test/jalview/util/MapListTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  29 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
  30
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Arrays;
  33 import java.util.BitSet;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 import jalview.bin.Console;
  40 import jalview.gui.JvOptionPane;
  41
  42 public class MapListTest
  43 {
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUp()
  46   {
  47     Console.initLogger();
  48   }
  49
  50   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  51   public void setUpJvOptionPane()
  52   {
  53     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  54     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  55   }
  56
  57   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
  58   public void testSomething()
  59   {
  60     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 },
  61             new int[]
  62             { 51, 1 }, 1, 3);
  63     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 1, 3, 17, 4 },
  64             new int[]
  65             { 51, 1 }, 1, 3);
  66     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 60 }, new int[] { 1, 20 }, 3,
  67             1);
  68     // test internal consistency
  69     int to[] = new int[51];
  70     testMap(ml, 1, 60);
  71     MapList mldna = new MapList(new int[] { 2, 2, 6, 8, 12, 16 },
  72             new int[]
  73             { 1, 3 }, 3, 1);
  74     int[] frm = mldna.locateInFrom(1, 1);
  75     testLocateFrom(mldna, 1, 1, new int[] { 2, 2, 6, 7 });
  76     testMap(mldna, 1, 3);
  77     /*
  78      * for (int from=1; from<=51; from++) { int[] too=ml.shiftTo(from); int[]
  79      * toofrom=ml.shiftFrom(too[0]);
  80      * System.out.println("ShiftFrom("+from+")=="+too[0]+" %
  81      * "+too[1]+"\t+-+\tShiftTo("+too[0]+")=="+toofrom[0]+" % "+toofrom[1]); }
  82      */
  83   }
  84
  85   private static void testLocateFrom(MapList mldna, int i, int j, int[] ks)
  86   {
  87     int[] frm = mldna.locateInFrom(i, j);
  88     assertEquals("Failed test locate from " + i + " to " + j,
  89             Arrays.toString(frm), Arrays.toString(ks));
  90   }
  91
  92   /**
  93    * test routine. not incremental.
  94    *
  95    * @param ml
  96    * @param fromS
  97    * @param fromE
  98    */
  99   private void testMap(MapList ml, int fromS, int fromE)
 100   {
 101     // todo convert to JUnit style tests
 102     for (int from = 1; from <= 25; from++)
 103     {
 104       int[] too = ml.shiftFrom(from);
 105       System.out.print("ShiftFrom(" + from + ")==");
 106       if (too == null)
 107       {
 108         System.out.print("NaN\n");
 109       }
 110       else
 111       {
 112         System.out.print(too[0] + " % " + too[1] + " (" + too[2] + ")");
 113         System.out.print("\t+--+\t");
 114         int[] toofrom = ml.shiftTo(too[0]);
 115         if (toofrom != null)
 116         {
 117           if (toofrom[0] != from)
 118           {
 119             System.err.println("Mapping not reflexive:" + from + " "
 120                     + too[0] + "->" + toofrom[0]);
 121           }
 122           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")==" + toofrom[0]
 123                   + " % " + toofrom[1] + " (" + toofrom[2] + ")");
 124         }
 125         else
 126         {
 127           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")=="
 128                   + "NaN! - not Bijective Mapping!");
 129         }
 130       }
 131     }
 132     int mmap[][] = ml.makeFromMap();
 133     System.out.println("FromMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 134             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 135     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 136     {
 137       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 138       {
 139         System.out.print(i + "=XXX");
 140
 141       }
 142       else
 143       {
 144         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 145       }
 146       if (i % 20 == 0)
 147       {
 148         System.out.print("\n");
 149       }
 150       else
 151       {
 152         System.out.print(",");
 153       }
 154     }
 155     // test range function
 156     System.out.print("\nTest locateInFrom\n");
 157     {
 158       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 159       while (f <= t)
 160       {
 161         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 162         int rng[] = ml.locateInFrom(f, t);
 163         if (rng != null)
 164         {
 165           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 166           {
 167             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 168           }
 169         }
 170         else
 171         {
 172           System.out.println("No range!");
 173         }
 174         System.out.print("\nReversed\n");
 175         rng = ml.locateInFrom(t, f);
 176         if (rng != null)
 177         {
 178           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 179           {
 180             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 181           }
 182         }
 183         else
 184         {
 185           System.out.println("No range!");
 186         }
 187         System.out.print("\n");
 188         f++;
 189         t--;
 190       }
 191     }
 192     System.out.print("\n");
 193     mmap = ml.makeToMap();
 194     System.out.println("ToMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 195             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 196     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 197     {
 198       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 199       {
 200         System.out.print(i + "=XXX");
 201
 202       }
 203       else
 204       {
 205         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 206       }
 207       if (i % 20 == 0)
 208       {
 209         System.out.print("\n");
 210       }
 211       else
 212       {
 213         System.out.print(",");
 214       }
 215     }
 216     System.out.print("\n");
 217     // test range function
 218     System.out.print("\nTest locateInTo\n");
 219     {
 220       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 221       while (f <= t)
 222       {
 223         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 224         int rng[] = ml.locateInTo(f, t);
 225         if (rng != null)
 226         {
 227           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 228           {
 229             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 230           }
 231         }
 232         else
 233         {
 234           System.out.println("No range!");
 235         }
 236         System.out.print("\nReversed\n");
 237         rng = ml.locateInTo(t, f);
 238         if (rng != null)
 239         {
 240           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 241           {
 242             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 243           }
 244         }
 245         else
 246         {
 247           System.out.println("No range!");
 248         }
 249         f++;
 250         t--;
 251         System.out.print("\n");
 252       }
 253     }
 254   }
 255
 256   /**
 257    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 258    * the 'to' map.
 259    */
 260   @Test(groups = { "Functional" })
 261   public void testLocateInFrom_noIntrons()
 262   {
 263     /*
 264      * Simple mapping with no introns
 265      */
 266     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 267     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 268     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 269     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 270     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 271     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 272     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 273     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 2)));
 274     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 3)));
 275     // reversed range treated as if forwards:
 276     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 1)));
 277     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 4)));
 278     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
 279     assertEquals("[4, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 4)));
 280     assertEquals("[7, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 4)));
 281     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 282
 283     /*
 284      * partial overlap
 285      */
 286     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 5)));
 287     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(-1, 1)));
 288
 289     /*
 290      * no overlap
 291      */
 292     assertNull(ml.locateInFrom(0, 0));
 293
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 298    * the 'to' map.
