test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6 import org.testng.annotations.Test;
   7 import java.awt.Color;
   8 import java.io.IOException;
   9 import java.util.Arrays;
  10 import java.util.Collections;
  11 import java.util.HashSet;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Set;
  14
  15 import jalview.api.AlignViewportI;
  16 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  17 import jalview.datamodel.Alignment;
  18 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  19 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  20 import jalview.datamodel.SearchResults;
  21 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  22 import jalview.datamodel.Sequence;
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.gui.AlignViewport;
  26 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  27 import jalview.io.FormatAdapter;
  28
  29 public class MappingUtilsTest
  30 {
  31   private AlignViewportI dnaView;
  32   private AlignViewportI proteinView;
  33
  34   /**
  35    * Simple test of mapping with no intron involved.
  36    */
  37   @Test
  38   public void testBuildSearchResults()
  39   {
  40     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TA-GC");
  41     seq1.createDatasetSequence();
  42
  43     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  44     aseq1.createDatasetSequence();
  45
  46     /*
  47      * Map dna bases 1-6 to protein residues 1-2
  48      */
  49     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  50     MapList map = new MapList(new int[]
  51     { 1, 6 }, new int[]
  52     { 1, 2 }, 3, 1);
  53     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
  54     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
  55
  56     /*
  57      * Check protein residue 1 maps to codon 1-3, 2 to codon 4-6
  58      */
  59     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 1, acfList);
  60     assertEquals(1, sr.getResults().size());
  61     Match m = sr.getResults().get(0);
  62     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  63     assertEquals(1, m.getStart());
  64     assertEquals(3, m.getEnd());
  65     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 2, acfList);
  66     assertEquals(1, sr.getResults().size());
  67     m = sr.getResults().get(0);
  68     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  69     assertEquals(4, m.getStart());
  70     assertEquals(6, m.getEnd());
  71
  72     /*
  73      * Check inverse mappings, from codons 1-3, 4-6 to protein 1, 2
  74      */
  75     for (int i = 1; i < 7; i++)
  76     {
  77       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
  78       assertEquals(1, sr.getResults().size());
  79       m = sr.getResults().get(0);
  80       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  81       int residue = i > 3 ? 2 : 1;
  82       assertEquals(residue, m.getStart());
  83       assertEquals(residue, m.getEnd());
  84     }
  85   }
  86
  87   /**
  88    * Simple test of mapping with introns involved.
  89    */
  90   @Test
  91   public void testBuildSearchResults_withIntron()
  92   {
  93     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TAGA-GCAGCTT");
  94     seq1.createDatasetSequence();
  95
  96     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  97     aseq1.createDatasetSequence();
  98
  99     /*
 100      * Map dna bases [2, 4, 5], [7, 9, 11] to protein residues 1 and 2
 101      */
 102     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 103     MapList map = new MapList(new int[]
 104     { 2, 2, 4, 5, 7, 7, 9, 9, 11, 11 }, new int[]
 105     { 1, 2 }, 3, 1);
 106     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 107     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 108
 109     /*
 110      * Check protein residue 1 maps to [2, 4, 5]
 111      */
 112     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 1, acfList);
 113     assertEquals(2, sr.getResults().size());
 114     Match m = sr.getResults().get(0);
 115     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 116     assertEquals(2, m.getStart());
 117     assertEquals(2, m.getEnd());
 118     m = sr.getResults().get(1);
 119     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 120     assertEquals(4, m.getStart());
 121     assertEquals(5, m.getEnd());
 122
 123     /*
 124      * Check protein residue 2 maps to [7, 9, 11]
 125      */
 126     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 2, acfList);
 127     assertEquals(3, sr.getResults().size());
 128     m = sr.getResults().get(0);
 129     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 130     assertEquals(7, m.getStart());
 131     assertEquals(7, m.getEnd());
 132     m = sr.getResults().get(1);
 133     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 134     assertEquals(9, m.getStart());
 135     assertEquals(9, m.getEnd());
 136     m = sr.getResults().get(2);
 137     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 138     assertEquals(11, m.getStart());
 139     assertEquals(11, m.getEnd());
 140
 141     /*
 142      * Check inverse mappings, from codons to protein
 143      */
 144     for (int i = 1; i < 14; i++)
 145     {
 146       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
 147       int residue = (i == 2 || i == 4 || i == 5) ? 1 : (i == 7 || i == 9
 148               || i == 11 ? 2 : 0);
 149       if (residue == 0)
 150       {
 151         assertEquals(0, sr.getResults().size());
 152         continue;
 153       }
 154       assertEquals(1, sr.getResults().size());
 155       m = sr.getResults().get(0);
 156       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 157       assertEquals(residue, m.getStart());
 158       assertEquals(residue, m.getEnd());
 159     }
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Test mapping a sequence group made of entire sequences.
