)));
 389     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 5)));
 390     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 3)));
 391     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 5)));
 392
 393     // codon position 6 starts the next protein:
 394     assertEquals("[1, 1, 3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 6)));
 395
 396     // codon positions 7 to 17 (part) cover proteins 2/3/4 at positions 3/4/6
 397     assertEquals("[3, 4, 6, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 17)));
 398   }
 399
 400   /**
 401    * Test equals method.
 402    */
 403   @Test(groups = { "Functional" })
 404   public void testEquals()
 405   {
 406     int[] codons = new int[] { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 407     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 408     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 409     MapList ml1 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // same values
 410     MapList ml2 = new MapList(codons, protein, 2, 1); // fromRatio differs
 411     MapList ml3 = new MapList(codons, protein, 3, 2); // toRatio differs
 412     codons[2] = 4;
 413     MapList ml6 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // fromShifts differ
 414     protein[1] = 3;
 415     MapList ml7 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // toShifts differ
 416
 417     assertTrue(ml.equals(ml));
 418     assertEquals(ml.hashCode(), ml.hashCode());
 419     assertTrue(ml.equals(ml1));
 420     assertEquals(ml.hashCode(), ml1.hashCode());
 421     assertTrue(ml1.equals(ml));
 422
 423     assertFalse(ml.equals(null));
 424     assertFalse(ml.equals("hello"));
 425     assertFalse(ml.equals(ml2));
 426     assertFalse(ml.equals(ml3));
 427     assertFalse(ml.equals(ml6));
 428     assertFalse(ml.equals(ml7));
 429     assertFalse(ml6.equals(ml7));
 430
 431     try
 432     {
 433       MapList ml4 = new MapList(codons, null, 3, 1); // toShifts null
 434       assertFalse(ml.equals(ml4));
 435     } catch (NullPointerException e)
 436     {
 437       // actually thrown by constructor before equals can be called
 438     }
 439     try
 440     {
 441       MapList ml5 = new MapList(null, protein, 3, 1); // fromShifts null
 442       assertFalse(ml.equals(ml5));
 443     } catch (NullPointerException e)
 444     {
 445       // actually thrown by constructor before equals can be called
 446     }
 447   }
 448
 449   /**
 450    * Test for the method that flattens a list of ranges into a single array.
 451    */
 452   @Test(groups = { "Functional" })
 453   public void testGetRanges()
 454   {
 455     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 456     ranges.add(new int[] { 2, 3 });
 457     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 458     assertEquals("[2, 3, 5, 6]",
 459             Arrays.toString(MapList.getRanges(ranges)));
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Check state after construction
 464    */
 465   @Test(groups = { "Functional" })
 466   public void testConstructor()
 467   {
 468     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 469     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 470     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 471     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 472     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 473     assertEquals(18, ml.getFromHighest());
 474     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 475     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 476     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 477             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 478     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 479
 480     /*
 481      * Also copy constructor
 482      */
 483     MapList ml2 = new MapList(ml);
 484     assertEquals(3, ml2.getFromRatio());
 485     assertEquals(2, ml2.getFromLowest());
 486     assertEquals(18, ml2.getFromHighest());
 487     assertEquals(1, ml2.getToLowest());
 488     assertEquals(6, ml2.getToHighest());
 489     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 490             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 491     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}",
 492             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 493
 494     /*
 495      * reverse direction
 496      */
 497     codons = new int[] { 9, 6 };
 498     protein = new int[] { 100, 91, 80, 79 };
 499     ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 500     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 501     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 502     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 503     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 504   }
 505
 506   /**
 507    * Test constructor used to merge consecutive ranges but now just leaves them
 508    * as supplied (JAL-3751)
 509    */
 510   @Test(groups = { "Functional" })
 511   public void testConstructor_mergeRanges()
 512   {
 513     int[] codons = { 2, 3, 3, 7, 9, 10, 12, 12, 13, 14, 16, 17 };
 514     int[] protein = { 1, 1, 2, 3, 6, 6 };
 515     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 516     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 517     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 518     assertEquals(17, ml.getFromHighest());
 519     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 520     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 521     assertEquals("{[2, 3], [3, 7], [9, 10], [12, 12], [13, 14], [16, 17]}",
 522             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 523     assertEquals("{[1, 1], [2, 3], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 524   }
 525
 526   /**
 527    * Convert a List of {[i, j], [k, l], ...} to "[[i, j], [k, l], ...]"
