test/jalview/util/MapListTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
  29
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Arrays;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class MapListTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testSomething()
  51   {
  52     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 }, new int[] {
  53         51, 1 }, 1, 3);
  54     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 1, 3, 17, 4 },
  55             new int[] { 51, 1 }, 1, 3);
  56     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 60 }, new int[] { 1, 20 }, 3,
  57             1);
  58     // test internal consistency
  59     int to[] = new int[51];
  60     testMap(ml, 1, 60);
  61     MapList mldna = new MapList(new int[] { 2, 2, 6, 8, 12, 16 }, new int[]
  62     { 1, 3 }, 3, 1);
  63     int[] frm = mldna.locateInFrom(1, 1);
  64     testLocateFrom(mldna, 1, 1, new int[] { 2, 2, 6, 7 });
  65     testMap(mldna, 1, 3);
  66     /*
  67      * for (int from=1; from<=51; from++) { int[] too=ml.shiftTo(from); int[]
  68      * toofrom=ml.shiftFrom(too[0]);
  69      * System.out.println("ShiftFrom("+from+")=="+too[0]+" %
  70      * "+too[1]+"\t+-+\tShiftTo("+too[0]+")=="+toofrom[0]+" % "+toofrom[1]); }
  71      */
  72   }
  73
  74   private static void testLocateFrom(MapList mldna, int i, int j, int[] ks)
  75   {
  76     int[] frm = mldna.locateInFrom(i, j);
  77     assertEquals("Failed test locate from " + i + " to " + j,
  78             Arrays.toString(frm), Arrays.toString(ks));
  79   }
  80
  81   /**
  82    * test routine. not incremental.
  83    *
  84    * @param ml
  85    * @param fromS
  86    * @param fromE
  87    */
  88   private void testMap(MapList ml, int fromS, int fromE)
  89   {
  90     // todo convert to JUnit style tests
  91     for (int from = 1; from <= 25; from++)
  92     {
  93       int[] too = ml.shiftFrom(from);
  94       System.out.print("ShiftFrom(" + from + ")==");
  95       if (too == null)
  96       {
  97         System.out.print("NaN\n");
  98       }
  99       else
 100       {
 101         System.out.print(too[0] + " % " + too[1] + " (" + too[2] + ")");
 102         System.out.print("\t+--+\t");
 103         int[] toofrom = ml.shiftTo(too[0]);
 104         if (toofrom != null)
 105         {
 106           if (toofrom[0] != from)
 107           {
 108             System.err.println("Mapping not reflexive:" + from + " "
 109                     + too[0] + "->" + toofrom[0]);
 110           }
 111           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")==" + toofrom[0]
 112                   + " % " + toofrom[1] + " (" + toofrom[2] + ")");
 113         }
 114         else
 115         {
 116           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")=="
 117                   + "NaN! - not Bijective Mapping!");
 118         }
 119       }
 120     }
 121     int mmap[][] = ml.makeFromMap();
 122     System.out.println("FromMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 123             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 124     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 125     {
 126       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 127       {
 128         System.out.print(i + "=XXX");
 129
 130       }
 131       else
 132       {
 133         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 134       }
 135       if (i % 20 == 0)
 136       {
 137         System.out.print("\n");
 138       }
 139       else
 140       {
 141         System.out.print(",");
 142       }
 143     }
 144     // test range function
 145     System.out.print("\nTest locateInFrom\n");
 146     {
 147       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 148       while (f <= t)
 149       {
 150         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 151         int rng[] = ml.locateInFrom(f, t);
 152         if (rng != null)
 153         {
 154           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 155           {
 156             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 157           }
 158         }
 159         else
 160         {
 161           System.out.println("No range!");
 162         }
 163         System.out.print("\nReversed\n");
 164         rng = ml.locateInFrom(t, f);
 165         if (rng != null)
 166         {
 167           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 168           {
 169             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 170           }
 171         }
 172         else
 173         {
 174           System.out.println("No range!");
 175         }
 176         System.out.print("\n");
 177         f++;
 178         t--;
 179       }
 180     }
 181     System.out.print("\n");
 182     mmap = ml.makeToMap();
 183     System.out.println("ToMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 184             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 185     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 186     {
 187       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 188       {
 189         System.out.print(i + "=XXX");
 190
 191       }
 192       else
 193       {
 194         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 195       }
 196       if (i % 20 == 0)
 197       {
 198         System.out.print("\n");
 199       }
 200       else
 201       {
 202         System.out.print(",");
 203       }
 204     }
 205     System.out.print("\n");
 206     // test range function
 207     System.out.print("\nTest locateInTo\n");
 208     {
 209       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 210       while (f <= t)
 211       {
 212         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 213         int rng[] = ml.locateInTo(f, t);
 214         if (rng != null)
 215         {
 216           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 217           {
 218             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 219           }
 220         }
 221         else
 222         {
 223           System.out.println("No range!");
 224         }
 225         System.out.print("\nReversed\n");
 226         rng = ml.locateInTo(t, f);
 227         if (rng != null)
 228         {
 229           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 230           {
 231             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 232           }
 233         }
 234         else
 235         {
 236           System.out.println("No range!");
 237         }
 238         f++;
 239         t--;
 240         System.out.print("\n");
 241       }
 242     }
 243   }
 244
 245   /**
 246    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 247    * the 'to' map.
