test/jalview/util/MapListTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  29 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
  30
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Arrays;
  33 import java.util.BitSet;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 import jalview.bin.Cache;
  40 import jalview.gui.JvOptionPane;
  41
  42 public class MapListTest
  43 {
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUp()
  46   {
  47     Cache.initLogger();
  48   }
  49
  50   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  51   public void setUpJvOptionPane()
  52   {
  53     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  54     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  55   }
  56
  57   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
  58   public void testSomething()
  59   {
  60     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 },
  61             new int[]
  62             { 51, 1 }, 1, 3);
  63     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 1, 3, 17, 4 },
  64             new int[]
  65             { 51, 1 }, 1, 3);
  66     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 60 }, new int[] { 1, 20 }, 3,
  67             1);
  68     // test internal consistency
  69     int to[] = new int[51];
  70     testMap(ml, 1, 60);
  71     MapList mldna = new MapList(new int[] { 2, 2, 6, 8, 12, 16 },
  72             new int[]
  73             { 1, 3 }, 3, 1);
  74     int[] frm = mldna.locateInFrom(1, 1);
  75     testLocateFrom(mldna, 1, 1, new int[] { 2, 2, 6, 7 });
  76     testMap(mldna, 1, 3);
  77     /*
  78      * for (int from=1; from<=51; from++) { int[] too=ml.shiftTo(from); int[]
  79      * toofrom=ml.shiftFrom(too[0]);
  80      * System.out.println("ShiftFrom("+from+")=="+too[0]+" %
  81      * "+too[1]+"\t+-+\tShiftTo("+too[0]+")=="+toofrom[0]+" % "+toofrom[1]); }
  82      */
  83   }
  84
  85   private static void testLocateFrom(MapList mldna, int i, int j, int[] ks)
  86   {
  87     int[] frm = mldna.locateInFrom(i, j);
  88     assertEquals("Failed test locate from " + i + " to " + j,
  89             Arrays.toString(frm), Arrays.toString(ks));
  90   }
  91
  92   /**
  93    * test routine. not incremental.
  94    *
  95    * @param ml
  96    * @param fromS
  97    * @param fromE
  98    */
  99   private void testMap(MapList ml, int fromS, int fromE)
 100   {
 101     // todo convert to JUnit style tests
 102     for (int from = 1; from <= 25; from++)
 103     {
 104       int[] too = ml.shiftFrom(from);
 105       System.out.print("ShiftFrom(" + from + ")==");
 106       if (too == null)
 107       {
 108         System.out.print("NaN\n");
 109       }
 110       else
 111       {
 112         System.out.print(too[0] + " % " + too[1] + " (" + too[2] + ")");
 113         System.out.print("\t+--+\t");
 114         int[] toofrom = ml.shiftTo(too[0]);
 115         if (toofrom != null)
 116         {
 117           if (toofrom[0] != from)
 118           {
 119             System.err.println("Mapping not reflexive:" + from + " "
 120                     + too[0] + "->" + toofrom[0]);
 121           }
 122           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")==" + toofrom[0]
 123                   + " % " + toofrom[1] + " (" + toofrom[2] + ")");
 124         }
 125         else
 126         {
 127           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")=="
 128                   + "NaN! - not Bijective Mapping!");
 129         }
 130       }
 131     }
 132     int mmap[][] = ml.makeFromMap();
 133     System.out.println("FromMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 134             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 135     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 136     {
 137       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 138       {
 139         System.out.print(i + "=XXX");
 140
 141       }
 142       else
 143       {
 144         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 145       }
 146       if (i % 20 == 0)
 147       {
 148         System.out.print("\n");
 149       }
 150       else
 151       {
 152         System.out.print(",");
 153       }
 154     }
 155     // test range function
 156     System.out.print("\nTest locateInFrom\n");
 157     {
 158       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 159       while (f <= t)
 160       {
 161         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 162         int rng[] = ml.locateInFrom(f, t);
 163         if (rng != null)
 164         {
 165           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 166           {
 167             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 168           }
 169         }
 170         else
 171         {
 172           System.out.println("No range!");
 173         }
 174         System.out.print("\nReversed\n");
 175         rng = ml.locateInFrom(t, f);
 176         if (rng != null)
 177         {
 178           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 179           {
 180             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 181           }
 182         }
 183         else
 184         {
 185           System.out.println("No range!");
 186         }
 187         System.out.print("\n");
 188         f++;
 189         t--;
 190       }
 191     }
 192     System.out.print("\n");
 193     mmap = ml.makeToMap();
 194     System.out.println("ToMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 195             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 196     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 197     {
 198       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 199       {
 200         System.out.print(i + "=XXX");
 201
 202       }
 203       else
 204       {
 205         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 206       }
 207       if (i % 20 == 0)
 208       {
 209         System.out.print("\n");
 210       }
 211       else
 212       {
 213         System.out.print(",");
 214       }
 215     }
 216     System.out.print("\n");
 217     // test range function
 218     System.out.print("\nTest locateInTo\n");
 219     {
 220       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 221       while (f <= t)
 222       {
 223         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 224         int rng[] = ml.locateInTo(f, t);
 225         if (rng != null)
 226         {
 227           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 228           {
 229             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 230           }
 231         }
 232         else
 233         {
 234           System.out.println("No range!");
 235         }
 236         System.out.print("\nReversed\n");
 237         rng = ml.locateInTo(t, f);
 238         if (rng != null)
 239         {
 240           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 241           {
 242             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 243           }
 244         }
 245         else
 246         {
 247           System.out.println("No range!");
 248         }
 249         f++;
 250         t--;
 251         System.out.print("\n");
 252       }
 253     }
 254   }
 255
 256   /**
 257    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 258    * the 'to' map.
 259    */
 260   @Test(groups = { "Functional" })
 261   public void testLocateInFrom_noIntrons()
 262   {
 263     /*
 264      * Simple mapping with no introns
 265      */
 266     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 267     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 268     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 269     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 270     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 271     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 272     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 273     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 2)));
 274     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 3)));
 275     // reversed range treated as if forwards:
 276     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 1)));
 277     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 4)));
 278     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
 279     assertEquals("[4, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 4)));
 280     assertEquals("[7, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 4)));
 281     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 282
 283     /*
 284      * partial overlap
 285      */
 286     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 5)));
 287     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(-1, 1)));
 288
 289     /*
 290      * no overlap
 291      */
 292     assertNull(ml.locateInFrom(0, 0));
 293
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 298    * the 'to' map.