 528    *
 529    * @param ranges
 530    * @return
 531    */
 532   private String prettyPrint(List<int[]> ranges)
 533   {
 534     StringBuilder sb = new StringBuilder(ranges.size() * 5);
 535     boolean first = true;
 536     sb.append("{");
 537     for (int[] range : ranges)
 538     {
 539       if (!first)
 540       {
 541         sb.append(", ");
 542       }
 543       sb.append(Arrays.toString(range));
 544       first = false;
 545     }
 546     sb.append("}");
 547     return sb.toString();
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Test the method that creates an inverse mapping
 552    */
 553   @Test(groups = { "Functional" })
 554   public void testGetInverse()
 555   {
 556     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 557     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 558
 559     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 560     MapList ml2 = ml.getInverse();
 561     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 562     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 563     assertEquals(ml.getToHighest(), ml2.getFromHighest());
 564     assertEquals(ml.getFromHighest(), ml2.getToHighest());
 565     assertEquals(prettyPrint(ml.getFromRanges()),
 566             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 567     assertEquals(prettyPrint(ml.getToRanges()),
 568             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 569   }
 570
 571   @Test(groups = { "Functional" })
 572   public void testToString()
 573   {
 574     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 },
 575             new int[]
 576             { 51, 1 }, 1, 3);
 577     String s = ml.toString();
 578     assertEquals("[ [1, 5] [10, 15] [25, 20] ] 1:3 to [ [51, 1] ]", s);
 579   }
 580
 581   @Test(groups = { "Functional" })
 582   public void testAddMapList()
 583   {
 584     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 585             new int[]
 586             { 72, 22 }, 1, 3);
 587     assertEquals(11, ml.getFromLowest());
 588     assertEquals(35, ml.getFromHighest());
 589     assertEquals(22, ml.getToLowest());
 590     assertEquals(72, ml.getToHighest());
 591
 592     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 2, 4, 37, 40 },
 593             new int[]
 594             { 12, 17, 78, 83, 88, 96 }, 1, 3);
 595     ml.addMapList(ml2);
 596     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 597     assertEquals(40, ml.getFromHighest());
 598     assertEquals(12, ml.getToLowest());
 599     assertEquals(96, ml.getToHighest());
 600
 601     String s = ml.toString();
 602     assertEquals(
 603             "[ [11, 15] [20, 25] [35, 30] [2, 4] [37, 40] ] 1:3 to [ [72, 22] [12, 17] [78, 83] [88, 96] ]",
 604             s);
 605   }
 606
 607   /**
 608    * Test that confirms adding a map twice does nothing
 609    */
 610   @Test(groups = { "Functional" })
 611   public void testAddMapList_sameMap()
 612   {
 613     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 614             new int[]
 615             { 72, 22 }, 1, 3);
 616     String before = ml.toString();
 617     ml.addMapList(ml);
 618     assertEquals(before, ml.toString());
 619     ml.addMapList(new MapList(ml));
 620     assertEquals(before, ml.toString());
 621   }
 622
 623   @Test(groups = { "Functional" })
 624   public void testAddMapList_contiguous()
 625   {
 626     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15 }, new int[] { 72, 58 }, 1,
 627             3);
 628
 629     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 15, 16 }, new int[] { 58, 53 }, 1,
 630             3);
 631     ml.addMapList(ml2);
 632     assertEquals("[ [11, 16] ] 1:3 to [ [72, 53] ]", ml.toString());
 633   }
 634
 635   @Test(groups = "Functional")
 636   public void testAddRange()
 637   {
 638     int[] range = { 1, 5 };
 639     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 640
 641     // add to empty list:
 642     MapList.addRange(range, ranges);
 643     assertEquals(1, ranges.size());
 644     assertSame(range, ranges.get(0));
 645
 646     // extend contiguous (same position):
 647     MapList.addRange(new int[] { 5, 10 }, ranges);
 648     assertEquals(1, ranges.size());