 164    *
 165    * @throws IOException
 166    */
 167   @Test
 168   public void testMapSequenceGroup_sequences() throws IOException
 169   {
 170     /*
 171      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 172      * viewport).
 173      */
 174     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1\nACG\n>Seq2\nTGA\n>Seq3\nTAC\n",
 175             "FASTA");
 176     cdna.setDataset(null);
 177     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nK\n>Seq2\nL\n>Seq3\nQ\n",
 178             "FASTA");
 179     protein.setDataset(null);
 180     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 181     MapList map = new MapList(new int[]
 182     { 1, 3 }, new int[]
 183     { 1, 1 }, 3, 1);
 184     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 185     {
 186       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 187               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 188     }
 189     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 190
 191     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 192     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 193     protein.setCodonFrames(acfList);
 194
 195     /*
 196      * Select Seq1 and Seq3 in the protein (startRes=endRes=0)
 197      */
 198     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 199     sg.setColourText(true);
 200     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 201     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 202     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 203     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 204
 205     /*
 206      * Verify the mapped sequence group in dna
 207      */
 208     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 209     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 210     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 211     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 212     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 213     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 214     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(1));
 215     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 216     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 217
 218     /*
 219      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 220      */
 221     sg.clear();
 222     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 223     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 224     sg.setStartRes(0);
 225     sg.setEndRes(2);
 226     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 227     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 228     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 229     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 230     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 231     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(0));
 232     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(1));
 233     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 234     assertEquals(0, mappedGroup.getEndRes());
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
 239    *
 240    * @param data
 241    * @param format
 242    *          TODO
 243    * @return
 244    * @throws IOException
 245    */
 246   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format)
 247           throws IOException
 248   {
 249     Alignment a = new FormatAdapter().readFile(data,
 250             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 251     a.setDataset(null);
 252     return a;
 253   }
 254
 255   /**
 256    * Test mapping a column selection in protein to its dna equivalent
 257    *
 258    * @throws IOException
 259    */
 260   @Test
 261   public void testMapColumnSelection_proteinToDna() throws IOException
 262   {
 263     setupMappedAlignments();
 264
 265     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 266
 267     /*
 268      * Column 0 in protein picks up Seq2/L, Seq3/G which map to cols 0-4 and 0-3
 269      * in dna respectively, overall 0-4
 270      */
 271     colsel.addElement(0);
 272     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel,
 273             proteinView, dnaView);
 274     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 4]", cs.getSelected().toString());
 275
 276     /*
 277      * Column 1 in protein picks up Seq1/K which maps to cols 0-3 in dna
 278      */
 279     colsel.clear();
 280     colsel.addElement(1);
 281     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 282     assertEquals("[0, 1, 2, 3]", cs.getSelected().toString());
 283
 284     /*
 285      * Column 2 in protein picks up gaps only - no mapping
 286      */
 287     colsel.clear();
 288     colsel.addElement(2);
 289     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 290     assertEquals("[]", cs.getSelected().toString());
 291
 292     /*
 293      * Column 3 in protein picks up Seq1/P, Seq2/Q, Seq3/S which map to columns
 294      * 6-9, 6-10, 5-8 respectively, overall to 5-10
 295      */
 296     colsel.clear();
 297     colsel.addElement(3);
 298     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 299     assertEquals("[5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected().toString());
 300
 301     /*
 302      * Combine selection of columns 1 and 3 to get a discontiguous mapped
 303      * selection
 304      */
 305     colsel.clear();
 306     colsel.addElement(1);
 307     colsel.addElement(3);
 308     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 309     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected()
 310             .toString());
 311   }
 312
 313   /**
 314    * @throws IOException
 315    */
 316   protected void setupMappedAlignments() throws IOException
 317   {
 318     /*
 319      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 320      * viewport). Lower case for introns.