 299    */
 300   @Test(groups = { "Functional" })
 301   public void testLocateInFrom_withIntrons()
 302   {
 303     /*
 304      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 305      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 306      */
 307     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 308     int[] protein = { 1, 4 };
 309     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 310     assertEquals("[2, 3, 5, 5]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 311     assertEquals("[6, 7, 9, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 312     assertEquals("[10, 10, 12, 12, 14, 14]",
 313             Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 314     assertEquals("[16, 18]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 315
 316     /*
 317      * codons at 11-16, 21-26, 31-36 mapped to peptide positions 1, 3-4, 6-8
 318      */
 319     ml = new MapList(new int[] { 11, 16, 21, 26, 31, 36 },
 320             new int[]
 321             { 1, 1, 3, 4, 6, 8 }, 3, 1);
 322     assertArrayEquals(new int[] { 11, 13 }, ml.locateInFrom(1, 1));
 323     assertArrayEquals(new int[] { 11, 16 }, ml.locateInFrom(1, 3));
 324     assertArrayEquals(new int[] { 11, 16, 21, 23 }, ml.locateInFrom(1, 4));
 325     assertArrayEquals(new int[] { 14, 16, 21, 23 }, ml.locateInFrom(3, 4));
 326
 327   }
 328
 329   @Test(groups = { "Functional" })
 330   public void testLocateInFrom_reverseStrand()
 331   {
 332     int[] codons = new int[] { 12, 1 };
 333     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 334     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 335     assertEquals("[12, 10]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 336     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 341    * 'from' map.
 342    */
 343   @Test(groups = { "Functional" })
 344   public void testLocateInTo_noIntrons()
 345   {
 346     /*
 347      * Simple mapping with no introns
 348      */
 349     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 350     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 351     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 352     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 3)));
 353     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 354     assertEquals("[3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 9)));
 355     assertEquals("[4, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(10, 12)));
 356     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 6)));
 357     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 9)));
 358     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 12)));
 359     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 360     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 12)));
 361     // reverse range treated as if forwards:
 362     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(12, 4)));
 363
 364     /*
 365      * A part codon is treated as if a whole one.
 366      */
 367     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 1)));
 368     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 2)));
 369     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 4)));
 370     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 8)));
 371     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 11)));
 372     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(5, 11)));
 373
 374     /*
 375      * partial overlap
 376      */
 377     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 13)));
 378     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(-1, 2)));
 379
 380     /*
 381      * no overlap
 382      */
 383     assertNull(ml.locateInTo(0, 0));
 384   }
 385
 386   /**
 387    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 388    * 'from' map.
 389    */
 390   @Test(groups = { "Functional" })
 391   public void testLocateInTo_withIntrons()
 392   {
 393     /*
 394      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 395      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 396      */
 397     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 398     /*
 399      * Mapped proteins at positions 1, 3, 4, 6 in the sequence
 400      */
 401     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 402     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 403
 404     /*
 405      * Valid range or subrange of codon1 maps to protein1
 406      */
 407     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 2)));
 408     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 3)));
 409     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 5)));
 410     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 3)));
 411     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 5)));
 412
 413     // codon position 6 starts the next protein:
 414     assertEquals("[1, 1, 3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 6)));
 415
 416     // codon positions 7 to 17 (part) cover proteins 2/3/4 at positions 3/4/6
 417     assertEquals("[3, 4, 6, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 17)));
 418
 419     /*
 420      * partial overlap
 421      */
 422     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 2)));
 423     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 4)));
 424     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 4)));
 425
 426     /*
 427      * no overlap
 428      */
 429     assertNull(ml.locateInTo(4, 4));
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Test equals method.
 434    */
 435   @Test(groups = { "Functional" })
 436   public void testEquals()
 437   {
 438     int[] codons = new int[] { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 439     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 440     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 441     MapList ml1 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // same values
 442     MapList ml2 = new MapList(codons, protein, 2, 1); // fromRatio differs
 443     MapList ml3 = new MapList(codons, protein, 3, 2); // toRatio differs
 444     codons[2] = 4;
 445     MapList ml6 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // fromShifts differ
 446     protein[1] = 3;
 447     MapList ml7 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // toShifts differ
 448
 449     assertTrue(ml.equals(ml));
 450     assertEquals(ml.hashCode(), ml.hashCode());
 451     assertTrue(ml.equals(ml1));
 452     assertEquals(ml.hashCode(), ml1.hashCode());
 453     assertTrue(ml1.equals(ml));
 454
 455     assertFalse(ml.equals(null));
 456     assertFalse(ml.equals("hello"));
 457     assertFalse(ml.equals(ml2));
 458     assertFalse(ml.equals(ml3));
 459     assertFalse(ml.equals(ml6));
 460     assertFalse(ml.equals(ml7));
 461     assertFalse(ml6.equals(ml7));
 462
 463     try
 464     {
 465       MapList ml4 = new MapList(codons, null, 3, 1); // toShifts null
 466       assertFalse(ml.equals(ml4));
 467     } catch (NullPointerException e)
 468     {
 469       // actually thrown by constructor before equals can be called
 470     }
 471     try
 472     {
 473       MapList ml5 = new MapList(null, protein, 3, 1); // fromShifts null
 474       assertFalse(ml.equals(ml5));
 475     } catch (NullPointerException e)
 476     {
 477       // actually thrown by constructor before equals can be called
 478     }
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Test for the method that flattens a list of ranges into a single array.