 248    */
 249   @Test(groups = { "Functional" })
 250   public void testLocateInFrom_noIntrons()
 251   {
 252     /*
 253      * Simple mapping with no introns
 254      */
 255     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 256     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 257     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 258     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 259     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 260     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 261     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 262     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 2)));
 263     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 3)));
 264     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 4)));
 265     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
 266     assertEquals("[4, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 4)));
 267     assertEquals("[7, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 4)));
 268     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 269
 270     assertNull(ml.locateInFrom(0, 0));
 271     assertNull(ml.locateInFrom(1, 5));
 272     assertNull(ml.locateInFrom(-1, 1));
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 277    * the 'to' map.
 278    */
 279   @Test(groups = { "Functional" })
 280   public void testLocateInFrom_withIntrons()
 281   {
 282     /*
 283      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 284      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 285      */
 286     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 287     int[] protein = { 1, 4 };
 288     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 289     assertEquals("[2, 3, 5, 5]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 290     assertEquals("[6, 7, 9, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 291     assertEquals("[10, 10, 12, 12, 14, 14]",
 292             Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 293     assertEquals("[16, 18]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 298    * 'from' map.
 299    */
 300   @Test(groups = { "Functional" })
 301   public void testLocateInTo_noIntrons()
 302   {
 303     /*
 304      * Simple mapping with no introns
 305      */
 306     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 307     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 308     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 309     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 3)));
 310     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 311     assertEquals("[3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 9)));
 312     assertEquals("[4, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(10, 12)));
 313     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 6)));
 314     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 9)));
 315     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 12)));
 316     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 317     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 12)));
 318
 319     /*
 320      * A part codon is treated as if a whole one.
 321      */
 322     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 1)));
 323     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 2)));
 324     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 4)));
 325     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 8)));
 326     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 11)));
 327     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(5, 11)));
 328
 329     assertNull(ml.locateInTo(0, 0));
 330     assertNull(ml.locateInTo(1, 13));
 331     assertNull(ml.locateInTo(-1, 1));
 332   }
 333
 334   /**
 335    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 336    * 'from' map.
 337    */
 338   @Test(groups = { "Functional" })
 339   public void testLocateInTo_withIntrons()
 340   {
 341     /*
 342      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 343      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 344      */
 345     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 346     /*
 347      * Mapped proteins at positions 1, 3, 4, 6 in the sequence
 348      */
 349     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 350     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 351
 352     /*
 353      * Can't map from an unmapped position
 354      */
 355     assertNull(ml.locateInTo(1, 2));
 356     assertNull(ml.locateInTo(2, 4));
 357     assertNull(ml.locateInTo(4, 4));
 358
 359     /*
 360      * Valid range or subrange of codon1 maps to protein1.
 361      */
 362     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 2)));
 363     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 3)));
 364     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 5)));
 365     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 3)));
 366     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 5)));
 367
 368     // codon position 6 starts the next protein:
 369     assertEquals("[1, 1, 3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 6)));
 370
 371     // codon positions 7 to 17 (part) cover proteins 2/3/4 at positions 3/4/6
 372     assertEquals("[3, 4, 6, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 17)));
 373
 374   }
 375
 376   /**
 377    * Test equals method.