 299    */
 300   @Test(groups = { "Functional" })
 301   public void testLocateInFrom_withIntrons()
 302   {
 303     /*
 304      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 305      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 306      */
 307     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 308     int[] protein = { 1, 4 };
 309     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 310     assertEquals("[2, 3, 5, 5]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 311     assertEquals("[6, 7, 9, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 312     assertEquals("[10, 10, 12, 12, 14, 14]",
 313             Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 314     assertEquals("[16, 18]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 315
 316     /*
 317      * codons at 11-16, 21-26, 31-36 mapped to peptide positions 1, 3-4, 6-8
 318      */
 319     ml = new MapList(new int[] { 11, 16, 21, 26, 31, 36 },
 320             new int[]
 321             { 1, 1, 3, 4, 6, 8 }, 3, 1);
 322     assertArrayEquals(new int[] { 11, 13 }, ml.locateInFrom(1, 1));
 323     assertArrayEquals(new int[] { 11, 16 }, ml.locateInFrom(1, 3));
 324     assertArrayEquals(new int[] { 11, 16, 21, 23 }, ml.locateInFrom(1, 4));
 325     assertArrayEquals(new int[] { 14, 16, 21, 23 }, ml.locateInFrom(3, 4));
 326
 327   }
 328
 329   @Test(groups = { "Functional" })
 330   public void testLocateInFrom_reverseStrand()
 331   {
 332     int[] codons = new int[] { 12, 1 };
 333     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 334     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 335     assertEquals("[12, 10]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 336     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Tests for method that locates the overlap of the ranges in the 'from' map
 341    * for given range in the 'to' map
 342    */
 343   @Test(groups = { "Functional" })
 344   public void testGetOverlapsInFrom_withIntrons()
 345   {
 346     /*
 347      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 348      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 349      */
 350     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 351     int[] protein = { 11, 14 };
 352     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 353
 354     assertEquals("[2, 3, 5, 5]",
 355             Arrays.toString(ml.getOverlapsInFrom(11, 11)));
 356     assertEquals("[2, 3, 5, 7, 9, 9]",
 357             Arrays.toString(ml.getOverlapsInFrom(11, 12)));
 358     // out of range 5' :
 359     assertEquals("[2, 3, 5, 7, 9, 9]",
 360             Arrays.toString(ml.getOverlapsInFrom(8, 12)));
 361     // out of range 3' :
 362     assertEquals("[10, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18]",
 363             Arrays.toString(ml.getOverlapsInFrom(13, 16)));
 364     // out of range both :
 365     assertEquals("[2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18]",
 366             Arrays.toString(ml.getOverlapsInFrom(1, 16)));
 367     // no overlap:
 368     assertNull(ml.getOverlapsInFrom(20, 25));
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Tests for method that locates the overlap of the ranges in the 'to' map for
 373    * given range in the 'from' map
 374    */
 375   @Test(groups = { "Functional" })
 376   public void testGetOverlapsInTo_withIntrons()
 377   {
 378     /*
 379      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [17, 18, 19] i.e.
 380      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 17-19
 381      */
 382     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 17, 19 };
 383     /*
 384      * Mapped proteins at positions 1, 3, 4, 6 in the sequence
 385      */
 386     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 387     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 388
 389     /*
 390      * Can't map from an unmapped position
 391      */
 392     assertNull(ml.getOverlapsInTo(1, 1));
 393     assertNull(ml.getOverlapsInTo(4, 4));
 394     assertNull(ml.getOverlapsInTo(15, 16));
 395
 396     /*
 397      * nor from a range that includes no mapped position (exon)
 398      */
 399     assertNull(ml.getOverlapsInTo(15, 16));
 400
 401     // end of codon 1 maps to first peptide
 402     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.getOverlapsInTo(2, 2)));
 403     // end of codon 1 and start of codon 2 maps to first 2 peptides
 404     assertEquals("[1, 1, 3, 3]", Arrays.toString(ml.getOverlapsInTo(3, 7)));
 405
 406     // range overlaps 5' end of dna:
 407     assertEquals("[1, 1, 3, 3]", Arrays.toString(ml.getOverlapsInTo(1, 6)));
 408     assertEquals("[1, 1, 3, 3]", Arrays.toString(ml.getOverlapsInTo(1, 8)));
 409
 410     // range overlaps 3' end of dna:
 411     assertEquals("[6, 6]", Arrays.toString(ml.getOverlapsInTo(17, 24)));
 412     assertEquals("[6, 6]", Arrays.toString(ml.getOverlapsInTo(16, 24)));
 413
 414     // dna positions 8, 11 are intron but include end of exon 2 and start of
 415     // exon 3
 416     assertEquals("[3, 4]", Arrays.toString(ml.getOverlapsInTo(8, 11)));
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 421    * 'from' map.
 422    */
 423   @Test(groups = { "Functional" })
 424   public void testLocateInTo_noIntrons()
 425   {
 426     /*
 427      * Simple mapping with no introns
 428      */
 429     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 430     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 431     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 432     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 3)));
 433     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 434     assertEquals("[3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 9)));
 435     assertEquals("[4, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(10, 12)));
 436     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 6)));
 437     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 9)));
 438     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 12)));
 439     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 440     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 12)));
 441     // reverse range treated as if forwards:
 442     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(12, 4)));
 443
 444     /*
 445      * A part codon is treated as if a whole one.
 446      */
 447     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 1)));
 448     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 2)));
 449     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 4)));
 450     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 8)));
 451     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 11)));
 452     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(5, 11)));
 453
 454     /*
 455      * partial overlap
 456      */
 457     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 13)));
 458     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(-1, 2)));
 459
 460     /*
 461      * no overlap
 462      */
 463     assertNull(ml.locateInTo(0, 0));
 464   }
 465
 466   /**
 467    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 468    * 'from' map.