 649     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 650     assertEquals(10, ranges.get(0)[1]);
 651
 652     // extend contiguous (next position):
 653     MapList.addRange(new int[] { 11, 15 }, ranges);
 654     assertEquals(1, ranges.size());
 655     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 656     assertEquals(15, ranges.get(0)[1]);
 657
 658     // change direction: range is not merged:
 659     MapList.addRange(new int[] { 16, 10 }, ranges);
 660     assertEquals(2, ranges.size());
 661     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 662     assertEquals(10, ranges.get(1)[1]);
 663
 664     // extend reverse contiguous (same position):
 665     MapList.addRange(new int[] { 10, 8 }, ranges);
 666     assertEquals(2, ranges.size());
 667     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 668     assertEquals(8, ranges.get(1)[1]);
 669
 670     // extend reverse contiguous (next position):
 671     MapList.addRange(new int[] { 7, 6 }, ranges);
 672     assertEquals(2, ranges.size());
 673     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 674     assertEquals(6, ranges.get(1)[1]);
 675
 676     // change direction: range is not merged:
 677     MapList.addRange(new int[] { 6, 9 }, ranges);
 678     assertEquals(3, ranges.size());
 679     assertEquals(6, ranges.get(2)[0]);
 680     assertEquals(9, ranges.get(2)[1]);
 681
 682     // not contiguous: not merged
 683     MapList.addRange(new int[] { 11, 12 }, ranges);
 684     assertEquals(4, ranges.size());
 685     assertEquals(11, ranges.get(3)[0]);
 686     assertEquals(12, ranges.get(3)[1]);
 687   }
 688
 689   /**
 690    * Check state after construction
 691    */
 692   @Test(groups = { "Functional" })
 693   public void testConstructor_withLists()
 694   {
 695     /*
 696      * reverse direction
 697      */
 698     int[][] codons = new int[][] { { 9, 6 } };
 699     int[][] protein = new int[][] { { 100, 91 }, { 80, 79 } };
 700     MapList ml = new MapList(Arrays.asList(codons), Arrays.asList(protein),
 701             3, 1);
 702     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 703     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 704     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 705     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse from
 710    * range. Single position ranges are ignored.
 711    */
 712   @Test(groups = { "Functional" })
 713   public void testIsFromForwardStrand()
 714   {
 715     // [3-9] declares forward strand
 716     MapList ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 3, 9, 12, 11 },
 717             new int[]
 718             { 20, 11 }, 1, 1);
 719     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 720
 721     // [11-5] declares reverse strand ([13-14] is ignored)
 722     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 11, 5, 13, 14 },
 723             new int[]
 724             { 20, 11 }, 1, 1);
 725     assertFalse(ml.isFromForwardStrand());
 726
 727     // all single position ranges - defaults to forward strand
 728     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, new int[] { 3, 1 }, 1,
 729             1);
 730     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 731   }
 732
 733   /**
 734    * Test the method that merges contiguous ranges
 735    */
 736   @Test(groups = { "Functional" })
 737   public void testCoalesceRanges()
 738   {
 739     assertNull(MapList.coalesceRanges(null));
 740     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 741     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 742     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 743     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 744
 745     // add non-contiguous range:
 746     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 747     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 748
 749     // 'contiguous' range in opposite direction is not merged:
 750     ranges.add(new int[] { 7, 6 });
 751     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 752
 753     // merging in forward direction:
 754     ranges.clear();
 755     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 756     ranges.add(new int[] { 4, 5 }); // contiguous
 757     ranges.add(new int[] { 5, 5 }); // overlap!