 378    */
 379   @Test(groups = { "Functional" })
 380   public void testEquals()
 381   {
 382     int[] codons = new int[] { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 383     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 384     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 385     MapList ml1 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // same values
 386     MapList ml2 = new MapList(codons, protein, 2, 1); // fromRatio differs
 387     MapList ml3 = new MapList(codons, protein, 3, 2); // toRatio differs
 388     codons[2] = 4;
 389     MapList ml6 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // fromShifts differ
 390     protein[1] = 3;
 391     MapList ml7 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // toShifts differ
 392
 393     assertTrue(ml.equals(ml));
 394     assertEquals(ml.hashCode(), ml.hashCode());
 395     assertTrue(ml.equals(ml1));
 396     assertEquals(ml.hashCode(), ml1.hashCode());
 397     assertTrue(ml1.equals(ml));
 398
 399     assertFalse(ml.equals(null));
 400     assertFalse(ml.equals("hello"));
 401     assertFalse(ml.equals(ml2));
 402     assertFalse(ml.equals(ml3));
 403     assertFalse(ml.equals(ml6));
 404     assertFalse(ml.equals(ml7));
 405     assertFalse(ml6.equals(ml7));
 406
 407     try
 408     {
 409       MapList ml4 = new MapList(codons, null, 3, 1); // toShifts null
 410       assertFalse(ml.equals(ml4));
 411     } catch (NullPointerException e)
 412     {
 413       // actually thrown by constructor before equals can be called
 414     }
 415     try
 416     {
 417       MapList ml5 = new MapList(null, protein, 3, 1); // fromShifts null
 418       assertFalse(ml.equals(ml5));
 419     } catch (NullPointerException e)
 420     {
 421       // actually thrown by constructor before equals can be called
 422     }
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Test for the method that flattens a list of ranges into a single array.
 427    */
 428   @Test(groups = { "Functional" })
 429   public void testGetRanges()
 430   {
 431     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 432     ranges.add(new int[] { 2, 3 });
 433     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 434     assertEquals("[2, 3, 5, 6]", Arrays.toString(MapList.getRanges(ranges)));
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Check state after construction
 439    */
 440   @Test(groups = { "Functional" })
 441   public void testConstructor()
 442   {
 443     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 444     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 445     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 446     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 447     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 448     assertEquals(18, ml.getFromHighest());
 449     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 450     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 451     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 452             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 453     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 454
 455     /*
 456      * Also copy constructor
 457      */
 458     MapList ml2 = new MapList(ml);
 459     assertEquals(3, ml2.getFromRatio());
 460     assertEquals(2, ml2.getFromLowest());
 461     assertEquals(18, ml2.getFromHighest());
 462     assertEquals(1, ml2.getToLowest());
 463     assertEquals(6, ml2.getToHighest());
 464     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 465             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 466     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}", prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 467
 468     /*
 469      * reverse direction
 470      */
 471     codons = new int[] { 9, 6 };
 472     protein = new int[] { 100, 91, 80, 79 };
 473     ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 474     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 475     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 476     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 477     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 478   }
 479
 480   /**
 481    * Test constructor can merge consecutive ranges
 482    */
 483   @Test(groups = { "Functional" })
 484   public void testConstructor_mergeRanges()
 485   {
 486     int[] codons = { 2, 3, 3, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 17 };
 487     int[] protein = { 1, 1, 1, 3, 6, 6 };
 488     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 489     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 490     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 491     assertEquals(17, ml.getFromHighest());
 492     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 493     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 494     assertEquals("{[2, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 17]}",
 495             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 496     assertEquals("{[1, 3], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 497   }
 498
 499   /**
 500    * Convert a List of {[i, j], [k, l], ...} to "[[i, j], [k, l], ...]"
