test/jalview/util/MapListTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Arrays;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class MapListTest
  36 {
  37
  38   @Test(groups = { "Functional" })
  39   public void testSomething()
  40   {
  41     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 }, new int[] {
  42         51, 1 }, 1, 3);
  43     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 1, 3, 17, 4 },
  44             new int[] { 51, 1 }, 1, 3);
  45     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 1, 60 }, new int[] { 1, 20 }, 3,
  46             1);
  47     // test internal consistency
  48     int to[] = new int[51];
  49     testMap(ml, 1, 60);
  50     MapList mldna = new MapList(new int[] { 2, 2, 6, 8, 12, 16 }, new int[]
  51     { 1, 3 }, 3, 1);
  52     int[] frm = mldna.locateInFrom(1, 1);
  53     testLocateFrom(mldna, 1, 1, new int[] { 2, 2, 6, 7 });
  54     testMap(mldna, 1, 3);
  55     /*
  56      * for (int from=1; from<=51; from++) { int[] too=ml.shiftTo(from); int[]
  57      * toofrom=ml.shiftFrom(too[0]);
  58      * System.out.println("ShiftFrom("+from+")=="+too[0]+" %
  59      * "+too[1]+"\t+-+\tShiftTo("+too[0]+")=="+toofrom[0]+" % "+toofrom[1]); }
  60      */
  61   }
  62
  63   private static void testLocateFrom(MapList mldna, int i, int j, int[] ks)
  64   {
  65     int[] frm = mldna.locateInFrom(i, j);
  66     assertEquals("Failed test locate from " + i + " to " + j,
  67             Arrays.toString(frm), Arrays.toString(ks));
  68   }
  69
  70   /**
  71    * test routine. not incremental.
  72    *
  73    * @param ml
  74    * @param fromS
  75    * @param fromE
  76    */
  77   private void testMap(MapList ml, int fromS, int fromE)
  78   {
  79     // todo convert to JUnit style tests
  80     for (int from = 1; from <= 25; from++)
  81     {
  82       int[] too = ml.shiftFrom(from);
  83       System.out.print("ShiftFrom(" + from + ")==");
  84       if (too == null)
  85       {
  86         System.out.print("NaN\n");
  87       }
  88       else
  89       {
  90         System.out.print(too[0] + " % " + too[1] + " (" + too[2] + ")");
  91         System.out.print("\t+--+\t");
  92         int[] toofrom = ml.shiftTo(too[0]);
  93         if (toofrom != null)
  94         {
  95           if (toofrom[0] != from)
  96           {
  97             System.err.println("Mapping not reflexive:" + from + " "
  98                     + too[0] + "->" + toofrom[0]);
  99           }
 100           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")==" + toofrom[0]
 101                   + " % " + toofrom[1] + " (" + toofrom[2] + ")");
 102         }
 103         else
 104         {
 105           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")=="
 106                   + "NaN! - not Bijective Mapping!");
 107         }
 108       }
 109     }
 110     int mmap[][] = ml.makeFromMap();
 111     System.out.println("FromMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 112             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 113     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 114     {
 115       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 116       {
 117         System.out.print(i + "=XXX");
 118
 119       }
 120       else
 121       {
 122         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 123       }
 124       if (i % 20 == 0)
 125       {
 126         System.out.print("\n");
 127       }
 128       else
 129       {
 130         System.out.print(",");
 131       }
 132     }
 133     // test range function
 134     System.out.print("\nTest locateInFrom\n");
 135     {
 136       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 137       while (f <= t)
 138       {
 139         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 140         int rng[] = ml.locateInFrom(f, t);
 141         if (rng != null)
 142         {
 143           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 144           {
 145             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 146           }
 147         }
 148         else
 149         {
 150           System.out.println("No range!");
 151         }
 152         System.out.print("\nReversed\n");
 153         rng = ml.locateInFrom(t, f);
 154         if (rng != null)
 155         {
 156           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 157           {
 158             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 159           }
 160         }
 161         else
 162         {
 163           System.out.println("No range!");
 164         }
 165         System.out.print("\n");
 166         f++;
 167         t--;
 168       }
 169     }
 170     System.out.print("\n");
 171     mmap = ml.makeToMap();
 172     System.out.println("ToMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 173             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 174     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 175     {
 176       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 177       {
 178         System.out.print(i + "=XXX");
 179
 180       }
 181       else
 182       {
 183         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 184       }
 185       if (i % 20 == 0)
 186       {
 187         System.out.print("\n");
 188       }
 189       else
 190       {
 191         System.out.print(",");
 192       }
 193     }
 194     System.out.print("\n");
 195     // test range function
 196     System.out.print("\nTest locateInTo\n");
 197     {
 198       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 199       while (f <= t)
 200       {
 201         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 202         int rng[] = ml.locateInTo(f, t);
 203         if (rng != null)
 204         {
 205           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 206           {
 207             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 208           }
 209         }
 210         else
 211         {
 212           System.out.println("No range!");
 213         }
 214         System.out.print("\nReversed\n");
 215         rng = ml.locateInTo(t, f);
 216         if (rng != null)
 217         {
 218           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 219           {
 220             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 221           }
 222         }
 223         else
 224         {
 225           System.out.println("No range!");
 226         }
 227         f++;
 228         t--;
 229         System.out.print("\n");
 230       }
 231     }
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 236    * the 'to' map.