 469    */
 470   @Test(groups = { "Functional" })
 471   public void testLocateInTo_withIntrons()
 472   {
 473     /*
 474      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 475      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 476      */
 477     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 478     /*
 479      * Mapped proteins at positions 1, 3, 4, 6 in the sequence
 480      */
 481     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 482     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 483
 484     /*
 485      * Valid range or subrange of codon1 maps to protein1
 486      */
 487     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 2)));
 488     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 3)));
 489     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 5)));
 490     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 3)));
 491     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 5)));
 492
 493     // codon position 6 starts the next protein:
 494     assertEquals("[1, 1, 3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 6)));
 495
 496     // codon positions 7 to 17 (part) cover proteins 2/3/4 at positions 3/4/6
 497     assertEquals("[3, 4, 6, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 17)));
 498
 499     /*
 500      * partial overlap
 501      */
 502     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 2)));
 503     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 4)));
 504     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 4)));
 505
 506     /*
 507      * no overlap
 508      */
 509     assertNull(ml.locateInTo(4, 4));
 510   }
 511
 512   /**
 513    * Test equals method.
 514    */
 515   @Test(groups = { "Functional" })
 516   public void testEquals()
 517   {
 518     int[] codons = new int[] { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 519     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 520     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 521     MapList ml1 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // same values
 522     MapList ml2 = new MapList(codons, protein, 2, 1); // fromRatio differs
 523     MapList ml3 = new MapList(codons, protein, 3, 2); // toRatio differs
 524     codons[2] = 4;
 525     MapList ml6 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // fromShifts differ
 526     protein[1] = 3;
 527     MapList ml7 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // toShifts differ
 528
 529     assertTrue(ml.equals(ml));
 530     assertEquals(ml.hashCode(), ml.hashCode());
 531     assertTrue(ml.equals(ml1));
 532     assertEquals(ml.hashCode(), ml1.hashCode());
 533     assertTrue(ml1.equals(ml));
 534
 535     assertFalse(ml.equals(null));
 536     assertFalse(ml.equals("hello"));
 537     assertFalse(ml.equals(ml2));
 538     assertFalse(ml.equals(ml3));
 539     assertFalse(ml.equals(ml6));
 540     assertFalse(ml.equals(ml7));
 541     assertFalse(ml6.equals(ml7));
 542
 543     try
 544     {
 545       MapList ml4 = new MapList(codons, null, 3, 1); // toShifts null
 546       assertFalse(ml.equals(ml4));
 547     } catch (NullPointerException e)
 548     {
 549       // actually thrown by constructor before equals can be called
 550     }
 551     try
 552     {
 553       MapList ml5 = new MapList(null, protein, 3, 1); // fromShifts null
 554       assertFalse(ml.equals(ml5));
 555     } catch (NullPointerException e)
 556     {
 557       // actually thrown by constructor before equals can be called
 558     }
 559   }
 560
 561   /**
 562    * Test for the method that flattens a list of ranges into a single array.
 563    */
 564   @Test(groups = { "Functional" })
 565   public void testGetRanges()
 566   {
 567     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 568     ranges.add(new int[] { 2, 3 });
 569     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 570     assertEquals("[2, 3, 5, 6]",
 571             Arrays.toString(MapList.getRanges(ranges)));
 572   }
 573
 574   /**
 575    * Check state after construction
 576    */
 577   @Test(groups = { "Functional" })
 578   public void testConstructor()
 579   {
 580     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 581     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 582     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 583     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 584     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 585     assertEquals(18, ml.getFromHighest());
 586     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 587     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 588     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 589             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 590     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 591
 592     /*
 593      * Also copy constructor
 594      */
 595     MapList ml2 = new MapList(ml);
 596     assertEquals(3, ml2.getFromRatio());
 597     assertEquals(2, ml2.getFromLowest());
 598     assertEquals(18, ml2.getFromHighest());
 599     assertEquals(1, ml2.getToLowest());
 600     assertEquals(6, ml2.getToHighest());
 601     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 602             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 603     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}",
 604             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 605
 606     /*
 607      * reverse direction
 608      */
 609     codons = new int[] { 9, 6 };
 610     protein = new int[] { 100, 91, 80, 79 };
 611     ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 612     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 613     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 614     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 615     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Test constructor used to merge consecutive ranges but now just leaves them
 620    * as supplied (JAL-3751)
 621    */
 622   @Test(groups = { "Functional" })
 623   public void testConstructor_mergeRanges()
 624   {
 625     int[] codons = { 2, 3, 3, 7, 9, 10, 12, 12, 13, 14, 16, 17 };
 626     int[] protein = { 1, 1, 2, 3, 6, 6 };
 627     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 628     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 629     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 630     assertEquals(17, ml.getFromHighest());
 631     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 632     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 633     assertEquals("{[2, 3], [3, 7], [9, 10], [12, 12], [13, 14], [16, 17]}",
 634             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 635     assertEquals("{[1, 1], [2, 3], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Convert a List of {[i, j], [k, l], ...} to "[[i, j], [k, l], ...]"