 501    *
 502    * @param ranges
 503    * @return
 504    */
 505   private String prettyPrint(List<int[]> ranges)
 506   {
 507     StringBuilder sb = new StringBuilder(ranges.size() * 5);
 508     boolean first = true;
 509     sb.append("{");
 510     for (int[] range : ranges)
 511     {
 512       if (!first)
 513       {
 514         sb.append(", ");
 515       }
 516       sb.append(Arrays.toString(range));
 517       first = false;
 518     }
 519     sb.append("}");
 520     return sb.toString();
 521   }
 522
 523   /**
 524    * Test the method that creates an inverse mapping
 525    */
 526   @Test(groups = { "Functional" })
 527   public void testGetInverse()
 528   {
 529     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 530     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 531
 532     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 533     MapList ml2 = ml.getInverse();
 534     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 535     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 536     assertEquals(ml.getToHighest(), ml2.getFromHighest());
 537     assertEquals(ml.getFromHighest(), ml2.getToHighest());
 538     assertEquals(prettyPrint(ml.getFromRanges()),
 539             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 540     assertEquals(prettyPrint(ml.getToRanges()),
 541             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 542   }
 543
 544   @Test(groups = { "Functional" })
 545   public void testToString()
 546   {
 547     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 }, new int[] {
 548         51, 1 }, 1, 3);
 549     String s = ml.toString();
 550     assertEquals("[ [1, 5] [10, 15] [25, 20] ] 1:3 to [ [51, 1] ]", s);
 551   }
 552
 553   @Test(groups = { "Functional" })
 554   public void testAddMapList()
 555   {
 556     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 557             new int[] { 72, 22 }, 1, 3);
 558     assertEquals(11, ml.getFromLowest());
 559     assertEquals(35, ml.getFromHighest());
 560     assertEquals(22, ml.getToLowest());
 561     assertEquals(72, ml.getToHighest());
 562
 563     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 2, 4, 37, 40 }, new int[] { 12,
 564         17, 78, 83, 88, 96 }, 1, 3);
 565     ml.addMapList(ml2);
 566     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 567     assertEquals(40, ml.getFromHighest());
 568     assertEquals(12, ml.getToLowest());
 569     assertEquals(96, ml.getToHighest());
 570
 571     String s = ml.toString();
 572     assertEquals(
 573             "[ [11, 15] [20, 25] [35, 30] [2, 4] [37, 40] ] 1:3 to [ [72, 22] [12, 17] [78, 83] [88, 96] ]",
 574             s);
 575   }
 576
 577   /**
 578    * Test that confirms adding a map twice does nothing
 579    */
 580   @Test(groups = { "Functional" })
 581   public void testAddMapList_sameMap()
 582   {
 583     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 584             new int[] { 72, 22 }, 1, 3);
 585     String before = ml.toString();
 586     ml.addMapList(ml);
 587     assertEquals(before, ml.toString());
 588     ml.addMapList(new MapList(ml));
 589     assertEquals(before, ml.toString());
 590   }
 591
 592   @Test(groups = { "Functional" })
 593   public void testAddMapList_contiguous()
 594   {
 595     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15 }, new int[] { 72, 58 }, 1,
 596             3);
 597
 598     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 15, 16 }, new int[] { 58, 53 },
 599             1, 3);
 600     ml.addMapList(ml2);
 601     assertEquals("[ [11, 16] ] 1:3 to [ [72, 53] ]", ml.toString());
 602   }
 603
 604   @Test(groups = "Functional")
 605   public void testAddRange()
 606   {
 607     int[] range = { 1, 5 };
 608     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 609
 610     // add to empty list:
 611     MapList.addRange(range, ranges);
 612     assertEquals(1, ranges.size());
 613     assertSame(range, ranges.get(0));
 614
 615     // extend contiguous (same position):
 616     MapList.addRange(new int[] { 5, 10 }, ranges);
 617     assertEquals(1, ranges.size());
 618     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 619     assertEquals(10, ranges.get(0)[1]);
 620
 621     // extend contiguous (next position):
 622     MapList.addRange(new int[] { 11, 15 }, ranges);
 623     assertEquals(1, ranges.size());
 624     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 625     assertEquals(15, ranges.get(0)[1]);
 626
 627     // change direction: range is not merged:
 628     MapList.addRange(new int[] { 16, 10 }, ranges);
 629     assertEquals(2, ranges.size());
 630     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 631     assertEquals(10, ranges.get(1)[1]);
 632
 633     // extend reverse contiguous (same position):
 634     MapList.addRange(new int[] { 10, 8 }, ranges);
 635     assertEquals(2, ranges.size());
 636     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 637     assertEquals(8, ranges.get(1)[1]);
 638
 639     // extend reverse contiguous (next position):
 640     MapList.addRange(new int[] { 7, 6 }, ranges);
 641     assertEquals(2, ranges.size());
 642     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 643     assertEquals(6, ranges.get(1)[1]);
 644
 645     // change direction: range is not merged:
 646     MapList.addRange(new int[] { 6, 9 }, ranges);
 647     assertEquals(3, ranges.size());
 648     assertEquals(6, ranges.get(2)[0]);
 649     assertEquals(9, ranges.get(2)[1]);
 650
 651     // not contiguous: not merged
 652     MapList.addRange(new int[] { 11, 12 }, ranges);
 653     assertEquals(4, ranges.size());
 654     assertEquals(11, ranges.get(3)[0]);
 655     assertEquals(12, ranges.get(3)[1]);
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Check state after construction
 660    */
 661   @Test(groups = { "Functional" })
 662   public void testConstructor_withLists()
 663   {
 664     /*
 665      * reverse direction
 666      */
 667     int[][] codons = new int[][] { { 9, 6 } };
 668     int[][] protein = new int[][] { { 100, 91 }, { 80, 79 } };
 669     MapList ml = new MapList(Arrays.asList(codons), Arrays.asList(protein),
 670             3, 1);
 671     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 672     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 673     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 674     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 675   }
 676
 677   /**
 678    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse from
 679    * range. Single position ranges are ignored.