 237    */
 238   @Test(groups = { "Functional" })
 239   public void testLocateInFrom_noIntrons()
 240   {
 241     /*
 242      * Simple mapping with no introns
 243      */
 244     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 245     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 246     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 247     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 248     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 249     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 250     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 251     assertEquals("[1, 6]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 2)));
 252     assertEquals("[1, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 3)));
 253     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 4)));
 254     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 3)));
 255     assertEquals("[4, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 4)));
 256     assertEquals("[7, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 4)));
 257     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 258
 259     assertNull(ml.locateInFrom(0, 0));
 260     assertNull(ml.locateInFrom(1, 5));
 261     assertNull(ml.locateInFrom(-1, 1));
 262   }
 263
 264   /**
 265    * Tests for method that locates ranges in the 'from' map for given range in
 266    * the 'to' map.
 267    */
 268   @Test(groups = { "Functional" })
 269   public void testLocateInFrom_withIntrons()
 270   {
 271     /*
 272      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 273      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 274      */
 275     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 276     int[] protein = { 1, 4 };
 277     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 278     assertEquals("[2, 3, 5, 5]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(1, 1)));
 279     assertEquals("[6, 7, 9, 9]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(2, 2)));
 280     assertEquals("[10, 10, 12, 12, 14, 14]",
 281             Arrays.toString(ml.locateInFrom(3, 3)));
 282     assertEquals("[16, 18]", Arrays.toString(ml.locateInFrom(4, 4)));
 283   }
 284
 285   /**
 286    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 287    * 'from' map.
 288    */
 289   @Test(groups = { "Functional" })
 290   public void testLocateInTo_noIntrons()
 291   {
 292     /*
 293      * Simple mapping with no introns
 294      */
 295     int[] codons = new int[] { 1, 12 };
 296     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 297     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 298     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 3)));
 299     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 300     assertEquals("[3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 9)));
 301     assertEquals("[4, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(10, 12)));
 302     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 6)));
 303     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 9)));
 304     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 12)));
 305     assertEquals("[2, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 6)));
 306     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(4, 12)));
 307
 308     /*
 309      * A part codon is treated as if a whole one.
 310      */
 311     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 1)));
 312     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 2)));
 313     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(ml.locateInTo(1, 4)));
 314     assertEquals("[1, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 8)));
 315     assertEquals("[1, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 11)));
 316     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(ml.locateInTo(5, 11)));
 317
 318     assertNull(ml.locateInTo(0, 0));
 319     assertNull(ml.locateInTo(1, 13));
 320     assertNull(ml.locateInTo(-1, 1));
 321   }
 322
 323   /**
 324    * Tests for method that locates ranges in the 'to' map for given range in the
 325    * 'from' map.
 326    */
 327   @Test(groups = { "Functional" })
 328   public void testLocateInTo_withIntrons()
 329   {
 330     /*
 331      * Exons at positions [2, 3, 5] [6, 7, 9] [10, 12, 14] [16, 17, 18] i.e.