 758     ranges.add(new int[] { 6, 7 }); // contiguous
 759     List<int[]> merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 760     assertEquals(2, merged.size());
 761     assertArrayEquals(new int[] { 1, 5 }, merged.get(0));
 762     assertArrayEquals(new int[] { 5, 7 }, merged.get(1));
 763     // verify input list is unchanged
 764     assertEquals(4, ranges.size());
 765     assertArrayEquals(new int[] { 1, 3 }, ranges.get(0));
 766     assertArrayEquals(new int[] { 4, 5 }, ranges.get(1));
 767     assertArrayEquals(new int[] { 5, 5 }, ranges.get(2));
 768     assertArrayEquals(new int[] { 6, 7 }, ranges.get(3));
 769
 770     // merging in reverse direction:
 771     ranges.clear();
 772     ranges.add(new int[] { 7, 5 });
 773     ranges.add(new int[] { 5, 4 }); // overlap
 774     ranges.add(new int[] { 4, 4 }); // overlap
 775     ranges.add(new int[] { 3, 1 }); // contiguous
 776     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 777     assertEquals(3, merged.size());
 778     assertArrayEquals(new int[] { 7, 5 }, merged.get(0));
 779     assertArrayEquals(new int[] { 5, 4 }, merged.get(1));
 780     assertArrayEquals(new int[] { 4, 1 }, merged.get(2));
 781
 782     // merging with switches of direction:
 783     ranges.clear();
 784     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 785     ranges.add(new int[] { 4, 5 }); // contiguous
 786     ranges.add(new int[] { 5, 5 }); // overlap
 787     ranges.add(new int[] { 6, 6 }); // contiguous
 788     ranges.add(new int[] { 12, 10 });
 789     ranges.add(new int[] { 9, 8 }); // contiguous
 790     ranges.add(new int[] { 8, 8 }); // overlap
 791     ranges.add(new int[] { 7, 7 }); // contiguous
 792     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 793     assertEquals(4, merged.size());
 794     assertArrayEquals(new int[] { 1, 5 }, merged.get(0));
 795     assertArrayEquals(new int[] { 5, 6 }, merged.get(1));
 796     assertArrayEquals(new int[] { 12, 8 }, merged.get(2));
 797     assertArrayEquals(new int[] { 8, 7 }, merged.get(3));
 798
 799     // 'subsumed' ranges are preserved
 800     ranges.clear();
 801     ranges.add(new int[] { 10, 30 });
 802     ranges.add(new int[] { 15, 25 });
 803     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 804     assertEquals(2, merged.size());
 805     assertArrayEquals(new int[] { 10, 30 }, merged.get(0));
 806     assertArrayEquals(new int[] { 15, 25 }, merged.get(1));
 807   }
 808
 809   /**
 810    * Test the method that compounds ('traverses') two mappings
 811    */
 812   @Test(groups = "Functional")
 813   public void testTraverse()
 814   {
 815     /*
 816      * simple 1:1 plus 1:1 forwards
 817      */
 818     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 3, 4, 8, 12 },
 819             new int[]
 820             { 5, 8, 11, 13 }, 1, 1);
 821     assertEquals("{[3, 4], [8, 12]}", prettyPrint(ml1.getFromRanges()));
 822     assertEquals("{[5, 8], [11, 13]}", prettyPrint(ml1.getToRanges()));
 823
 824     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 50 },
 825             new int[]
 826             { 40, 45, 70, 75, 90, 127 }, 1, 1);
 827     assertEquals("{[1, 50]}", prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 828     assertEquals("{[40, 45], [70, 75], [90, 127]}",
 829             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 830
 831     MapList compound = ml1.traverse(ml2);
 832
 833     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 834     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 835     List<int[]> fromRanges = compound.getFromRanges();
 836     assertEquals(2, fromRanges.size());
 837     assertArrayEquals(new int[] { 3, 4 }, fromRanges.get(0));
 838     assertArrayEquals(new int[] { 8, 12 }, fromRanges.get(1));
 839     List<int[]> toRanges = compound.getToRanges();
 840     assertEquals(4, toRanges.size());
 841     // 5-8 maps to 44-45,70-71
 842     // 11-13 maps to 74-75,90
 843     assertArrayEquals(new int[] { 44, 45 }, toRanges.get(0));