 680    */
 681   @Test(groups = { "Functional" })
 682   public void testIsFromForwardStrand()
 683   {
 684     // [3-9] declares forward strand
 685     MapList ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 3, 9, 12, 11 }, new int[] {
 686         20, 11 }, 1, 1);
 687     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 688
 689     // [11-5] declares reverse strand ([13-14] is ignored)
 690     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 11, 5, 13, 14 },
 691             new int[] { 20, 11 }, 1, 1);
 692     assertFalse(ml.isFromForwardStrand());
 693
 694     // all single position ranges - defaults to forward strand
 695     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, new int[] { 3, 1 }, 1,
 696             1);
 697     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 698   }
 699
 700   /**
 701    * Test the method that merges a list of ranges where possible
 702    */
 703   @Test(groups = { "Functional" })
 704   public void testCoalesceRanges()
 705   {
 706     assertNull(MapList.coalesceRanges(null));
 707     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 708     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 709     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 710     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 711
 712     // add non-contiguous range:
 713     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 714     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 715
 716     // 'contiguous' range in opposite direction is not merged:
 717     ranges.add(new int[] { 7, 6 });
 718     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 719
 720     // merging in forward direction:
 721     ranges.clear();
 722     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 723     ranges.add(new int[] { 4, 5 });
 724     ranges.add(new int[] { 5, 5 });
 725     ranges.add(new int[] { 5, 7 });
 726     List<int[]> merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 727     assertEquals(1, merged.size());
 728     assertArrayEquals(new int[] { 1, 7 }, merged.get(0));
 729     // verify input list is unchanged
 730     assertEquals(4, ranges.size());
 731     assertArrayEquals(new int[] { 1, 3 }, ranges.get(0));
 732     assertArrayEquals(new int[] { 4, 5 }, ranges.get(1));
 733     assertArrayEquals(new int[] { 5, 5 }, ranges.get(2));
 734     assertArrayEquals(new int[] { 5, 7 }, ranges.get(3));
 735
 736     // merging in reverse direction:
 737     ranges.clear();
 738     ranges.add(new int[] { 7, 5 });
 739     ranges.add(new int[] { 5, 4 });
 740     ranges.add(new int[] { 4, 4 });
 741     ranges.add(new int[] { 3, 1 });
 742     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 743     assertEquals(1, merged.size());
 744     assertArrayEquals(new int[] { 7, 1 }, merged.get(0));
 745
 746     // merging with switches of direction:
 747     ranges.clear();
 748     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 749     ranges.add(new int[] { 4, 5 });
 750     ranges.add(new int[] { 5, 5 });
 751     ranges.add(new int[] { 6, 6 });
 752     ranges.add(new int[] { 12, 10 });
 753     ranges.add(new int[] { 9, 8 });
 754     ranges.add(new int[] { 8, 8 });
 755     ranges.add(new int[] { 7, 7 });
 756     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 757     assertEquals(2, merged.size());
 758     assertArrayEquals(new int[] { 1, 6 }, merged.get(0));
 759     assertArrayEquals(new int[] { 12, 7 }, merged.get(1));
 760   }
 761
 762   /**
 763    * Test the method that merges a list of ranges where possible
 764    */
 765   @Test(groups = { "Functional" })
 766   public void testCoalesceRanges_withOverlap()
 767   {
 768     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 769     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 770     ranges.add(new int[] { 2, 5 });
 771
 772     /*
 773      * [2, 5] should extend [1, 3]
 774      */
 775     List<int[]> merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 776     assertEquals(1, merged.size());
 777     assertArrayEquals(new int[] { 1, 5 }, merged.get(0));
 778
 779     /*
 780      * a subsumed interval should be dropped
 781      */
 782     ranges.clear();
 783     ranges.add(new int[] { 1, 6 });
 784     ranges.add(new int[] { 2, 4 });