 321      */
 322     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1\nAC-GctGtC-T\n"
 323             + ">Seq2\nTc-GA-G-T-Tc\n" + ">Seq3\nTtTT-AaCGg-\n",
 324             "FASTA");
 325     cdna.setDataset(null);
 326     AlignmentI protein = loadAlignment(
 327             ">Seq1\n-K-P\n>Seq2\nL--Q\n>Seq3\nG--S\n",
 328             "FASTA");
 329     protein.setDataset(null);
 330     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 331     MapList map = new MapList(new int[]
 332     { 1, 3, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
 333     { 1, 2 }, 3, 1);
 334     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), protein
 335             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), map);
 336     map = new MapList(new int[]
 337     { 1, 1, 3, 4, 5, 7 }, new int[]
 338     { 1, 2 }, 3, 1);
 339     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), protein
 340             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), map);
 341     map = new MapList(new int[]
 342     { 1, 1, 3, 4, 5, 5, 7, 8 }, new int[]
 343     { 1, 2 }, 3, 1);
 344     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), protein
 345             .getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), map);
 346     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 347
 348     dnaView = new AlignViewport(cdna);
 349     proteinView = new AlignViewport(protein);
 350     protein.setCodonFrames(acfList);
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Test mapping a column selection in dna to its protein equivalent
 355    *
 356    * @throws IOException
 357    */
 358   @Test
 359   public void testMapColumnSelection_dnaToProtein() throws IOException
 360   {
 361     setupMappedAlignments();
 362
 363     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 364
 365     /*
 366      * Column 0 in dna picks up first bases which map to residue 1, columns 0-1
 367      * in protein.
 368      */
 369     colsel.addElement(0);
 370     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, dnaView,
 371             proteinView);
 372     assertEquals("[0, 1]", cs.getSelected().toString());
 373
 374     /*
 375      * Columns 3-5 in dna map to the first residues in protein Seq1, Seq2, and
 376      * the first two in Seq3. Overall to columns 0, 1, 3 (col2 is all gaps).
 377      */
 378     colsel.addElement(3);
 379     colsel.addElement(4);
 380     colsel.addElement(5);
 381     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, dnaView, proteinView);
 382     assertEquals("[0, 1, 3]", cs.getSelected().toString());
 383   }
 384
 385   @Test
 386   public void testMapColumnSelection_null() throws IOException
 387   {
 388     setupMappedAlignments();
 389     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(null, dnaView,
 390             proteinView);
 391     assertTrue("mapped selection not empty", cs.getSelected().isEmpty());
 392   }
 393
 394   /**
 395    * Tests for the method that converts a series of [start, end] ranges to
 396    * single positions
 397    */
 398   @Test
 399   public void testFlattenRanges()
 400   {
 401     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 402             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 403             { 1, 4 })));
 404     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 405             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 406             { 1, 2, 3, 4 })));
 407     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 408             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 409             { 1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 4 })));
 410     assertEquals("[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 411             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 412             { 1, 4, 7, 9, 12, 12 })));
 413     // unpaired start position is ignored:
 414     assertEquals("[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 415             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 416             { 1, 4, 7, 9, 12, 12, 15 })));
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Test mapping a sequence group made of entire columns.
 421    *
 422    * @throws IOException
 423    */
 424   @Test
 425   public void testMapSequenceGroup_columns() throws IOException
 426   {
 427     /*
 428      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 429      * viewport).
 430      */
 431     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 432             ">Seq1\nACGGCA\n>Seq2\nTGACAG\n>Seq3\nTACGTA\n",
 433             "FASTA");
 434     cdna.setDataset(null);
 435     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nKA\n>Seq2\nLQ\n>Seq3\nQV\n",
 436             "FASTA");
 437     protein.setDataset(null);
 438     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 439     MapList map = new MapList(new int[]
 440     { 1, 6 }, new int[]
 441     { 1, 2 }, 3, 1);
 442     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 443     {
 444       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 445               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 446     }
 447     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 448
 449     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 450     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 451     protein.setCodonFrames(acfList);
 452
 453     /*
 454      * Select all sequences, column 2 in the protein
 455      */
 456     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 457     sg.setColourText(true);
 458     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 459     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 460     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 461     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 462     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 463     sg.setStartRes(1);
 464     sg.setEndRes(1);
 465
 466     /*
 467      * Verify the mapped sequence group in dna
 468      */
 469     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 470     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 471     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 472     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 473     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 474     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 475     assertSame(cdna.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 476     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 477     assertEquals(3, mappedGroup.getStartRes());
 478     assertEquals(5, mappedGroup.getEndRes());
 479
 480     /*
 481      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 482      */
 483     sg.clear();
 484     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 485     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 486     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 487     // select columns 2 and 3 in DNA which span protein columns 0 and 1
 488     sg.setStartRes(2);
 489     sg.setEndRes(3);
 490     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 491     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 492     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 493     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 494     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 495     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 496     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 497     assertSame(protein.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 498     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 499     assertEquals(1, mappedGroup.getEndRes());
 500   }
 501
 502   /**
 503    * Test mapping a sequence group made of a sequences/columns region.
 504    *
 505    * @throws IOException
 506    */
 507   @Test
 508   public void testMapSequenceGroup_region() throws IOException
 509   {
 510     /*
 511      * Set up gapped dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 512      * viewport).