 332      * 2-3, 5-7, 9-10, 12-12, 14-14, 16-18
 333      */
 334     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 335     /*
 336      * Mapped proteins at positions 1, 3, 4, 6 in the sequence
 337      */
 338     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 339     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 340
 341     /*
 342      * Can't map from an unmapped position
 343      */
 344     assertNull(ml.locateInTo(1, 2));
 345     assertNull(ml.locateInTo(2, 4));
 346     assertNull(ml.locateInTo(4, 4));
 347
 348     /*
 349      * Valid range or subrange of codon1 maps to protein1.
 350      */
 351     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 2)));
 352     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 3)));
 353     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 5)));
 354     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 3)));
 355     assertEquals("[1, 1]", Arrays.toString(ml.locateInTo(2, 5)));
 356
 357     // codon position 6 starts the next protein:
 358     assertEquals("[1, 1, 3, 3]", Arrays.toString(ml.locateInTo(3, 6)));
 359
 360     // codon positions 7 to 17 (part) cover proteins 2/3/4 at positions 3/4/6
 361     assertEquals("[3, 4, 6, 6]", Arrays.toString(ml.locateInTo(7, 17)));
 362
 363   }
 364
 365   /**
 366    * Test equals method.
 367    */
 368   @Test(groups = { "Functional" })
 369   public void testEquals()
 370   {
 371     int[] codons = new int[] { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 372     int[] protein = new int[] { 1, 4 };
 373     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 374     MapList ml1 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // same values
 375     MapList ml2 = new MapList(codons, protein, 2, 1); // fromRatio differs
 376     MapList ml3 = new MapList(codons, protein, 3, 2); // toRatio differs
 377     codons[2] = 4;
 378     MapList ml6 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // fromShifts differ
 379     protein[1] = 3;
 380     MapList ml7 = new MapList(codons, protein, 3, 1); // toShifts differ
 381
 382     assertTrue(ml.equals(ml));
 383     assertTrue(ml.equals(ml1));
 384     assertTrue(ml1.equals(ml));
 385
 386     assertFalse(ml.equals(null));
 387     assertFalse(ml.equals("hello"));
 388     assertFalse(ml.equals(ml2));
 389     assertFalse(ml.equals(ml3));
 390     assertFalse(ml.equals(ml6));
 391     assertFalse(ml.equals(ml7));
 392     assertFalse(ml6.equals(ml7));
 393
 394     try
 395     {
 396       MapList ml4 = new MapList(codons, null, 3, 1); // toShifts null
 397       assertFalse(ml.equals(ml4));
 398     } catch (NullPointerException e)
 399     {
 400       // actually thrown by constructor before equals can be called
 401     }
 402     try
 403     {
 404       MapList ml5 = new MapList(null, protein, 3, 1); // fromShifts null
 405       assertFalse(ml.equals(ml5));
 406     } catch (NullPointerException e)
 407     {
 408       // actually thrown by constructor before equals can be called
 409     }
 410   }
 411
 412   /**
 413    * Test for the method that flattens a list of ranges into a single array.