 844     assertArrayEquals(new int[] { 70, 71 }, toRanges.get(1));
 845     assertArrayEquals(new int[] { 74, 75 }, toRanges.get(2));
 846     assertArrayEquals(new int[] { 90, 90 }, toRanges.get(3));
 847
 848     /*
 849      * 1:1 over 1:1 backwards ('reverse strand')
 850      */
 851     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 70, 119 }, 1, 1);
 852     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 500 },
 853             new int[]
 854             { 1000, 901, 600, 201 }, 1, 1);
 855     compound = ml1.traverse(ml2);
 856
 857     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 858     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 859     fromRanges = compound.getFromRanges();
 860     assertEquals(1, fromRanges.size());
 861     assertArrayEquals(new int[] { 1, 50 }, fromRanges.get(0));
 862     toRanges = compound.getToRanges();
 863     assertEquals(2, toRanges.size());
 864     assertArrayEquals(new int[] { 931, 901 }, toRanges.get(0));
 865     assertArrayEquals(new int[] { 600, 582 }, toRanges.get(1));
 866
 867     /*
 868      * 1:1 plus 1:3 should result in 1:3
 869      */
 870     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 30 }, new int[] { 11, 40 }, 1, 1);
 871     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 100 }, new int[] { 1, 50, 91, 340 }, 1,
 872             3);
 873     compound = ml1.traverse(ml2);
 874
 875     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 876     assertEquals(3, compound.getToRatio());
 877     fromRanges = compound.getFromRanges();
 878     assertEquals(1, fromRanges.size());
 879     assertArrayEquals(new int[] { 1, 30 }, fromRanges.get(0));
 880     // 11-40 maps to 31-50,91-160
 881     toRanges = compound.getToRanges();
 882     assertEquals(2, toRanges.size());
 883     assertArrayEquals(new int[] { 31, 50 }, toRanges.get(0));
 884     assertArrayEquals(new int[] { 91, 160 }, toRanges.get(1));
 885
 886     /*
 887      * 3:1 plus 1:1 should result in 3:1
 888      */
 889     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 30 }, new int[] { 11, 20 }, 3, 1);
 890     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 100 }, new int[] { 1, 15, 91, 175 }, 1,
 891             1);
 892     compound = ml1.traverse(ml2);
 893
 894     assertEquals(3, compound.getFromRatio());
 895     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 896     fromRanges = compound.getFromRanges();
 897     assertEquals(1, fromRanges.size());
 898     assertArrayEquals(new int[] { 1, 30 }, fromRanges.get(0));
 899     // 11-20 maps to 11-15, 91-95
 900     toRanges = compound.getToRanges();
 901     assertEquals(2, toRanges.size());
 902     assertArrayEquals(new int[] { 11, 15 }, toRanges.get(0));
 903     assertArrayEquals(new int[] { 91, 95 }, toRanges.get(1));
 904
 905     /*
 906      * 1:3 plus 3:1 should result in 1:1
 907      */
 908     ml1 = new MapList(new int[] { 21, 40 }, new int[] { 13, 72 }, 1, 3);
 909     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 300 }, new int[] { 51, 70, 121, 200 },
 910             3, 1);
 911     compound = ml1.traverse(ml2);
 912
 913     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 914     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 915     fromRanges = compound.getFromRanges();
 916     assertEquals(1, fromRanges.size());
 917     assertArrayEquals(new int[] { 21, 40 }, fromRanges.get(0));
 918     // 13-72 maps 3:1 to 55-70, 121-124
 919     toRanges = compound.getToRanges();
 920     assertEquals(2, toRanges.size());
 921     assertArrayEquals(new int[] { 55, 70 }, toRanges.get(0));
 922     assertArrayEquals(new int[] { 121, 124 }, toRanges.get(1));
 923
 924     /*
 925      * 3:1 plus 1:3 should result in 1:1
 926      */
 927     ml1 = new MapList(new int[] { 31, 90 }, new int[] { 13, 32 }, 3, 1);
 928     ml2 = new MapList(new int[] { 11, 40 }, new int[] { 41, 50, 71, 150 },
 929             1, 3);
 930     compound = ml1.traverse(ml2);
 931