 483    */
 484   @Test(groups = { "Functional" })
 485   public void testGetRanges()
 486   {
 487     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 488     ranges.add(new int[] { 2, 3 });
 489     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 490     assertEquals("[2, 3, 5, 6]",
 491             Arrays.toString(MapList.getRanges(ranges)));
 492   }
 493
 494   /**
 495    * Check state after construction
 496    */
 497   @Test(groups = { "Functional" })
 498   public void testConstructor()
 499   {
 500     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 501     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 502     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 503     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 504     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 505     assertEquals(18, ml.getFromHighest());
 506     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 507     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 508     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 509             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 510     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 511
 512     /*
 513      * Also copy constructor
 514      */
 515     MapList ml2 = new MapList(ml);
 516     assertEquals(3, ml2.getFromRatio());
 517     assertEquals(2, ml2.getFromLowest());
 518     assertEquals(18, ml2.getFromHighest());
 519     assertEquals(1, ml2.getToLowest());
 520     assertEquals(6, ml2.getToHighest());
 521     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 522             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 523     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}",
 524             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 525
 526     /*
 527      * reverse direction
 528      */
 529     codons = new int[] { 9, 6 };
 530     protein = new int[] { 100, 91, 80, 79 };
 531     ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 532     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 533     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 534     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 535     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 536   }
 537
 538   /**
 539    * Test constructor used to merge consecutive ranges but now just leaves them
 540    * as supplied (JAL-3751)
 541    */
 542   @Test(groups = { "Functional" })
 543   public void testConstructor_mergeRanges()
 544   {
 545     int[] codons = { 2, 3, 3, 7, 9, 10, 12, 12, 13, 14, 16, 17 };
 546     int[] protein = { 1, 1, 2, 3, 6, 6 };
 547     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 548     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 549     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 550     assertEquals(17, ml.getFromHighest());
 551     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 552     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 553     assertEquals("{[2, 3], [3, 7], [9, 10], [12, 12], [13, 14], [16, 17]}",
 554             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 555     assertEquals("{[1, 1], [2, 3], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 556   }
 557
 558   /**
 559    * Convert a List of {[i, j], [k, l], ...} to "[[i, j], [k, l], ...]"
 560    *
 561    * @param ranges
 562    * @return
 563    */
 564   private String prettyPrint(List<int[]> ranges)
 565   {
 566     StringBuilder sb = new StringBuilder(ranges.size() * 5);
 567     boolean first = true;
 568     sb.append("{");
 569     for (int[] range : ranges)
 570     {
 571       if (!first)
 572       {
 573         sb.append(", ");
 574       }
 575       sb.append(Arrays.toString(range));
 576       first = false;
 577     }
 578     sb.append("}");
 579     return sb.toString();
 580   }
 581
 582   /**
 583    * Test the method that creates an inverse mapping
 584    */
 585   @Test(groups = { "Functional" })
 586   public void testGetInverse()
 587   {
 588     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 589     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 590
 591     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 592     MapList ml2 = ml.getInverse();
 593     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 594     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 595     assertEquals(ml.getToHighest(), ml2.getFromHighest());
 596     assertEquals(ml.getFromHighest(), ml2.getToHighest());
 597     assertEquals(prettyPrint(ml.getFromRanges()),
 598             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 599     assertEquals(prettyPrint(ml.getToRanges()),
 600             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 601   }
 602
 603   @Test(groups = { "Functional" })
 604   public void testToString()
 605   {
 606     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 },
 607             new int[]
 608             { 51, 1 }, 1, 3);
 609     String s = ml.toString();
 610     assertEquals("[ [1, 5] [10, 15] [25, 20] ] 1:3 to [ [51, 1] ]", s);
 611   }
 612
 613   @Test(groups = { "Functional" })
 614   public void testAddMapList()
 615   {
 616     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 617             new int[]
 618             { 72, 22 }, 1, 3);
 619     assertEquals(11, ml.getFromLowest());
 620     assertEquals(35, ml.getFromHighest());
 621     assertEquals(22, ml.getToLowest());
 622     assertEquals(72, ml.getToHighest());
 623
 624     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 2, 4, 37, 40 },
 625             new int[]
 626             { 12, 17, 78, 83, 88, 96 }, 1, 3);
 627     ml.addMapList(ml2);
 628     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 629     assertEquals(40, ml.getFromHighest());
 630     assertEquals(12, ml.getToLowest());
 631     assertEquals(96, ml.getToHighest());
 632
 633     String s = ml.toString();
 634     assertEquals(
 635             "[ [11, 15] [20, 25] [35, 30] [2, 4] [37, 40] ] 1:3 to [ [72, 22] [12, 17] [78, 83] [88, 96] ]",
 636             s);
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Test that confirms adding a map twice does nothing
 641    */
 642   @Test(groups = { "Functional" })
 643   public void testAddMapList_sameMap()
 644   {
 645     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 646             new int[]
 647             { 72, 22 }, 1, 3);
 648     String before = ml.toString();
 649     ml.addMapList(ml);
 650     assertEquals(before, ml.toString());
 651     ml.addMapList(new MapList(ml));
 652     assertEquals(before, ml.toString());
 653   }
 654
 655   @Test(groups = { "Functional" })
 656   public void testAddMapList_contiguous()
 657   {
 658     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15 }, new int[] { 72, 58 }, 1,
 659             3);
 660
 661     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 15, 16 }, new int[] { 58, 53 }, 1,
 662             3);
 663     ml.addMapList(ml2);
 664     assertEquals("[ [11, 15] [15, 16] ] 1:3 to [ [72, 58] [58, 53] ]", ml.toString());
 665