 414    */
 415   @Test(groups = { "Functional" })
 416   public void testGetRanges()
 417   {
 418     List<int[]> ranges = new ArrayList<int[]>();
 419     ranges.add(new int[] { 2, 3 });
 420     ranges.add(new int[] { 5, 6 });
 421     assertEquals("[2, 3, 5, 6]", Arrays.toString(MapList.getRanges(ranges)));
 422   }
 423
 424   /**
 425    * Check state after construction
 426    */
 427   @Test(groups = { "Functional" })
 428   public void testConstructor()
 429   {
 430     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 431     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 432     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 433     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 434     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 435     assertEquals(18, ml.getFromHighest());
 436     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 437     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 438     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 439             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 440     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 441
 442     /*
 443      * Also copy constructor
 444      */
 445     MapList ml2 = new MapList(ml);
 446     assertEquals(3, ml2.getFromRatio());
 447     assertEquals(2, ml2.getFromLowest());
 448     assertEquals(18, ml2.getFromHighest());
 449     assertEquals(1, ml2.getToLowest());
 450     assertEquals(6, ml2.getToHighest());
 451     assertEquals("{[2, 3], [5, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 18]}",
 452             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 453     assertEquals("{[1, 1], [3, 4], [6, 6]}", prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 454
 455     /*
 456      * reverse direction
 457      */
 458     codons = new int[] { 9, 6 };
 459     protein = new int[] { 100, 91, 80, 79 };
 460     ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 461     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 462     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 463     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 464     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Test constructor can merge consecutive ranges
 469    */
 470   @Test(groups = { "Functional" })
 471   public void testConstructor_mergeRanges()
 472   {
 473     int[] codons = { 2, 3, 3, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 17 };
 474     int[] protein = { 1, 1, 1, 3, 6, 6 };
 475     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 476     assertEquals(3, ml.getFromRatio());
 477     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 478     assertEquals(17, ml.getFromHighest());
 479     assertEquals(1, ml.getToLowest());
 480     assertEquals(6, ml.getToHighest());
 481     assertEquals("{[2, 7], [9, 10], [12, 12], [14, 14], [16, 17]}",
 482             prettyPrint(ml.getFromRanges()));
 483     assertEquals("{[1, 3], [6, 6]}", prettyPrint(ml.getToRanges()));
 484   }
 485
 486   /**
 487    * Convert a List of {[i, j], [k, l], ...} to "[[i, j], [k, l], ...]"
 488    *
 489    * @param ranges
 490    * @return
 491    */
 492   private String prettyPrint(List<int[]> ranges)
 493   {
 494     StringBuilder sb = new StringBuilder(ranges.size() * 5);
 495     boolean first = true;
 496     sb.append("{");
 497     for (int[] range : ranges)
 498     {
 499       if (!first)
 500       {
 501         sb.append(", ");
 502       }
 503       sb.append(Arrays.toString(range));
 504       first = false;
 505     }
 506     sb.append("}");
 507     return sb.toString();
 508   }
 509
 510   /**
 511    * Test the method that creates an inverse mapping
 512    */
 513   @Test(groups = { "Functional" })
 514   public void testGetInverse()
 515   {
 516     int[] codons = { 2, 3, 5, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 14, 16, 18 };
 517     int[] protein = { 1, 1, 3, 4, 6, 6 };
 518
 519     MapList ml = new MapList(codons, protein, 3, 1);
 520     MapList ml2 = ml.getInverse();
 521     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 522     assertEquals(ml.getFromRatio(), ml2.getToRatio());
 523     assertEquals(ml.getToHighest(), ml2.getFromHighest());
 524     assertEquals(ml.getFromHighest(), ml2.getToHighest());
 525     assertEquals(prettyPrint(ml.getFromRanges()),
 526             prettyPrint(ml2.getToRanges()));
 527     assertEquals(prettyPrint(ml.getToRanges()),
 528             prettyPrint(ml2.getFromRanges()));
 529   }
 530
 531   @Test(groups = { "Functional" })
 532   public void testToString()
 533   {
 534     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 5, 10, 15, 25, 20 }, new int[] {
 535         51, 1 }, 1, 3);
 536     String s = ml.toString();
 537     assertEquals("[ [1, 5] [10, 15] [25, 20] ] To [ [51, 1] ]",
 538             s);
 539   }
 540