 513      */
 514     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 515             ">Seq1\nA-CG-GC--AT-CA\n>Seq2\n-TG-AC-AG-T-AT\n>Seq3\n-T--ACG-TAAT-G\n",
 516             "FASTA");
 517     cdna.setDataset(null);
 518     AlignmentI protein = loadAlignment(
 519             ">Seq1\n-KA-S\n>Seq2\n--L-QY\n>Seq3\nQ-V-M\n", "FASTA");
 520     protein.setDataset(null);
 521     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 522     MapList map = new MapList(new int[]
 523     { 1, 9 }, new int[]
 524     { 1, 3 }, 3, 1);
 525     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 526     {
 527       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 528               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 529     }
 530     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 531
 532     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 533     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 534     protein.setCodonFrames(acfList);
 535
 536     /*
 537      * Select Seq1 and Seq2 in the protein, column 1 (K/-). Expect mapped
 538      * sequence group to cover Seq1, columns 0-3 (ACG). Because the selection
 539      * only includes a gap in Seq2 there is no mappable selection region in the
 540      * corresponding DNA.
 541      */
 542     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 543     sg.setColourText(true);
 544     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 545     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 546     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 547     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 548     sg.setStartRes(1);
 549     sg.setEndRes(1);
 550
 551     /*
 552      * Verify the mapped sequence group in dna
 553      */
 554     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 555     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 556     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 557     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 558     assertEquals(1, mappedGroup.getSequences().size());
 559     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 560     // Seq2 in protein has a gap in column 1 - ignored
 561     // Seq1 has K which should map to columns 0-3 in Seq1
 562     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 563     assertEquals(3, mappedGroup.getEndRes());
 564
 565     /*
 566      * Now select cols 2-4 in protein. These cover Seq1:AS Seq2:LQ Seq3:VM which
 567      * extend over DNA columns 3-12, 1-7, 6-13 respectively, or 1-13 overall.
 568      */
 569     sg.setStartRes(2);
 570     sg.setEndRes(4);
 571     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 572     assertEquals(1, mappedGroup.getStartRes());
 573     assertEquals(13, mappedGroup.getEndRes());
 574
 575     /*
 576      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 577      */
 578     sg.clear();
 579     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 580
 581     // select columns 4,5 - includes Seq1:codon2 (A) only
 582     sg.setStartRes(4);
 583     sg.setEndRes(5);
 584     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 585     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 586     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 587
 588     // add Seq2 to dna selection cols 4-5 include codons 1 and 2 (LQ)
 589     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 590     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 591     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 592     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 593
 594     // add Seq3 to dna selection cols 4-5 include codon 1 (Q)
 595     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 596     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 597     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 598     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 599   }
 600
 601   @Test
 602   public void testFindMappingsForSequence()
 603   {
 604     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
 605     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
 606     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
 607     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "ABC");
 608     seq1.createDatasetSequence();
 609     seq2.createDatasetSequence();
 610     seq3.createDatasetSequence();
 611     seq4.createDatasetSequence();
 612
 613     /*
 614      * Create mappings from seq1 to seq2, seq2 to seq1, seq3 to seq1
 615      */
 616     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 617     MapList map = new MapList(new int[]
 618     { 1, 3 }, new int[]
 619     { 1, 3 },1, 1);
 620     acf1.addMap(seq1.getDatasetSequence(), seq2.getDatasetSequence(), map);
 621     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 622     acf2.addMap(seq2.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 623     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 624     acf3.addMap(seq3.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 625
 626     Set<AlignedCodonFrame> mappings = new HashSet<AlignedCodonFrame>();
 627     mappings.add(acf1);
 628     mappings.add(acf2);
 629     mappings.add(acf3);
 630
 631     /*
 632      * Seq1 has three mappings
 633      */
 634     List<AlignedCodonFrame> result = MappingUtils.findMappingsForSequence(
 635             seq1, mappings);
 636     assertEquals(3, result.size());
 637     assertTrue(result.contains(acf1));
 638     assertTrue(result.contains(acf2));
 639     assertTrue(result.contains(acf3));
 640
 641     /*
 642      * Seq2 has two mappings
 643      */
 644     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq2, mappings);
 645     assertEquals(2, result.size());
 646     assertTrue(result.contains(acf1));
 647     assertTrue(result.contains(acf2));
 648
 649     /*
 650      * Seq3 has one mapping
 651      */
 652     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq3, mappings);
 653     assertEquals(1, result.size());
 654     assertTrue(result.contains(acf3));
 655
 656     /*
 657      * Seq4 has no mappings
 658      */
 659     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq4, mappings);
 660     assertEquals(0, result.size());
 661
 662     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(null, mappings);
 663     assertEquals(0, result.size());
 664
 665     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq1, null);
 666     assertEquals(0, result.size());
 667
 668     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(null, null);
 669     assertEquals(0, result.size());
 670 }
 671 }