 666     MapList ml3 = new MapList(new int[] { 11, 15 }, new int[] { 72, 58 }, 1,
 667             3);
 668
 669     MapList ml4 = new MapList(new int[] { 15, 16 }, new int[] { 1, 6 }, 1,
 670             3);
 671     ml3.addMapList(ml4);
 672     assertEquals("[ [11, 15] [15, 16] ] 1:3 to [ [72, 58] [1, 6] ]", ml3.toString());
 673   }
 674
 675   @Test(groups = "Functional")
 676   public void testAddRange()
 677   {
 678     int[] range = { 1, 5 };
 679     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 680
 681     // add to empty list:
 682     MapList.addRange(range, ranges);
 683     assertEquals(1, ranges.size());
 684     assertSame(range, ranges.get(0));
 685
 686     // extend overlapping (same position):
 687     MapList.addRange(new int[] { 5, 10 }, ranges);
 688     assertEquals(2, ranges.size());
 689     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 690     assertEquals(5, ranges.get(0)[1]);
 691     assertEquals(5, ranges.get(1)[0]);
 692     assertEquals(10, ranges.get(1)[1]);
 693
 694     // extend contiguous (next position):
 695     MapList.addRange(new int[] { 11, 15 }, ranges);
 696     assertEquals(2, ranges.size());
 697     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 698     assertEquals(5, ranges.get(0)[1]);
 699     assertEquals(5, ranges.get(1)[0]);
 700     assertEquals(15, ranges.get(1)[1]);
 701
 702     // change direction: range is not merged:
 703     MapList.addRange(new int[] { 16, 10 }, ranges);
 704     assertEquals(3, ranges.size());
 705     assertEquals(16, ranges.get(2)[0]);
 706     assertEquals(10, ranges.get(2)[1]);
 707
 708     // extend reverse overlapping (same position):
 709     MapList.addRange(new int[] { 10, 8 }, ranges);
 710     assertEquals(4, ranges.size());
 711     assertEquals(10, ranges.get(3)[0]);
 712     assertEquals(8, ranges.get(3)[1]);
 713
 714     // extend reverse contiguous (next position):
 715     MapList.addRange(new int[] { 7, 6 }, ranges);
 716     assertEquals(4, ranges.size());
 717     assertEquals(10, ranges.get(3)[0]);
 718     assertEquals(6, ranges.get(3)[1]);
 719
 720     // change direction: range is not merged:
 721     MapList.addRange(new int[] { 6, 9 }, ranges);
 722     assertEquals(5, ranges.size());
 723     assertEquals(6, ranges.get(4)[0]);
 724     assertEquals(9, ranges.get(4)[1]);
 725
 726     // not contiguous: not merged
 727     MapList.addRange(new int[] { 11, 12 }, ranges);
 728     assertEquals(6, ranges.size());
 729     assertEquals(11, ranges.get(5)[0]);
 730     assertEquals(12, ranges.get(5)[1]);
 731   }
 732
 733   /**
 734    * Check state after construction
 735    */
 736   @Test(groups = { "Functional" })
 737   public void testConstructor_withLists()
 738   {
 739     /*
 740      * reverse direction
 741      */
 742     int[][] codons = new int[][] { { 9, 6 } };
 743     int[][] protein = new int[][] { { 100, 91 }, { 80, 79 } };
 744     MapList ml = new MapList(Arrays.asList(codons), Arrays.asList(protein),
 745             3, 1);
 746     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 747     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 748     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 749     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 750   }
 751
 752   /**
 753    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse from
 754    * range. Single position ranges are ignored.
 755    */
 756   @Test(groups = { "Functional" })
 757   public void testIsFromForwardStrand()
 758   {
 759     // [3-9] declares forward strand
 760     MapList ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 3, 9, 12, 11 },
 761             new int[]
 762             { 20, 11 }, 1, 1);
 763     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 764
 765     // [11-5] declares reverse strand ([13-14] is ignored)
 766     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 11, 5, 13, 14 },
 767             new int[]
 768             { 20, 11 }, 1, 1);
 769     assertFalse(ml.isFromForwardStrand());
 770
 771     // all single position ranges - defaults to forward strand
 772     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, new int[] { 3, 1 }, 1,
 773             1);
 774     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 775   }
 776
 777   /**
 778    * Test the method that merges contiguous ranges
 779    */
 780   @Test(groups = { "Functional" })
 781   public void testCoalesceRanges()
 782   {
 783     assertNull(MapList.coalesceRanges(null));
 784     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 785     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 786     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 787     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 788
 789     // add non-contiguous range:
 790     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 791     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 792
 793     // 'contiguous' range in opposite direction is not merged:
 794     ranges.add(new int[] { 7, 6 });
 795     assertSame(ranges, MapList.coalesceRanges(ranges));
 796
 797     // merging in forward direction:
 798     ranges.clear();
 799     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 800     ranges.add(new int[] { 4, 5 }); // contiguous
 801     ranges.add(new int[] { 5, 5 }); // overlap!
 802     ranges.add(new int[] { 6, 7 }); // contiguous
 803     List<int[]> merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 804     assertEquals(2, merged.size());
 805     assertArrayEquals(new int[] { 1, 5 }, merged.get(0));
 806     assertArrayEquals(new int[] { 5, 7 }, merged.get(1));
 807     // verify input list is unchanged
 808     assertEquals(4, ranges.size());
 809     assertArrayEquals(new int[] { 1, 3 }, ranges.get(0));
 810     assertArrayEquals(new int[] { 4, 5 }, ranges.get(1));
 811     assertArrayEquals(new int[] { 5, 5 }, ranges.get(2));
 812     assertArrayEquals(new int[] { 6, 7 }, ranges.get(3));
 813
 814     // merging in reverse direction:
 815     ranges.clear();
 816     ranges.add(new int[] { 7, 5 });
 817     ranges.add(new int[] { 5, 4 }); // overlap
 818     ranges.add(new int[] { 4, 4 }); // overlap
 819     ranges.add(new int[] { 3, 1 }); // contiguous
 820     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 821     assertEquals(3, merged.size());
 822     assertArrayEquals(new int[] { 7, 5 }, merged.get(0));
 823     assertArrayEquals(new int[] { 5, 4 }, merged.get(1));
 824     assertArrayEquals(new int[] { 4, 1 }, merged.get(2));
 825
 826     // merging with switches of direction:
 827     ranges.clear();
 828     ranges.add(new int[] { 1, 3 });
 829     ranges.add(new int[] { 4, 5 }); // contiguous
 830     ranges.add(new int[] { 5, 5 }); // overlap
 831     ranges.add(new int[] { 6, 6 }); // contiguous
 832     ranges.add(new int[] { 12, 10 });
 833     ranges.add(new int[] { 9, 8 }); // contiguous
 834     ranges.add(new int[] { 8, 8 }); // overlap
 835     ranges.add(new int[] { 7, 7 }); // contiguous
 836     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 837     assertEquals(4, merged.size());
 838     assertArrayEquals(new int[] { 1, 5 }, merged.get(0));