 640    *
 641    * @param ranges
 642    * @return
 643    */
 644   private String prettyPrint(List<int[]> ranges)
 645   {
 646     StringBuilder sb = new StringBuilder(ranges.size() * 5);
 647     boolean first = true;
 648     sb.append("{");
 649     for (int[] range : ranges)
 650     {
 651       if (!first)
 652       {
 653         sb.append(", ");
 654       }
 655       sb.append(Arrays.toString(range));
 656       first = false;
 657     }
 658     sb.append("}");
 659     return sb.toString();
 660   }
 661
 662   /**
 663    * Test the method that creates an inverse mapping
 664    */
 665   @Test(groups = { "Functional" })
 666   public void testGetInverse()
 667   {
 668     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 669     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 670
 671     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 672     MapList ml2 = ml.getInverse();
 673     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 674     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 675     assertEquals(ml.getToHighest(), ml2.getFromHighest());
 676     assertEquals(ml.getFromHighest(), ml2.getToHighest());
 677     assertEquals(prettyPrint(ml.getFromRanges()),
 678             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 679     assertEquals(prettyPrint(ml.getToRanges()),
 680             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 681   }
 682
 683   @Test(groups = { "Functional" })
 684   public void testToString()
 685   {
 686     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 },
 687             new int[]
 688             { 51, 1 }, 1, 3);
 689     String s = ml.toString();
 690     assertEquals("[ [1, 5] [10, 15] [25, 20] ] 1:3 to [ [51, 1] ]", s);
 691   }
 692
 693   @Test(groups = { "Functional" })
 694   public void testAddMapList()
 695   {
 696     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 697             new int[]
 698             { 72, 22 }, 1, 3);
 699     assertEquals(11, ml.getFromLowest());
 700     assertEquals(35, ml.getFromHighest());
 701     assertEquals(22, ml.getToLowest());
 702     assertEquals(72, ml.getToHighest());
 703
 704     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 2, 4, 37, 40 },
 705             new int[]
 706             { 12, 17, 78, 83, 88, 96 }, 1, 3);
 707     ml.addMapList(ml2);
 708     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 709     assertEquals(40, ml.getFromHighest());
 710     assertEquals(12, ml.getToLowest());
 711     assertEquals(96, ml.getToHighest());
 712
 713     String s = ml.toString();
 714     assertEquals(
 715             "[ [11, 15] [20, 25] [35, 30] [2, 4] [37, 40] ] 1:3 to [ [72, 22] [12, 17] [78, 83] [88, 96] ]",
 716             s);
 717   }
 718
 719   /**
 720    * Test that confirms adding a map twice does nothing
 721    */
 722   @Test(groups = { "Functional" })
 723   public void testAddMapList_sameMap()
 724   {
 725     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 726             new int[]
 727             { 72, 22 }, 1, 3);
 728     String before = ml.toString();
 729     ml.addMapList(ml);
 730     assertEquals(before, ml.toString());
 731     ml.addMapList(new MapList(ml));
 732     assertEquals(before, ml.toString());
 733   }
 734
 735   @Test(groups = { "Functional" })
 736   public void testAddMapList_contiguous()
 737   {
 738     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15 }, new int[] { 72, 58 }, 1,
 739             3);
 740
 741     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 15, 16 }, new int[] { 58, 53 }, 1,
 742             3);
 743     ml.addMapList(ml2);
 744     assertEquals("[ [11, 16] ] 1:3 to [ [72, 53] ]", ml.toString());
 745   }
 746
 747   @Test(groups = "Functional")
 748   public void testAddRange()
 749   {
 750     int[] range = { 1, 5 };
 751     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 752
 753     // add to empty list:
 754     MapList.addRange(range, ranges);
 755     assertEquals(1, ranges.size());
 756     assertSame(range, ranges.get(0));
 757
 758     // extend contiguous (same position):
 759     MapList.addRange(new int[] { 5, 10 }, ranges);
 760     assertEquals(1, ranges.size());
 761     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 762     assertEquals(10, ranges.get(0)[1]);
 763
 764     // extend contiguous (next position):
 765     MapList.addRange(new int[] { 11, 15 }, ranges);
 766     assertEquals(1, ranges.size());
 767     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 768     assertEquals(15, ranges.get(0)[1]);
 769
 770     // change direction: range is not merged:
 771     MapList.addRange(new int[] { 16, 10 }, ranges);
 772     assertEquals(2, ranges.size());
 773     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 774     assertEquals(10, ranges.get(1)[1]);
 775
 776     // extend reverse contiguous (same position):
 777     MapList.addRange(new int[] { 10, 8 }, ranges);
 778     assertEquals(2, ranges.size());
 779     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 780     assertEquals(8, ranges.get(1)[1]);
 781
 782     // extend reverse contiguous (next position):
 783     MapList.addRange(new int[] { 7, 6 }, ranges);
 784     assertEquals(2, ranges.size());
 785     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 786     assertEquals(6, ranges.get(1)[1]);
 787
 788     // change direction: range is not merged:
 789     MapList.addRange(new int[] { 6, 9 }, ranges);
 790     assertEquals(3, ranges.size());
 791     assertEquals(6, ranges.get(2)[0]);
 792     assertEquals(9, ranges.get(2)[1]);
 793
 794     // not contiguous: not merged
 795     MapList.addRange(new int[] { 11, 12 }, ranges);
 796     assertEquals(4, ranges.size());
 797     assertEquals(11, ranges.get(3)[0]);
 798     assertEquals(12, ranges.get(3)[1]);
 799   }
 800
 801   /**
 802    * Check state after construction
 803    */
 804   @Test(groups = { "Functional" })
 805   public void testConstructor_withLists()
 806   {
 807     /*
 808      * reverse direction
 809      */
 810     int[][] codons = new int[][] { { 9, 6 } };
 811     int[][] protein = new int[][] { { 100, 91 }, { 80, 79 } };
 812     MapList ml = new MapList(Arrays.asList(codons), Arrays.asList(protein),
 813             3, 1);
 814     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 815     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 816     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 817     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse from
 822    * range. Single position ranges are ignored.
 823    */
 824   @Test(groups = { "Functional" })
 825   public void testIsFromForwardStrand()
 826   {
 827     // [3-9] declares forward strand
 828     MapList ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 3, 9, 12, 11 },
 829             new int[]
 830             { 20, 11 }, 1, 1);
 831     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 832
 833     // [11-5] declares reverse strand ([13-14] is ignored)
 834     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 11, 5, 13, 14 },
 835             new int[]
 836             { 20, 11 }, 1, 1);
 837     assertFalse(ml.isFromForwardStrand());
 838
 839     // all single position ranges - defaults to forward strand
 840     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, new int[] { 3, 1 }, 1,
 841             1);
 842     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 843   }
 844
 845   /**
 846    * Test the method that merges contiguous ranges
 847    */
 848   @Test(groups = { "Functional" })
 849   public void testCoalesceRanges()
 850   {
 851     assertNull(MapList.coalesceRanges(null));
 852     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 853     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 854     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 855     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 856
 857     // add non-contiguous range:
 858     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 859     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 860
 861     // 'contiguous' range in opposite direction is not merged:
 862     ranges.add(new int[] { 7, 6 });
 863     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 864
 865     // merging in forward direction:
 866     ranges.clear();
 867     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 868     ranges.add(new int[] { 4, 5 }); // contiguous
 869     ranges.add(new int[] { 5, 5 }); // overlap!