 541   @Test(groups = { "Functional" })
 542   public void testAddMapList()
 543   {
 544     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15, 20, 25, 35, 30 },
 545             new int[] { 72, 22 }, 1, 3);
 546     assertEquals(11, ml.getFromLowest());
 547     assertEquals(35, ml.getFromHighest());
 548     assertEquals(22, ml.getToLowest());
 549     assertEquals(72, ml.getToHighest());
 550
 551     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 2, 4, 37, 40 }, new int[] { 12,
 552         17, 78, 83, 88, 96 }, 1, 3);
 553     ml.addMapList(ml2);
 554     assertEquals(2, ml.getFromLowest());
 555     assertEquals(40, ml.getFromHighest());
 556     assertEquals(12, ml.getToLowest());
 557     assertEquals(96, ml.getToHighest());
 558
 559     String s = ml.toString();
 560     assertEquals(
 561             "[ [11, 15] [20, 25] [35, 30] [2, 4] [37, 40] ] To [ [72, 22] [12, 17] [78, 83] [88, 96] ]",
 562             s);
 563   }
 564
 565   @Test(groups = { "Functional" })
 566   public void testAddMapList_contiguous()
 567   {
 568     MapList ml = new MapList(new int[] { 11, 15 }, new int[] { 72, 58 }, 1,
 569             3);
 570
 571     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 15, 16 }, new int[] { 58, 53 },
 572             1, 3);
 573     ml.addMapList(ml2);
 574     assertEquals("[ [11, 16] ] To [ [72, 53] ]", ml.toString());
 575   }
 576
 577   @Test(groups = "Functional")
 578   public void testAddRange()
 579   {
 580     int[] range = { 1, 5 };
 581     List<int[]> ranges = new ArrayList<int[]>();
 582
 583     // add to empty list:
 584     MapList.addRange(range, ranges);
 585     assertEquals(1, ranges.size());
 586     assertSame(range, ranges.get(0));
 587
 588     // extend contiguous (same position):
 589     MapList.addRange(new int[] { 5, 10 }, ranges);
 590     assertEquals(1, ranges.size());
 591     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 592     assertEquals(10, ranges.get(0)[1]);
 593
 594     // extend contiguous (next position):
 595     MapList.addRange(new int[] { 11, 15 }, ranges);
 596     assertEquals(1, ranges.size());
 597     assertEquals(1, ranges.get(0)[0]);
 598     assertEquals(15, ranges.get(0)[1]);
 599
 600     // change direction: range is not merged:
 601     MapList.addRange(new int[] { 16, 10 }, ranges);
 602     assertEquals(2, ranges.size());
 603     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 604     assertEquals(10, ranges.get(1)[1]);
 605
 606     // extend reverse contiguous (same position):
 607     MapList.addRange(new int[] { 10, 8 }, ranges);
 608     assertEquals(2, ranges.size());
 609     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 610     assertEquals(8, ranges.get(1)[1]);
 611
 612     // extend reverse contiguous (next position):
 613     MapList.addRange(new int[] { 7, 6 }, ranges);
 614     assertEquals(2, ranges.size());
 615     assertEquals(16, ranges.get(1)[0]);
 616     assertEquals(6, ranges.get(1)[1]);
 617
 618     // change direction: range is not merged:
 619     MapList.addRange(new int[] { 6, 9 }, ranges);
 620     assertEquals(3, ranges.size());
 621     assertEquals(6, ranges.get(2)[0]);
 622     assertEquals(9, ranges.get(2)[1]);
 623
 624     // not contiguous: not merged
 625     MapList.addRange(new int[] { 11, 12 }, ranges);
 626     assertEquals(4, ranges.size());
 627     assertEquals(11, ranges.get(3)[0]);
 628     assertEquals(12, ranges.get(3)[1]);
 629   }
 630
 631   /**
 632    * Check state after construction
 633    */
 634   @Test(groups = { "Functional" })
 635   public void testConstructor_withLists()
 636   {
 637     /*
 638      * reverse direction
 639      */
 640     int[][] codons = new int[][] { { 9, 6 } };
 641     int[][] protein = new int[][] { { 100, 91 }, { 80, 79 } };
 642     MapList ml = new MapList(Arrays.asList(codons), Arrays.asList(protein),
 643             3, 1);
 644     assertEquals(6, ml.getFromLowest());
 645     assertEquals(9, ml.getFromHighest());
 646     assertEquals(79, ml.getToLowest());
 647     assertEquals(100, ml.getToHighest());
 648   }
 649
 650   /**
 651    * Test that method that inspects for the (first) forward or reverse from
 652    * range. Single position ranges are ignored.
 653    */
 654   @Test(groups = { "Functional" })
 655   public void testIsFromForwardStrand()
 656   {
 657     MapList ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 3, 9, 12, 11 },
 658             new int[] { 20, 11 }, 1, 1);
 659     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 660
 661     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 11, 5, 13, 14 },
 662             new int[] { 20, 11 }, 1, 1);
 663     assertFalse(ml.isFromForwardStrand());
 664
 665     ml = new MapList(new int[] { 2, 2, 4, 4, 6, 6 }, new int[] { 3, 1 }, 1,
 666             1);
 667     assertTrue(ml.isFromForwardStrand());
 668   }
 669 }