 932     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 933     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 934     fromRanges = compound.getFromRanges();
 935     assertEquals(1, fromRanges.size());
 936     assertArrayEquals(new int[] { 31, 90 }, fromRanges.get(0));
 937     // 13-32 maps to 47-50,71-126
 938     toRanges = compound.getToRanges();
 939     assertEquals(2, toRanges.size());
 940     assertArrayEquals(new int[] { 47, 50 }, toRanges.get(0));
 941     assertArrayEquals(new int[] { 71, 126 }, toRanges.get(1));
 942
 943     /*
 944      * method returns null if not all regions are mapped through
 945      */
 946     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 101, 150 }, 1, 1);
 947     ml2 = new MapList(new int[] { 131, 180 }, new int[] { 201, 250 }, 1, 3);
 948     compound = ml1.traverse(ml2);
 949     assertNull(compound);
 950   }
 951
 952   /**
 953    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse 'to'
 954    * range. Single position ranges are ignored.
 955    */
 956   @Test(groups = { "Functional" })
 957   public void testIsToForwardsStrand()
 958   {
 959     // [3-9] declares forward strand
 960     MapList ml = new MapList(new int[] { 20, 11 },
 961             new int[]
 962             { 2, 2, 3, 9, 12, 11 }, 1, 1);
 963     assertTrue(ml.isToForwardStrand());
 964
 965     // [11-5] declares reverse strand ([13-14] is ignored)
 966     ml = new MapList(new int[] { 20, 11 },
 967             new int[]
 968             { 2, 2, 11, 5, 13, 14 }, 1, 1);
 969     assertFalse(ml.isToForwardStrand());
 970
 971     // all single position ranges - defaults to forward strand
 972     ml = new MapList(new int[] { 3, 1 }, new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, 1,
 973             1);
 974     assertTrue(ml.isToForwardStrand());
 975   }
 976
 977   /**
 978    * Test for mapping with overlapping ranges
 979    */
 980   @Test(groups = { "Functional" })
 981   public void testLocateInFrom_withOverlap()
 982   {
 983     /*
 984      * gene to protein...
 985      */
 986     int[] codons = new int[] { 1, 12, 12, 17 };
 987     int[] protein = new int[] { 1, 6 };
 988     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 989     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 990     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 991     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 992     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 993     assertEquals("[12, 14]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(5, 5)));
 994     assertEquals("[15, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(6, 6)));
 995     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 2)));
 996     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 3)));
 997     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 4)));
 998     assertEquals("[1, 12, 12, 14]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 5)));
 999     assertEquals("[1, 12, 12, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 6)));
1000     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
1001     assertEquals("[7, 12, 12, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 6)));
1002
1003     assertNull(ml.locateInFrom(0, 0));
1004     assertNull(ml.locateInFrom(1, 7));
1005     assertNull(ml.locateInFrom(-1, 1));
1006
1007     /*
1008      * gene to CDS...from EMBL:MN908947
1009      */
1010     int [] gene = new int[] { 266, 13468, 13468, 21555 };
1011     int [] cds = new int[] { 1, 21291 };
1012     ml = new MapList(gene, cds, 1, 1);
1013     assertEquals("[13468, 13468]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(13203, 13203)));
1014     assertEquals("[13468, 13468]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(13204, 13204)));
1015     assertEquals("[13468, 13468]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(13203, 13204)));
1016   }
1017
1018   /**
1019    * Test for mapping with overlapping ranges
1020    */
1021   @Test(groups = { "Functional" })
1022   public void testLocateInTo_withOverlap()
1023   {
1024     /*
1025      * gene to protein...