 870     ranges.add(new int[] { 6, 7 }); // contiguous
 871     List<int[]> merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 872     assertEquals(2, merged.size());
 873     assertArrayEquals(new int[] { 1, 5 }, merged.get(0));
 874     assertArrayEquals(new int[] { 5, 7 }, merged.get(1));
 875     // verify input list is unchanged
 876     assertEquals(4, ranges.size());
 877     assertArrayEquals(new int[] { 1, 3 }, ranges.get(0));
 878     assertArrayEquals(new int[] { 4, 5 }, ranges.get(1));
 879     assertArrayEquals(new int[] { 5, 5 }, ranges.get(2));
 880     assertArrayEquals(new int[] { 6, 7 }, ranges.get(3));
 881
 882     // merging in reverse direction:
 883     ranges.clear();
 884     ranges.add(new int[] { 7, 5 });
 885     ranges.add(new int[] { 5, 4 }); // overlap
 886     ranges.add(new int[] { 4, 4 }); // overlap
 887     ranges.add(new int[] { 3, 1 }); // contiguous
 888     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 889     assertEquals(3, merged.size());
 890     assertArrayEquals(new int[] { 7, 5 }, merged.get(0));
 891     assertArrayEquals(new int[] { 5, 4 }, merged.get(1));
 892     assertArrayEquals(new int[] { 4, 1 }, merged.get(2));
 893
 894     // merging with switches of direction:
 895     ranges.clear();
 896     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 897     ranges.add(new int[] { 4, 5 }); // contiguous
 898     ranges.add(new int[] { 5, 5 }); // overlap
 899     ranges.add(new int[] { 6, 6 }); // contiguous
 900     ranges.add(new int[] { 12, 10 });
 901     ranges.add(new int[] { 9, 8 }); // contiguous
 902     ranges.add(new int[] { 8, 8 }); // overlap
 903     ranges.add(new int[] { 7, 7 }); // contiguous
 904     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 905     assertEquals(4, merged.size());
 906     assertArrayEquals(new int[] { 1, 5 }, merged.get(0));
 907     assertArrayEquals(new int[] { 5, 6 }, merged.get(1));
 908     assertArrayEquals(new int[] { 12, 8 }, merged.get(2));
 909     assertArrayEquals(new int[] { 8, 7 }, merged.get(3));
 910
 911     // 'subsumed' ranges are preserved
 912     ranges.clear();
 913     ranges.add(new int[] { 10, 30 });
 914     ranges.add(new int[] { 15, 25 });
 915
 916     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 917     assertEquals(2, merged.size());
 918     assertArrayEquals(new int[] { 10, 30 }, merged.get(0));
 919     assertArrayEquals(new int[] { 15, 25 }, merged.get(1));
 920   }
 921
 922   /**
 923    * Test the method that compounds ('traverses') two mappings
 924    */
 925   @Test(groups = "Functional")
 926   public void testTraverse()
 927   {
 928     /*
 929      * simple 1:1 plus 1:1 forwards
 930      */
 931     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 3, 4, 8, 12 },
 932             new int[]
 933             { 5, 8, 11, 13 }, 1, 1);
 934     assertEquals("{[3, 4], [8, 12]}", prettyPrint(ml1.getFromRanges()));
 935     assertEquals("{[5, 8], [11, 13]}", prettyPrint(ml1.getToRanges()));
 936
 937     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 50 },
 938             new int[]
 939             { 40, 45, 70, 75, 90, 127 }, 1, 1);
 940     assertEquals("{[1, 50]}", prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 941     assertEquals("{[40, 45], [70, 75], [90, 127]}",
 942             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 943
 944     MapList compound = ml1.traverse(ml2);
 945
 946     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 947     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 948     List<int[]> fromRanges = compound.getFromRanges();
 949     assertEquals(2, fromRanges.size());
 950     assertArrayEquals(new int[] { 3, 4 }, fromRanges.get(0));
 951     assertArrayEquals(new int[] { 8, 12 }, fromRanges.get(1));
 952     List<int[]> toRanges = compound.getToRanges();
 953     assertEquals(4, toRanges.size());
 954     // 5-8 maps to 44-45,70-71
 955     // 11-13 maps to 74-75,90
 956     assertArrayEquals(new int[] { 44, 45 }, toRanges.get(0));
 957     assertArrayEquals(new int[] { 70, 71 }, toRanges.get(1));
 958     assertArrayEquals(new int[] { 74, 75 }, toRanges.get(2));
 959     assertArrayEquals(new int[] { 90, 90 }, toRanges.get(3));
 960
 961     /*
 962      * 1:1 over 1:1 backwards ('reverse strand')
 963      */
 964     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 70, 119 }, 1, 1);
 965     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 500 },
 966             new int[]
 967             { 1000, 901, 600, 201 }, 1, 1);
 968     compound = ml1.traverse(ml2);
 969
 970     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 971     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 972     fromRanges = compound.getFromRanges();
 973     assertEquals(1, fromRanges.size());
 974     assertArrayEquals(new int[] { 1, 50 }, fromRanges.get(0));
 975     toRanges = compound.getToRanges();
 976     assertEquals(2, toRanges.size());
 977     assertArrayEquals(new int[] { 931, 901 }, toRanges.get(0));
 978     assertArrayEquals(new int[] { 600, 582 }, toRanges.get(1));
 979
 980     /*
 981      * 1:1 plus 1:3 should result in 1:3
 982      */
 983     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 30 }, new int[] { 11, 40 }, 1, 1);
 984     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 100 }, new int[] { 1, 50, 91, 340 }, 1,
 985             3);
 986     compound = ml1.traverse(ml2);
 987
 988     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 989     assertEquals(3, compound.getToRatio());
 990     fromRanges = compound.getFromRanges();
 991     assertEquals(1, fromRanges.size());
 992     assertArrayEquals(new int[] { 1, 30 }, fromRanges.get(0));
 993     // 11-40 maps to 31-50,91-160
 994     toRanges = compound.getToRanges();
 995     assertEquals(2, toRanges.size());
 996     assertArrayEquals(new int[] { 31, 50 }, toRanges.get(0));
 997     assertArrayEquals(new int[] { 91, 160 }, toRanges.get(1));
 998
 999     /*
1000      * 3:1 plus 1:1 should result in 3:1
1001      */
1002     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 30 }, new int[] { 11, 20 }, 3, 1);