 839     assertArrayEquals(new int[] { 5, 6 }, merged.get(1));
 840     assertArrayEquals(new int[] { 12, 8 }, merged.get(2));
 841     assertArrayEquals(new int[] { 8, 7 }, merged.get(3));
 842
 843     // 'subsumed' ranges are preserved
 844     ranges.clear();
 845     ranges.add(new int[] { 10, 30 });
 846     ranges.add(new int[] { 15, 25 });
 847     merged = MapList.coalesceRanges(ranges);
 848     assertEquals(2, merged.size());
 849     assertArrayEquals(new int[] { 10, 30 }, merged.get(0));
 850     assertArrayEquals(new int[] { 15, 25 }, merged.get(1));
 851   }
 852
 853   /**
 854    * Test the method that compounds ('traverses') two mappings
 855    */
 856   @Test(groups = "Functional")
 857   public void testTraverse()
 858   {
 859     /*
 860      * simple 1:1 plus 1:1 forwards
 861      */
 862     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 3, 4, 8, 12 },
 863             new int[]
 864             { 5, 8, 11, 13 }, 1, 1);
 865     assertEquals("{[3, 4], [8, 12]}", prettyPrint(ml1.getFromRanges()));
 866     assertEquals("{[5, 8], [11, 13]}", prettyPrint(ml1.getToRanges()));
 867
 868     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 50 },
 869             new int[]
 870             { 40, 45, 70, 75, 90, 127 }, 1, 1);
 871     assertEquals("{[1, 50]}", prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 872     assertEquals("{[40, 45], [70, 75], [90, 127]}",
 873             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 874
 875     MapList compound = ml1.traverse(ml2);
 876
 877     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 878     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 879     List<int[]> fromRanges = compound.getFromRanges();
 880     assertEquals(2, fromRanges.size());
 881     assertArrayEquals(new int[] { 3, 4 }, fromRanges.get(0));
 882     assertArrayEquals(new int[] { 8, 12 }, fromRanges.get(1));
 883     List<int[]> toRanges = compound.getToRanges();
 884     assertEquals(4, toRanges.size());
 885     // 5-8 maps to 44-45,70-71
 886     // 11-13 maps to 74-75,90
 887     assertArrayEquals(new int[] { 44, 45 }, toRanges.get(0));
 888     assertArrayEquals(new int[] { 70, 71 }, toRanges.get(1));
 889     assertArrayEquals(new int[] { 74, 75 }, toRanges.get(2));
 890     assertArrayEquals(new int[] { 90, 90 }, toRanges.get(3));
 891
 892     /*
 893      * 1:1 over 1:1 backwards ('reverse strand')
 894      */
 895     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 70, 119 }, 1, 1);
 896     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 500 },
 897             new int[]
 898             { 1000, 901, 600, 201 }, 1, 1);
 899     compound = ml1.traverse(ml2);
 900
 901     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 902     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 903     fromRanges = compound.getFromRanges();
 904     assertEquals(1, fromRanges.size());
 905     assertArrayEquals(new int[] { 1, 50 }, fromRanges.get(0));
 906     toRanges = compound.getToRanges();
 907     assertEquals(2, toRanges.size());
 908     assertArrayEquals(new int[] { 931, 901 }, toRanges.get(0));
 909     assertArrayEquals(new int[] { 600, 582}, toRanges.get(1));
 910
 911     /*
 912      * 1:1 plus 1:3 should result in 1:3
 913      */
 914     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 30 }, new int[] { 11, 40 }, 1, 1);
 915     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 100 }, new int[] { 1, 50, 91, 340 }, 1,
 916             3);
 917     compound = ml1.traverse(ml2);
 918
 919     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 920     assertEquals(3, compound.getToRatio());
 921     fromRanges = compound.getFromRanges();
 922     assertEquals(1, fromRanges.size());
 923     assertArrayEquals(new int[] { 1, 30 }, fromRanges.get(0));
 924     // 11-40 maps to 31-50,91-160
 925     toRanges = compound.getToRanges();
 926     assertEquals(2, toRanges.size());
 927     assertArrayEquals(new int[] { 31, 50 }, toRanges.get(0));
 928     assertArrayEquals(new int[] { 91, 160 }, toRanges.get(1));
 929
 930     /*
 931      * 3:1 plus 1:1 should result in 3:1
 932      */
 933     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 30 }, new int[] { 11, 20 }, 3, 1);
 934     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 100 }, new int[] { 1, 15, 91, 175 }, 1,
 935             1);
 936     compound = ml1.traverse(ml2);
 937
 938     assertEquals(3, compound.getFromRatio());
 939     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 940     fromRanges = compound.getFromRanges();
 941     assertEquals(1, fromRanges.size());
 942     assertArrayEquals(new int[] { 1, 30 }, fromRanges.get(0));
 943     // 11-20 maps to 11-15, 91-95
 944     toRanges = compound.getToRanges();
 945     assertEquals(2, toRanges.size());
 946     assertArrayEquals(new int[] { 11, 15 }, toRanges.get(0));
 947     assertArrayEquals(new int[] { 91, 95 }, toRanges.get(1));
 948
 949     /*
 950      * 1:3 plus 3:1 should result in 1:1
 951      */
 952     ml1 = new MapList(new int[] { 21, 40 }, new int[] { 13, 72 }, 1, 3);
 953     ml2 = new MapList(new int[] { 1, 300 }, new int[] { 51, 70, 121, 200 },
 954             3, 1);
 955     compound = ml1.traverse(ml2);
 956
 957     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 958     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 959     fromRanges = compound.getFromRanges();
 960     assertEquals(1, fromRanges.size());
 961     assertArrayEquals(new int[] { 21, 40 }, fromRanges.get(0));
 962     // 13-72 maps 3:1 to 55-70, 121-124
 963     toRanges = compound.getToRanges();
 964     assertEquals(2, toRanges.size());
 965     assertArrayEquals(new int[] { 55, 70 }, toRanges.get(0));
 966     assertArrayEquals(new int[] { 121, 124 }, toRanges.get(1));
 967
 968     /*
 969      * 3:1 plus 1:3 should result in 1:1
 970      */
 971     ml1 = new MapList(new int[] { 31, 90 }, new int[] { 13, 32 }, 3, 1);
 972     ml2 = new MapList(new int[] { 11, 40 }, new int[] { 41, 50, 71, 150 },
 973             1, 3);
 974     compound = ml1.traverse(ml2);
 975
 976     assertEquals(1, compound.getFromRatio());
 977     assertEquals(1, compound.getToRatio());
 978     fromRanges = compound.getFromRanges();
 979     assertEquals(1, fromRanges.size());
 980     assertArrayEquals(new int[] { 31, 90 }, fromRanges.get(0));
 981     // 13-32 maps to 47-50,71-126
 982     toRanges = compound.getToRanges();
 983     assertEquals(2, toRanges.size());
 984     assertArrayEquals(new int[] { 47, 50 }, toRanges.get(0));
 985     assertArrayEquals(new int[] { 71, 126 }, toRanges.get(1));
 986
 987     /*
 988      * if not all regions are mapped through, returns what is
 989      */
 990     ml1 = new MapList(new int[] { 1, 50 }, new int[] { 101, 150 }, 1, 1);
 991     ml2 = new MapList(new int[] { 131, 180 }, new int[] { 201, 250 }, 1, 1);
 992     compound = ml1.traverse(ml2);
 993     assertNull(compound);
 994   }
 995
 996   /**
 997    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse 'to'
 998    * range. Single position ranges are ignored.