 785     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 786     assertEquals(1, merged.size());
 787     assertArrayEquals(new int[] { 1, 6 }, merged.get(0));
 788
 789     ranges.clear();
 790     ranges.add(new int[] { 1, 5 });
 791     ranges.add(new int[] { 1, 6 });
 792     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 793     assertEquals(1, merged.size());
 794     assertArrayEquals(new int[] { 1, 6 }, merged.get(0));
 795
 796     /*
 797      * merge duplicate ranges
 798      */
 799     ranges.clear();
 800     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 801     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 802     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 803     assertEquals(1, merged.size());
 804     assertArrayEquals(new int[] { 1, 3 }, merged.get(0));
 805
 806     /*
 807      * reverse direction
 808      */
 809     ranges.clear();
 810     ranges.add(new int[] { 9, 5 });
 811     ranges.add(new int[] { 9, 4 });
 812     ranges.add(new int[] { 8, 3 });
 813     ranges.add(new int[] { 3, 2 });
 814     ranges.add(new int[] { 1, 0 });
 815     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 816     assertEquals(1, merged.size());
 817     assertArrayEquals(new int[] { 9, 0 }, merged.get(0));
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Test the method that compounds ('traverses') two mappings
 822    */
 823   @Test(groups = "Functional")
 824   public void testTraverse()
 825   {
 826     /*
 827      * simple 1:1 plus 1:1 forwards
 828      */
 829     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 3, 4, 8, 12 }, new int[] { 5, 8,
 830         11, 13 }, 1, 1);
 831     assertEquals("{[3, 4], [8, 12]}", prettyPrint(ml1.getFromRanges()));
 832     assertEquals("{[5, 8], [11, 13]}", prettyPrint(ml1.getToRanges()));
 833
 834     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 40, 45, 70,
 835         75, 90, 127 }, 1, 1);
 836     assertEquals("{[1, 50]}", prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 837     assertEquals("{[40, 45], [70, 75], [90, 127]}",
 838             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 839
 840     MapList compound = ml1.traverse(ml2);
 841
 842     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 843     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 844     List<int[]> fromRanges = compound.getFromRanges();
 845     assertEquals(2, fromRanges.size());
 846     assertArrayEquals(new int[] { 3, 4 }, fromRanges.get(0));
 847     assertArrayEquals(new int[] { 8, 12 }, fromRanges.get(1));
 848     List<int[]> toRanges = compound.getToRanges();
 849     assertEquals(4, toRanges.size());
 850     // 5-8 maps to 44-45,70-71
 851     // 11-13 maps to 74-75,90
 852     assertArrayEquals(new int[] { 44, 45 }, toRanges.get(0));
 853     assertArrayEquals(new int[] { 70, 71 }, toRanges.get(1));
 854     assertArrayEquals(new int[] { 74, 75 }, toRanges.get(2));
 855     assertArrayEquals(new int[] { 90, 90 }, toRanges.get(3));
 856
 857     /*
 858      * 1:1 over 1:1 backwards ('reverse strand')
 859      */
 860     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 70, 119 }, 1, 1);
 861     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 500 },
 862             new int[] { 1000, 901, 600, 201 }, 1, 1);
 863     compound = ml1.traverse(ml2);
 864
 865     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 866     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 867     fromRanges = compound.getFromRanges();
 868     assertEquals(1, fromRanges.size());
 869     assertArrayEquals(new int[] { 1, 50 }, fromRanges.get(0));
 870     toRanges = compound.getToRanges();
 871     assertEquals(2, toRanges.size());
 872     assertArrayEquals(new int[] { 931, 901 }, toRanges.get(0));
 873     assertArrayEquals(new int[] { 600, 582 }, toRanges.get(1));
 874
 875     /*
 876      * 1:1 plus 1:3 should result in 1:3
 877      */
 878     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 30 }, new int[] { 11, 40 }, 1, 1);
 879     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 100 }, new int[] { 1, 50, 91, 340 },
 880             1, 3);
 881     compound = ml1.traverse(ml2);
 882
 883     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 884     assertEquals(3, compound.getToRatio());