1003     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 100 }, new int[] { 1, 15, 91, 175 }, 1,
1004             1);
1005     compound = ml1.traverse(ml2);
1006
1007     assertEquals(3, compound.getFromRatio());
1008     assertEquals(1, compound.getToRatio());
1009     fromRanges = compound.getFromRanges();
1010     assertEquals(1, fromRanges.size());
1011     assertArrayEquals(new int[] { 1, 30 }, fromRanges.get(0));
1012     // 11-20 maps to 11-15, 91-95
1013     toRanges = compound.getToRanges();
1014     assertEquals(2, toRanges.size());
1015     assertArrayEquals(new int[] { 11, 15 }, toRanges.get(0));
1016     assertArrayEquals(new int[] { 91, 95 }, toRanges.get(1));
1017
1018     /*
1019      * 1:3 plus 3:1 should result in 1:1
1020      */
1021     ml1 = new MapList(new int[] { 21, 40 }, new int[] { 13, 72 }, 1, 3);
1022     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 300 }, new int[] { 51, 70, 121, 200 },
1023             3, 1);
1024     compound = ml1.traverse(ml2);
1025
1026     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
1027     assertEquals(1, compound.getToRatio());
1028     fromRanges = compound.getFromRanges();
1029     assertEquals(1, fromRanges.size());
1030     assertArrayEquals(new int[] { 21, 40 }, fromRanges.get(0));
1031     // 13-72 maps 3:1 to 55-70, 121-124
1032     toRanges = compound.getToRanges();
1033     assertEquals(2, toRanges.size());
1034     assertArrayEquals(new int[] { 55, 70 }, toRanges.get(0));
1035     assertArrayEquals(new int[] { 121, 124 }, toRanges.get(1));
1036
1037     /*
1038      * 3:1 plus 1:3 should result in 1:1
1039      */
1040     ml1 = new MapList(new int[] { 31, 90 }, new int[] { 13, 32 }, 3, 1);
1041     ml2 = new MapList(new int[] { 11, 40 }, new int[] { 41, 50, 71, 150 },
1042             1, 3);
1043     compound = ml1.traverse(ml2);
1044
1045     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
1046     assertEquals(1, compound.getToRatio());
1047     fromRanges = compound.getFromRanges();
1048     assertEquals(1, fromRanges.size());
1049     assertArrayEquals(new int[] { 31, 90 }, fromRanges.get(0));
1050     // 13-32 maps to 47-50,71-126
1051     toRanges = compound.getToRanges();
1052     assertEquals(2, toRanges.size());
1053     assertArrayEquals(new int[] { 47, 50 }, toRanges.get(0));
1054     assertArrayEquals(new int[] { 71, 126 }, toRanges.get(1));
1055
1056     /*
1057      * if not all regions are mapped through, returns what is
1058      */
1059     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 101, 150 }, 1, 1);
1060     ml2 = new MapList(new int[] { 131, 180 }, new int[] { 201, 250 }, 1, 1);
1061     compound = ml1.traverse(ml2);
1062     assertNull(compound);
1063   }
1064
1065   /**
1066    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse 'to'
1067    * range. Single position ranges are ignored.
1068    */
1069   @Test(groups = { "Functional" })
1070   public void testIsToForwardsStrand()
1071   {
1072     // [3-9] declares forward strand
1073     MapList ml = new MapList(new int[] { 20, 11 },
1074             new int[]
1075             { 2, 2, 3, 9, 12, 11 }, 1, 1);
1076     assertTrue(ml.isToForwardStrand());
1077
1078     // [11-5] declares reverse strand ([13-14] is ignored)
1079     ml = new MapList(new int[] { 20, 11 },
1080             new int[]
1081             { 2, 2, 11, 5, 13, 14 }, 1, 1);
1082     assertFalse(ml.isToForwardStrand());
1083
1084     // all single position ranges - defaults to forward strand
1085     ml = new MapList(new int[] { 3, 1 }, new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, 1,
1086             1);
1087     assertTrue(ml.isToForwardStrand());
1088   }
1089
1090   /**
1091    * Test for mapping with overlapping ranges
1092    */
1093   @Test(groups = { "Functional" })
1094   public void testLocateInFrom_withOverlap()
1095   {
1096     /*
1097      * gene to protein...
1098      */
1099     int[] codons = new int[] { 1, 12, 12, 17 };
1100     int[] protein = new int[] { 1, 6 };
1101     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
1102     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
1103     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
1104     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
1105     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
1106     assertEquals("[12, 14]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(5, 5)));
1107     assertEquals("[15, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(6, 6)));
1108     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 2)));
1109     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 3)));
1110     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 4)));
1111     assertEquals("[1, 12, 12, 14]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 5)));
1112     assertEquals("[1, 12, 12, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 6)));
1113     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
1114     assertEquals("[7, 12, 12, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 6)));
1115
1116     /*
1117      * partial overlap of range
1118      */
1119     assertEquals("[4, 12, 12, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 7)));
1120     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(-1, 1)));
1121
1122     /*
1123      * no overlap in range
1124      */
1125     assertNull(ml.locateInFrom(0, 0));
1126
1127     /*
1128      * gene to CDS...from EMBL:MN908947
1129      */
1130     int[] gene = new int[] { 266, 13468, 13468, 21555 };
1131     int[] cds = new int[] { 1, 21291 };
1132     ml = new MapList(gene, cds, 1, 1);
1133     assertEquals("[13468, 13468]",
1134             Arrays.toString(ml.locateInFrom(13203, 13203)));
1135     assertEquals("[13468, 13468]",
1136             Arrays.toString(ml.locateInFrom(13204, 13204)));
1137     assertEquals("[13468, 13468, 13468, 13468]",
1138             Arrays.toString(ml.locateInFrom(13203, 13204)));
1139   }
1140
1141   /**
1142    * Test for mapping with overlapping ranges
1143    */
1144   @Test(groups = { "Functional" })
1145   public void testLocateInTo_withOverlap()
1146   {
1147     /*
1148      * gene to protein...