 999    */
1000   @Test(groups = { "Functional" })
1001   public void testIsToForwardsStrand()
1002   {
1003     // [3-9] declares forward strand
1004     MapList ml = new MapList(new int[] { 20, 11 },
1005             new int[]
1006             { 2, 2, 3, 9, 12, 11 }, 1, 1);
1007     assertTrue(ml.isToForwardStrand());
1008
1009     // [11-5] declares reverse strand ([13-14] is ignored)
1010     ml = new MapList(new int[] { 20, 11 },
1011             new int[]
1012             { 2, 2, 11, 5, 13, 14 }, 1, 1);
1013     assertFalse(ml.isToForwardStrand());
1014
1015     // all single position ranges - defaults to forward strand
1016     ml = new MapList(new int[] { 3, 1 }, new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, 1,
1017             1);
1018     assertTrue(ml.isToForwardStrand());
1019   }
1020
1021   /**
1022    * Test for mapping with overlapping ranges
1023    */
1024   @Test(groups = { "Functional" })
1025   public void testLocateInFrom_withOverlap()
1026   {
1027     /*
1028      * gene to protein...
1029      */
1030     int[] codons = new int[] { 1, 12, 12, 17 };
1031     int[] protein = new int[] { 1, 6 };
1032     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
1033     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
1034     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
1035     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
1036     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
1037     assertEquals("[12, 14]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(5, 5)));
1038     assertEquals("[15, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(6, 6)));
1039     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 2)));
1040     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 3)));
1041     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 4)));
1042     assertEquals("[1, 12, 12, 14]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 5)));
1043     assertEquals("[1, 12, 12, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 6)));
1044     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
1045     assertEquals("[7, 12, 12, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 6)));
1046
1047     /*
1048      * partial overlap of range
1049      */
1050     assertEquals("[4, 12, 12, 17]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 7)));
1051     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(-1, 1)));
1052
1053     /*
1054      * no overlap in range
1055      */
1056     assertNull(ml.locateInFrom(0, 0));
1057
1058     /*
1059      * gene to CDS...from EMBL:MN908947
1060      */
1061     int[] gene = new int[] { 266, 13468, 13468, 21555 };
1062     int[] cds = new int[] { 1, 21291 };
1063     ml = new MapList(gene, cds, 1, 1);
1064     assertEquals("[13468, 13468]",
1065             Arrays.toString(ml.locateInFrom(13203, 13203)));
1066     assertEquals("[13468, 13468]",
1067             Arrays.toString(ml.locateInFrom(13204, 13204)));
1068     assertEquals("[13468, 13468, 13468, 13468]",
1069             Arrays.toString(ml.locateInFrom(13203, 13204)));
1070   }
1071
1072   /**
1073    * Test for mapping with overlapping ranges
1074    */
1075   @Test(groups = { "Functional" })
1076   public void testLocateInTo_withOverlap()
1077   {
1078     /*
1079      * gene to protein...