1026      */
1027     int[] codons = new int[] { 1, 12, 12, 17 };
1028     int[] protein = new int[] { 1, 6 };
1029     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
1030     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 1)));
1031     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 8)));
1032     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 11)));
1033     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 11)));
1034
1035     // we want base 12 to map to both of the amino acids it codes for
1036     assertEquals("[4, 5]", Arrays.toString(ml.locateInTo(12, 12)));
1037     assertEquals("[4, 5]", Arrays.toString(ml.locateInTo(11, 12)));
1038     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(11, 15)));
1039     assertEquals("[6, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(15, 17)));
1040
1041     assertNull(ml.locateInTo(0, 0));
1042     assertNull(ml.locateInTo(1, 18));
1043     assertNull(ml.locateInTo(-1, 1));
1044
1045     /*
1046      * gene to CDS...from EMBL:MN908947
1047      */
1048     int [] gene = new int[] { 266, 13468, 13468, 21555 };
1049     int [] cds = new int[] { 1, 21291 };
1050     ml = new MapList(gene, cds, 1, 1);
1051     assertEquals("[13203, 13204]", Arrays.toString(ml.locateInTo(13468, 13468)));
1052   }
1053
1054   @Test(groups = { "Functional" })
1055   public void testTraverseToPosition()
1056   {
1057     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1058     assertNull(MapList.traverseToPosition(ranges, 0));
1059
1060     ranges.add(new int[] { 3, 6 });
1061     assertNull(MapList.traverseToPosition(ranges, 0));
1062   }
1063
1064   @Test(groups = { "Functional" })
1065   public void testCountPositions()
1066   {
1067     try
1068     {
1069       MapList.countPositions(null, 1);
1070       fail("expected exception");
1071     } catch (NullPointerException e)
1072     {
1073       // expected
1074     }
1075
1076     List<int[]> intervals = new ArrayList<>();
1077     assertNull(MapList.countPositions(intervals,  1));
1078
1079     /*
1080      * forward strand
1081      */
1082     intervals.add(new int[] {10, 20});
1083     assertNull(MapList.countPositions(intervals,  9));
1084     assertNull(MapList.countPositions(intervals,  21));
1085     assertArrayEquals(new int[] {1, 1}, MapList.countPositions(intervals,  10));
1086     assertArrayEquals(new int[] {6, 1}, MapList.countPositions(intervals,  15));
1087     assertArrayEquals(new int[] {11, 1}, MapList.countPositions(intervals,  20));
1088
1089     intervals.add(new int[] {25, 25});
1090     assertArrayEquals(new int[] {12, 1}, MapList.countPositions(intervals,  25));
1091
1092     // next interval repeats position 25 - which should be counted twice if traversed
1093     intervals.add(new int[] {25, 26});
1094     assertArrayEquals(new int[] {12, 1}, MapList.countPositions(intervals,  25));
1095     assertArrayEquals(new int[] {14, 1}, MapList.countPositions(intervals,  26));
1096
1097     /*
1098      * reverse strand
1099      */
1100     intervals.clear();
1101     intervals.add(new int[] {5, -5});
1102     assertNull(MapList.countPositions(intervals,  6));
1103     assertNull(MapList.countPositions(intervals,  -6));
1104     assertArrayEquals(new int[] {1, -1}, MapList.countPositions(intervals,  5));
1105     assertArrayEquals(new int[] {7, -1}, MapList.countPositions(intervals,  -1));
1106     assertArrayEquals(new int[] {11, -1}, MapList.countPositions(intervals,  -5));