1149      */
1150     int[] codons = new int[] { 1, 12, 12, 17 };
1151     int[] protein = new int[] { 1, 6 };
1152     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
1153     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 1)));
1154     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 8)));
1155     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 11)));
1156     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 11)));
1157
1158     // we want base 12 to map to both of the amino acids it codes for
1159     assertEquals("[4, 5]", Arrays.toString(ml.locateInTo(12, 12)));
1160     assertEquals("[4, 5]", Arrays.toString(ml.locateInTo(11, 12)));
1161     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(11, 15)));
1162     assertEquals("[6, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(15, 17)));
1163
1164     /*
1165      * no overlap
1166      */
1167     assertNull(ml.locateInTo(0, 0));
1168
1169     /*
1170      * partial overlap
1171      */
1172     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 18)));
1173     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(-1, 1)));
1174
1175     /*
1176      * gene to CDS...from EMBL:MN908947
1177      * the base at 13468 is used twice in transcription
1178      */
1179     int[] gene = new int[] { 266, 13468, 13468, 21555 };
1180     int[] cds = new int[] { 1, 21291 };
1181     ml = new MapList(gene, cds, 1, 1);
1182     assertEquals("[13203, 13204]",
1183             Arrays.toString(ml.locateInTo(13468, 13468)));
1184
1185     /*
1186      * gene to protein
1187      * the base at 13468 is in the codon for 4401N and also 4402R
1188      */
1189     gene = new int[] { 266, 13468, 13468, 21552 }; // stop codon excluded
1190     protein = new int[] { 1, 7096 };
1191     ml = new MapList(gene, protein, 3, 1);
1192     assertEquals("[4401, 4402]",
1193             Arrays.toString(ml.locateInTo(13468, 13468)));
1194   }
1195
1196   @Test(groups = { "Functional" })
1197   public void testTraverseToPosition()
1198   {
1199     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1200     assertNull(MapList.traverseToPosition(ranges, 0));
1201
1202     ranges.add(new int[] { 3, 6 });
1203     assertNull(MapList.traverseToPosition(ranges, 0));
1204   }
1205
1206   @Test(groups = { "Functional" })
1207   public void testCountPositions()
1208   {
1209     try
1210     {
1211       MapList.countPositions(null, 1);
1212       fail("expected exception");
1213     } catch (NullPointerException e)
1214     {
1215       // expected
1216     }
1217
1218     List<int[]> intervals = new ArrayList<>();
1219     assertNull(MapList.countPositions(intervals, 1));
1220
1221     /*
1222      * forward strand
1223      */
1224     intervals.add(new int[] { 10, 20 });
1225     assertNull(MapList.countPositions(intervals, 9));
1226     assertNull(MapList.countPositions(intervals, 21));
1227     assertArrayEquals(new int[] { 1, 1 },
1228             MapList.countPositions(intervals, 10));
1229     assertArrayEquals(new int[] { 6, 1 },
1230             MapList.countPositions(intervals, 15));
1231     assertArrayEquals(new int[] { 11, 1 },
1232             MapList.countPositions(intervals, 20));
1233
1234     intervals.add(new int[] { 25, 25 });
1235     assertArrayEquals(new int[] { 12, 1 },
1236             MapList.countPositions(intervals, 25));
1237
1238     // next interval repeats position 25 - which should be counted twice if
1239     // traversed
1240     intervals.add(new int[] { 25, 26 });
1241     assertArrayEquals(new int[] { 12, 1 },
1242             MapList.countPositions(intervals, 25));
1243     assertArrayEquals(new int[] { 14, 1 },
1244             MapList.countPositions(intervals, 26));
1245
1246     /*
1247      * reverse strand
1248      */
1249     intervals.clear();
1250     intervals.add(new int[] { 5, -5 });
1251     assertNull(MapList.countPositions(intervals, 6));
1252     assertNull(MapList.countPositions(intervals, -6));
1253     assertArrayEquals(new int[] { 1, -1 },
1254             MapList.countPositions(intervals, 5));
1255     assertArrayEquals(new int[] { 7, -1 },
1256             MapList.countPositions(intervals, -1));
1257     assertArrayEquals(new int[] { 11, -1 },
1258             MapList.countPositions(intervals, -5));
1259
1260     /*
1261      * reverse then forward
1262      */
1263     intervals.add(new int[] { 5, 10 });
1264     assertArrayEquals(new int[] { 13, 1 },
1265             MapList.countPositions(intervals, 6));
1266
1267     /*
1268      * reverse then forward then reverse
1269      */
1270     intervals.add(new int[] { -10, -20 });
1271     assertArrayEquals(new int[] { 20, -1 },
1272             MapList.countPositions(intervals, -12));
1273
1274     /*
1275      * an interval [x, x] is treated as forward
1276      */
1277     intervals.add(new int[] { 30, 30 });
1278     assertArrayEquals(new int[] { 29, 1 },
1279             MapList.countPositions(intervals, 30));
1280
1281     /*
1282      * it is the first matched occurrence that is returned
1283      */
1284     intervals.clear();
1285     intervals.add(new int[] { 1, 2 });
1286     intervals.add(new int[] { 2, 3 });
1287     assertArrayEquals(new int[] { 2, 1 },
1288             MapList.countPositions(intervals, 2));
1289     intervals.add(new int[] { -1, -2 });
1290     intervals.add(new int[] { -2, -3 });
1291     assertArrayEquals(new int[] { 6, -1 },
1292             MapList.countPositions(intervals, -2));
1293   }
1294
1295   /**
1296    * Tests for helper method that adds any overlap (plus offset) to a set of
1297    * overlaps
1298    */
1299   @Test(groups = { "Functional" })
1300   public void testAddOffsetPositions()
1301   {
1302     List<int[]> mapped = new ArrayList<>();
1303     int[] range = new int[] { 10, 20 };
1304     BitSet offsets = new BitSet();
1305
1306     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1307     assertTrue(mapped.isEmpty()); // nothing marked for overlap
1308
1309     offsets.set(11);
1310     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1311     assertTrue(mapped.isEmpty()); // no offset 11 in range
1312
1313     offsets.set(4, 6); // this sets bits 4 and 5
1314     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1315     assertEquals(1, mapped.size());
1316     assertArrayEquals(new int[] { 14, 15 }, mapped.get(0));
1317
1318     mapped.clear();
1319     offsets.set(10);
1320     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1321     assertEquals(2, mapped.size());
1322     assertArrayEquals(new int[] { 14, 15 }, mapped.get(0));
1323     assertArrayEquals(new int[] { 20, 20 }, mapped.get(1));
1324
1325     /*
1326      * reverse range
1327      */
1328     range = new int[] { 20, 10 };
1329     mapped.clear();
1330     offsets.clear();
1331     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1332     assertTrue(mapped.isEmpty()); // nothing marked for overlap
1333     offsets.set(11);
1334     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1335     assertTrue(mapped.isEmpty()); // no offset 11 in range
1336     offsets.set(0);
1337     offsets.set(10);
1338     offsets.set(6, 8); // sets bits 6 and 7
1339     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1340     assertEquals(3, mapped.size());
1341     assertArrayEquals(new int[] { 20, 20 }, mapped.get(0));
1342     assertArrayEquals(new int[] { 14, 13 }, mapped.get(1));
1343     assertArrayEquals(new int[] { 10, 10 }, mapped.get(2));
1344   }
1345
1346   @Test(groups = { "Functional" })
1347   public void testGetPositionsForOffsets()
1348   {
1349     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1350     BitSet offsets = new BitSet();
1351     List<int[]> mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1352     assertTrue(mapped.isEmpty()); // no ranges and no offsets!