1080      */
1081     int[] codons = new int[] { 1, 12, 12, 17 };
1082     int[] protein = new int[] { 1, 6 };
1083     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
1084     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 1)));
1085     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 8)));
1086     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 11)));
1087     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 11)));
1088
1089     // we want base 12 to map to both of the amino acids it codes for
1090     assertEquals("[4, 5]", Arrays.toString(ml.locateInTo(12, 12)));
1091     assertEquals("[4, 5]", Arrays.toString(ml.locateInTo(11, 12)));
1092     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(11, 15)));
1093     assertEquals("[6, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(15, 17)));
1094
1095     /*
1096      * no overlap
1097      */
1098     assertNull(ml.locateInTo(0, 0));
1099
1100     /*
1101      * partial overlap
1102      */
1103     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 18)));
1104     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(-1, 1)));
1105
1106     /*
1107      * gene to CDS...from EMBL:MN908947
1108      * the base at 13468 is used twice in transcription
1109      */
1110     int[] gene = new int[] { 266, 13468, 13468, 21555 };
1111     int[] cds = new int[] { 1, 21291 };
1112     ml = new MapList(gene, cds, 1, 1);
1113     assertEquals("[13203, 13204]",
1114             Arrays.toString(ml.locateInTo(13468, 13468)));
1115
1116     /*
1117      * gene to protein
1118      * the base at 13468 is in the codon for 4401N and also 4402R
1119      */
1120     gene = new int[] { 266, 13468, 13468, 21552 }; // stop codon excluded
1121     protein = new int[] { 1, 7096 };
1122     ml = new MapList(gene, protein, 3, 1);
1123     assertEquals("[4401, 4402]",
1124             Arrays.toString(ml.locateInTo(13468, 13468)));
1125   }
1126
1127   @Test(groups = { "Functional" })
1128   public void testTraverseToPosition()
1129   {
1130     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1131     assertNull(MapList.traverseToPosition(ranges, 0));
1132
1133     ranges.add(new int[] { 3, 6 });
1134     assertNull(MapList.traverseToPosition(ranges, 0));
1135   }
1136
1137   @Test(groups = { "Functional" })
1138   public void testCountPositions()
1139   {
1140     try
1141     {
1142       MapList.countPositions(null, 1);
1143       fail("expected exception");
1144     } catch (NullPointerException e)
1145     {
1146       // expected
1147     }
1148
1149     List<int[]> intervals = new ArrayList<>();
1150     assertNull(MapList.countPositions(intervals, 1));
1151
1152     /*
1153      * forward strand
1154      */
1155     intervals.add(new int[] { 10, 20 });
1156     assertNull(MapList.countPositions(intervals, 9));
1157     assertNull(MapList.countPositions(intervals, 21));
1158     assertArrayEquals(new int[] { 1, 1 },
1159             MapList.countPositions(intervals, 10));
1160     assertArrayEquals(new int[] { 6, 1 },
1161             MapList.countPositions(intervals, 15));
1162     assertArrayEquals(new int[] { 11, 1 },
1163             MapList.countPositions(intervals, 20));
1164
1165     intervals.add(new int[] { 25, 25 });
1166     assertArrayEquals(new int[] { 12, 1 },
1167             MapList.countPositions(intervals, 25));
1168
1169     // next interval repeats position 25 - which should be counted twice if
1170     // traversed
1171     intervals.add(new int[] { 25, 26 });
1172     assertArrayEquals(new int[] { 12, 1 },
1173             MapList.countPositions(intervals, 25));
1174     assertArrayEquals(new int[] { 14, 1 },
1175             MapList.countPositions(intervals, 26));
1176
1177     /*
1178      * reverse strand
1179      */
1180     intervals.clear();
1181     intervals.add(new int[] { 5, -5 });
1182     assertNull(MapList.countPositions(intervals, 6));
1183     assertNull(MapList.countPositions(intervals, -6));
1184     assertArrayEquals(new int[] { 1, -1 },
1185             MapList.countPositions(intervals, 5));
1186     assertArrayEquals(new int[] { 7, -1 },
1187             MapList.countPositions(intervals, -1));
1188     assertArrayEquals(new int[] { 11, -1 },
1189             MapList.countPositions(intervals, -5));
1190
1191     /*
1192      * reverse then forward
1193      */
1194     intervals.add(new int[] { 5, 10 });
1195     assertArrayEquals(new int[] { 13, 1 },
1196             MapList.countPositions(intervals, 6));
1197
1198     /*
1199      * reverse then forward then reverse
1200      */
1201     intervals.add(new int[] { -10, -20 });
1202     assertArrayEquals(new int[] { 20, -1 },
1203             MapList.countPositions(intervals, -12));
1204
1205     /*
1206      * an interval [x, x] is treated as forward
1207      */
1208     intervals.add(new int[] { 30, 30 });
1209     assertArrayEquals(new int[] { 29, 1 },
1210             MapList.countPositions(intervals, 30));
1211
1212     /*
1213      * it is the first matched occurrence that is returned
1214      */
1215     intervals.clear();
1216     intervals.add(new int[] { 1, 2 });
1217     intervals.add(new int[] { 2, 3 });
1218     assertArrayEquals(new int[] { 2, 1 },
1219             MapList.countPositions(intervals, 2));
1220     intervals.add(new int[] { -1, -2 });
1221     intervals.add(new int[] { -2, -3 });
1222     assertArrayEquals(new int[] { 6, -1 },
1223             MapList.countPositions(intervals, -2));
1224   }
1225
1226   /**
1227    * Tests for helper method that adds any overlap (plus offset) to a set of
1228    * overlaps
1229    */
1230   @Test(groups = { "Functional" })
1231   public void testAddOffsetPositions()
1232   {
1233     List<int[]> mapped = new ArrayList<>();
1234     int[] range = new int[] {10, 20};
1235     BitSet offsets = new BitSet();
1236
1237     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1238     assertTrue(mapped.isEmpty()); // nothing marked for overlap
1239
1240     offsets.set(11);
1241     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1242     assertTrue(mapped.isEmpty()); // no offset 11 in range
1243
1244     offsets.set(4, 6); // this sets bits 4 and 5
1245     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1246     assertEquals(1, mapped.size());
1247     assertArrayEquals(new int[] { 14, 15 }, mapped.get(0));
1248
1249     mapped.clear();
1250     offsets.set(10);
1251     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1252     assertEquals(2, mapped.size());
1253     assertArrayEquals(new int[] { 14, 15 }, mapped.get(0));
1254     assertArrayEquals(new int[] { 20, 20 }, mapped.get(1));
1255
1256     /*
1257      * reverse range
1258      */
1259     range = new int[] { 20, 10 };
1260     mapped.clear();
1261     offsets.clear();
1262     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1263     assertTrue(mapped.isEmpty()); // nothing marked for overlap
1264     offsets.set(11);
1265     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1266     assertTrue(mapped.isEmpty()); // no offset 11 in range
1267     offsets.set(0);
1268     offsets.set(10);
1269     offsets.set(6, 8); // sets bits 6 and 7
1270     MapList.addOffsetPositions(mapped, 0, range, offsets);
1271     assertEquals(3, mapped.size());
1272     assertArrayEquals(new int[] { 20, 20 }, mapped.get(0));
1273     assertArrayEquals(new int[] { 14, 13 }, mapped.get(1));
1274     assertArrayEquals(new int[] { 10, 10 }, mapped.get(2));
1275   }
1276
1277   @Test(groups = { "Functional" })
1278   public void testGetPositionsForOffsets()
1279   {
1280     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1281     BitSet offsets = new BitSet();
1282     List<int[]> mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1283     assertTrue(mapped.isEmpty()); // no ranges and no offsets!