1107
1108     /*
1109      * reverse then forward
1110      */
1111     intervals.add(new int[] {5, 10});
1112     assertArrayEquals(new int[] {13, 1}, MapList.countPositions(intervals,  6));
1113
1114     /*
1115      * reverse then forward then reverse
1116      */
1117     intervals.add(new int[] {-10, -20});
1118     assertArrayEquals(new int[] {20, -1}, MapList.countPositions(intervals,  -12));
1119
1120     /*
1121      * an interval [x, x] is treated as forward
1122      */
1123     intervals.add(new int[] {30, 30});
1124     assertArrayEquals(new int[] {29, 1}, MapList.countPositions(intervals,  30));
1125
1126     /*
1127      * it is the first matched occurrence that is returned
1128      */
1129     intervals.clear();
1130     intervals.add(new int[] {1, 2});
1131     intervals.add(new int[] {2, 3});
1132     assertArrayEquals(new int[] {2, 1}, MapList.countPositions(intervals,  2));
1133     intervals.add(new int[] {-1, -2});
1134     intervals.add(new int[] {-2, -3});
1135     assertArrayEquals(new int[] {6, -1}, MapList.countPositions(intervals,  -2));
1136   }
1137
1138   @Test(groups = { "Functional" })
1139   public void testFindOverlapPositions()
1140   {
1141     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1142     List<int[]> overlaps = MapList.findOverlapPositions(ranges,  20,  30);
1143     assertTrue(overlaps.isEmpty());
1144     ranges.add(new int[] {15, 25});
1145     overlaps = MapList.findOverlapPositions(ranges,  20,  30);
1146     assertEquals(1, overlaps.size());
1147     assertArrayEquals(new int[] {6, 11}, overlaps.get(0));
1148   }
1149
1150   @Test(groups = { "Functional" })
1151   public void testMapWords()
1152   {
1153     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1154
1155     /*
1156      * 1:1 (trivial) case
1157      */
1158     ranges.add(new int[] {2, 4});
1159     ranges.add(new int[] {6, 9});
1160     MapList.mapWords(ranges,  1, 1);
1161     assertEquals(ranges.size(), 2);
1162     assertArrayEquals(new int[] {2, 4}, ranges.get(0));
1163     assertArrayEquals(new int[] {6, 9}, ranges.get(1));
1164
1165     /*
1166      * 1:3 case (peptide to codon ranges)
1167      */
1168     MapList.mapWords(ranges,  1, 3);
1169     assertEquals(ranges.size(), 2);
1170     assertArrayEquals(new int[] {6, 14}, ranges.get(0));
1171     assertArrayEquals(new int[] {18, 29}, ranges.get(1));
1172
1173     /*
1174      * 3:1 case (codon or part codon to peptide)
1175      */
1176     ranges.clear();
1177     ranges.add(new int[] {0, 5}); // 2 whole codons
1178     ranges.add(new int[] {7, 11}); // part + whole codon
1179     ranges.add(new int[] {15, 19}); // whole + part codon
1180     ranges.add(new int[] {23, 27}); // part + part codon
1181     ranges.add(new int[] {30, 30}); // first base of codon
1182     ranges.add(new int[] {31, 31}); // second base of codon
1183     ranges.add(new int[] {32, 32}); // third base of codon
1184     MapList.mapWords(ranges,  3, 1);
1185     assertEquals(ranges.size(), 7);
1186     assertArrayEquals(new int[] {0, 1}, ranges.get(0));
1187     assertArrayEquals(new int[] {2, 3}, ranges.get(1));
1188     assertArrayEquals(new int[] {5, 6}, ranges.get(2));
1189     assertArrayEquals(new int[] {7, 9}, ranges.get(3));
1190     assertArrayEquals(new int[] {10, 10}, ranges.get(4));
1191     assertArrayEquals(new int[] {10, 10}, ranges.get(5));
1192     assertArrayEquals(new int[] {10, 10}, ranges.get(6));
1193   }
1194 }