1353
1354     offsets.set(5, 1000);
1355     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1356     assertTrue(mapped.isEmpty()); // no ranges
1357
1358     /*
1359      * one range with overlap of offsets
1360      */
1361     ranges.add(new int[] { 15, 25 });
1362     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1363     assertEquals(1, mapped.size());
1364     assertArrayEquals(new int[] { 20, 25 }, mapped.get(0));
1365
1366     /*
1367      * two ranges
1368      */
1369     ranges.add(new int[] { 300, 320 });
1370     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1371     assertEquals(2, mapped.size());
1372     assertArrayEquals(new int[] { 20, 25 }, mapped.get(0));
1373     assertArrayEquals(new int[] { 300, 320 }, mapped.get(1));
1374
1375     /*
1376      * boundary case - right end of first range overlaps
1377      */
1378     offsets.clear();
1379     offsets.set(10);
1380     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1381     assertEquals(1, mapped.size());
1382     assertArrayEquals(new int[] { 25, 25 }, mapped.get(0));
1383
1384     /*
1385      * boundary case - left end of second range overlaps
1386      */
1387     offsets.set(11);
1388     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1389     assertEquals(2, mapped.size());
1390     assertArrayEquals(new int[] { 25, 25 }, mapped.get(0));
1391     assertArrayEquals(new int[] { 300, 300 }, mapped.get(1));
1392
1393     /*
1394      * offsets into a circular range are reported in
1395      * the order in which they are traversed
1396      */
1397     ranges.clear();
1398     ranges.add(new int[] { 100, 150 });
1399     ranges.add(new int[] { 60, 80 });
1400     offsets.clear();
1401     offsets.set(45, 55); // sets bits 45 to 54
1402     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1403     assertEquals(2, mapped.size());
1404     assertArrayEquals(new int[] { 145, 150 }, mapped.get(0)); // offsets 45-50
1405     assertArrayEquals(new int[] { 60, 63 }, mapped.get(1)); // offsets 51-54
1406
1407     /*
1408      * reverse range overlap is reported with start < end
1409      */
1410     ranges.clear();
1411     ranges.add(new int[] { 4321, 4000 });
1412     offsets.clear();
1413     offsets.set(20, 22); // sets bits 20 and 21
1414     offsets.set(30);
1415     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1416     assertEquals(2, mapped.size());
1417     assertArrayEquals(new int[] { 4301, 4300 }, mapped.get(0));
1418     assertArrayEquals(new int[] { 4291, 4291 }, mapped.get(1));
1419   }
1420
1421   @Test(groups = { "Functional" })
1422   public void testGetMappedOffsetsForPositions()
1423   {
1424     /*
1425      * start by verifying the examples in the method's Javadoc!
1426      */
1427     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1428     ranges.add(new int[] { 10, 20 });
1429     ranges.add(new int[] { 31, 40 });
1430     BitSet overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1, 9, ranges, 1,
1431             1);
1432     assertTrue(overlaps.isEmpty());
1433     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1, 11, ranges, 1, 1);
1434     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1435     assertTrue(overlaps.get(0));
1436     assertTrue(overlaps.get(1));
1437     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(15, 35, ranges, 1, 1);
1438     assertEquals(11, overlaps.cardinality());
1439     for (int i = 5; i <= 11; i++)
1440     {
1441       assertTrue(overlaps.get(i));
1442     }
1443
1444     ranges.clear();
1445     ranges.add(new int[] { 1, 200 });
1446     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(9, 9, ranges, 1, 3);
1447     assertEquals(3, overlaps.cardinality());
1448     assertTrue(overlaps.get(24));
1449     assertTrue(overlaps.get(25));
1450     assertTrue(overlaps.get(26));
1451
1452     ranges.clear();
1453     ranges.add(new int[] { 101, 150 });
1454     ranges.add(new int[] { 171, 180 });
1455     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(101, 102, ranges, 3, 1);
1456     assertEquals(1, overlaps.cardinality());
1457     assertTrue(overlaps.get(0));
1458     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(150, 171, ranges, 3, 1);
1459     assertEquals(1, overlaps.cardinality());
1460     assertTrue(overlaps.get(16));
1461
1462     ranges.clear();
1463     ranges.add(new int[] { 101, 150 });
1464     ranges.add(new int[] { 21, 30 });
1465     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(24, 40, ranges, 3, 1);
1466     assertEquals(3, overlaps.cardinality());
1467     assertTrue(overlaps.get(17));
1468     assertTrue(overlaps.get(18));
1469     assertTrue(overlaps.get(19));
1470
1471     /*
1472      * reverse range 1:1 (e.g. reverse strand gene to transcript)
1473      */
1474     ranges.clear();
1475     ranges.add(new int[] { 20, 10 });
1476     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(12, 13, ranges, 1, 1);
1477     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1478     assertTrue(overlaps.get(7));
1479     assertTrue(overlaps.get(8));
1480
1481     /*
1482      * reverse range 3:1 (e.g. reverse strand gene to peptide)
1483      * from EMBL:J03321 to P0CE20
1484      */
1485     ranges.clear();
1486     ranges.add(new int[] { 1480, 488 });
1487     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1460, 1460, ranges, 3,
1488             1);
1489     // 1460 is the end of the 7th codon
1490     assertEquals(1, overlaps.cardinality());
1491     assertTrue(overlaps.get(6));
1492     // add one base (part codon)
1493     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1459, 1460, ranges, 3,
1494             1);
1495     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1496     assertTrue(overlaps.get(6));
1497     assertTrue(overlaps.get(7));
1498     // add second base (part codon)
1499     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1458, 1460, ranges, 3,
1500             1);
1501     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1502     assertTrue(overlaps.get(6));
1503     assertTrue(overlaps.get(7));
1504     // add third base (whole codon)
1505     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1457, 1460, ranges, 3,
1506             1);
1507     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1508     assertTrue(overlaps.get(6));
1509     assertTrue(overlaps.get(7));
1510     // add one more base (part codon)
1511     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1456, 1460, ranges, 3,
1512             1);
1513     assertEquals(3, overlaps.cardinality());
1514     assertTrue(overlaps.get(6));
1515     assertTrue(overlaps.get(7));
1516     assertTrue(overlaps.get(8));
1517   }
1518 }