1284
1285     offsets.set(5, 1000);
1286     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1287     assertTrue(mapped.isEmpty()); // no ranges
1288
1289     /*
1290      * one range with overlap of offsets
1291      */
1292     ranges.add(new int[] {15, 25});
1293     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1294     assertEquals(1, mapped.size());
1295     assertArrayEquals(new int[] {20,  25}, mapped.get(0));
1296
1297     /*
1298      * two ranges
1299      */
1300     ranges.add(new int[] {300, 320});
1301     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1302     assertEquals(2, mapped.size());
1303     assertArrayEquals(new int[] {20,  25}, mapped.get(0));
1304     assertArrayEquals(new int[] {300, 320}, mapped.get(1));
1305
1306     /*
1307      * boundary case - right end of first range overlaps
1308      */
1309     offsets.clear();
1310     offsets.set(10);
1311     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1312     assertEquals(1, mapped.size());
1313     assertArrayEquals(new int[] {25,  25}, mapped.get(0));
1314
1315     /*
1316      * boundary case - left end of second range overlaps
1317      */
1318     offsets.set(11);
1319     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1320     assertEquals(2, mapped.size());
1321     assertArrayEquals(new int[] {25,  25}, mapped.get(0));
1322     assertArrayEquals(new int[] {300, 300}, mapped.get(1));
1323
1324     /*
1325      * offsets into a circular range are reported in
1326      * the order in which they are traversed
1327      */
1328     ranges.clear();
1329     ranges.add(new int[] {100, 150});
1330     ranges.add(new int[] {60, 80});
1331     offsets.clear();
1332     offsets.set(45, 55); // sets bits 45 to 54
1333     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1334     assertEquals(2, mapped.size());
1335     assertArrayEquals(new int[] {145, 150}, mapped.get(0)); // offsets 45-50
1336     assertArrayEquals(new int[] {60, 63}, mapped.get(1)); // offsets 51-54
1337
1338     /*
1339      * reverse range overlap is reported with start < end
1340      */
1341     ranges.clear();
1342     ranges.add(new int[] {4321, 4000});
1343     offsets.clear();
1344     offsets.set(20, 22); // sets bits 20 and 21
1345     offsets.set(30);
1346     mapped = MapList.getPositionsForOffsets(ranges, offsets);
1347     assertEquals(2, mapped.size());
1348     assertArrayEquals(new int[] {4301, 4300}, mapped.get(0));
1349     assertArrayEquals(new int[] {4291, 4291}, mapped.get(1));
1350   }
1351
1352   @Test(groups = { "Functional" })
1353   public void testGetMappedOffsetsForPositions()
1354   {
1355     /*
1356      * start by verifying the examples in the method's Javadoc!
1357      */
1358     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1359     ranges.add(new int[] {10, 20});
1360     ranges.add(new int[] {31, 40});
1361     BitSet overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1, 9, ranges, 1, 1);
1362     assertTrue(overlaps.isEmpty());
1363     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1, 11, ranges, 1, 1);
1364     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1365     assertTrue(overlaps.get(0));
1366     assertTrue(overlaps.get(1));
1367     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(15, 35, ranges, 1, 1);
1368     assertEquals(11, overlaps.cardinality());
1369     for (int i = 5 ; i <= 11 ; i++)
1370     {
1371       assertTrue(overlaps.get(i));
1372     }
1373
1374     ranges.clear();
1375     ranges.add(new int[] {1, 200});
1376     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(9, 9, ranges, 1, 3);
1377     assertEquals(3, overlaps.cardinality());
1378     assertTrue(overlaps.get(24));
1379     assertTrue(overlaps.get(25));
1380     assertTrue(overlaps.get(26));
1381
1382     ranges.clear();
1383     ranges.add(new int[] {101, 150});
1384     ranges.add(new int[] {171, 180});
1385     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(101, 102, ranges, 3, 1);
1386     assertEquals(1, overlaps.cardinality());
1387     assertTrue(overlaps.get(0));
1388     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(150, 171, ranges, 3, 1);
1389     assertEquals(1, overlaps.cardinality());
1390     assertTrue(overlaps.get(16));
1391
1392     ranges.clear();
1393     ranges.add(new int[] {101, 150});
1394     ranges.add(new int[] {21, 30});
1395     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(24, 40, ranges, 3, 1);
1396     assertEquals(3, overlaps.cardinality());
1397     assertTrue(overlaps.get(17));
1398     assertTrue(overlaps.get(18));
1399     assertTrue(overlaps.get(19));
1400
1401     /*
1402      * reverse range 1:1 (e.g. reverse strand gene to transcript)
1403      */
1404     ranges.clear();
1405     ranges.add(new int[] {20, 10});
1406     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(12, 13, ranges, 1, 1);
1407     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1408     assertTrue(overlaps.get(7));
1409     assertTrue(overlaps.get(8));
1410
1411     /*
1412      * reverse range 3:1 (e.g. reverse strand gene to peptide)
1413      * from EMBL:J03321 to P0CE20
1414      */
1415     ranges.clear();
1416     ranges.add(new int[] {1480, 488});
1417     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1460, 1460, ranges, 3, 1);
1418     // 1460 is the end of the 7th codon
1419     assertEquals(1, overlaps.cardinality());
1420     assertTrue(overlaps.get(6));
1421     // add one base (part codon)
1422     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1459, 1460, ranges, 3, 1);
1423     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1424     assertTrue(overlaps.get(6));
1425     assertTrue(overlaps.get(7));
1426     // add second base (part codon)
1427     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1458, 1460, ranges, 3, 1);
1428     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1429     assertTrue(overlaps.get(6));
1430     assertTrue(overlaps.get(7));
1431     // add third base (whole codon)
1432     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1457, 1460, ranges, 3, 1);
1433     assertEquals(2, overlaps.cardinality());
1434     assertTrue(overlaps.get(6));
1435     assertTrue(overlaps.get(7));
1436     // add one more base (part codon)
1437     overlaps = MapList.getMappedOffsetsForPositions(1456, 1460, ranges, 3, 1);
1438     assertEquals(3, overlaps.cardinality());
1439     assertTrue(overlaps.get(6));
1440     assertTrue(overlaps.get(7));
1441     assertTrue(overlaps.get(8));
1442   }
1443 }