 885     fromRanges = compound.getFromRanges();
 886     assertEquals(1, fromRanges.size());
 887     assertArrayEquals(new int[] { 1, 30 }, fromRanges.get(0));
 888     // 11-40 maps to 31-50,91-160
 889     toRanges = compound.getToRanges();
 890     assertEquals(2, toRanges.size());
 891     assertArrayEquals(new int[] { 31, 50 }, toRanges.get(0));
 892     assertArrayEquals(new int[] { 91, 160 }, toRanges.get(1));
 893
 894     /*
 895      * 3:1 plus 1:1 should result in 3:1
 896      */
 897     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 30 }, new int[] { 11, 20 }, 3, 1);
 898     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 100 }, new int[] { 1, 15, 91, 175 },
 899             1, 1);
 900     compound = ml1.traverse(ml2);
 901
 902     assertEquals(3, compound.getFromRatio());
 903     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 904     fromRanges = compound.getFromRanges();
 905     assertEquals(1, fromRanges.size());
 906     assertArrayEquals(new int[] { 1, 30 }, fromRanges.get(0));
 907     // 11-20 maps to 11-15, 91-95
 908     toRanges = compound.getToRanges();
 909     assertEquals(2, toRanges.size());
 910     assertArrayEquals(new int[] { 11, 15 }, toRanges.get(0));
 911     assertArrayEquals(new int[] { 91, 95 }, toRanges.get(1));
 912
 913     /*
 914      * 1:3 plus 3:1 should result in 1:1
 915      */
 916     ml1 = new MapList(new int[] { 21, 40 }, new int[] { 13, 72 }, 1, 3);
 917     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 300 }, new int[] { 51, 70, 121, 200 },
 918             3, 1);
 919     compound = ml1.traverse(ml2);
 920
 921     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 922     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 923     fromRanges = compound.getFromRanges();
 924     assertEquals(1, fromRanges.size());
 925     assertArrayEquals(new int[] { 21, 40 }, fromRanges.get(0));
 926     // 13-72 maps 3:1 to 55-70, 121-124
 927     toRanges = compound.getToRanges();
 928     assertEquals(2, toRanges.size());
 929     assertArrayEquals(new int[] { 55, 70 }, toRanges.get(0));
 930     assertArrayEquals(new int[] { 121, 124 }, toRanges.get(1));
 931
 932     /*
 933      * 3:1 plus 1:3 should result in 1:1
 934      */
 935     ml1 = new MapList(new int[] { 31, 90 }, new int[] { 13, 32 }, 3, 1);
 936     ml2 = new MapList(new int[] { 11, 40 }, new int[] { 41, 50, 71, 150 },
 937             1, 3);
 938     compound = ml1.traverse(ml2);
 939
 940     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 941     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 942     fromRanges = compound.getFromRanges();
 943     assertEquals(1, fromRanges.size());
 944     assertArrayEquals(new int[] { 31, 90 }, fromRanges.get(0));
 945     // 13-32 maps to 47-50,71-126
 946     toRanges = compound.getToRanges();
 947     assertEquals(2, toRanges.size());
 948     assertArrayEquals(new int[] { 47, 50 }, toRanges.get(0));
 949     assertArrayEquals(new int[] { 71, 126 }, toRanges.get(1));
 950
 951     /*
 952      * method returns null if not all regions are mapped through
 953      */
 954     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 101, 150 }, 1, 1);
 955     ml2 = new MapList(new int[] { 131, 180 }, new int[] { 201, 250 }, 1, 3);
 956     compound = ml1.traverse(ml2);
 957     assertNull(compound);
 958   }
 959
 960   /**
 961    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse 'to' range.
 962    * Single position ranges are ignored.
 963    */
 964   @Test(groups = { "Functional" })
 965   public void testIsToForwardsStrand()
 966   {
 967     // [3-9] declares forward strand
 968     MapList ml = new MapList(new int[] { 20, 11 },
 969             new int[]
 970             { 2, 2, 3, 9, 12, 11 }, 1, 1);
 971     assertTrue(ml.isToForwardStrand());
 972
 973     // [11-5] declares reverse strand ([13-14] is ignored)
 974     ml = new MapList(new int[] { 20, 11 },
 975             new int[]
 976             { 2, 2, 11, 5, 13, 14 }, 1, 1);
 977     assertFalse(ml.isToForwardStrand());
 978
 979     // all single position ranges - defaults to forward strand
 980     ml = new MapList(new int[] { 3, 1 }, new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, 1,
 981             1);
 982     assertTrue(ml.isToForwardStrand());
 983   }
 984 }