test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertSame;
   5 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   6
   7 import java.awt.Color;
   8 import java.io.IOException;
   9 import java.util.Arrays;
  10 import java.util.Collections;
  11 import java.util.Set;
  12
  13 import org.junit.Test;
  14
  15 import jalview.api.AlignViewportI;
  16 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  17 import jalview.datamodel.Alignment;
  18 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  19 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  20 import jalview.datamodel.SearchResults;
  21 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  22 import jalview.datamodel.Sequence;
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.gui.AlignViewport;
  25 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  26 import jalview.io.FormatAdapter;
  27
  28 public class MappingUtilsTest
  29 {
  30   private AlignViewportI dnaView;
  31   private AlignViewportI proteinView;
  32
  33   /**
  34    * Simple test of mapping with no intron involved.
  35    */
  36   @Test
  37   public void testBuildSearchResults()
  38   {
  39     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TA-GC");
  40     seq1.createDatasetSequence();
  41
  42     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  43     aseq1.createDatasetSequence();
  44
  45     /*
  46      * Map dna bases 1-6 to protein residues 1-2
  47      */
  48     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  49     MapList map = new MapList(new int[]
  50     { 1, 6 }, new int[]
  51     { 1, 2 }, 3, 1);
  52     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
  53     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
  54
  55     /*
  56      * Check protein residue 1 maps to codon 1-3, 2 to codon 4-6
  57      */
  58     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 1, acfList);
  59     assertEquals(1, sr.getResults().size());
  60     Match m = sr.getResults().get(0);
  61     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  62     assertEquals(1, m.getStart());
  63     assertEquals(3, m.getEnd());
  64     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 2, acfList);
  65     assertEquals(1, sr.getResults().size());
  66     m = sr.getResults().get(0);
  67     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  68     assertEquals(4, m.getStart());
  69     assertEquals(6, m.getEnd());
  70
  71     /*
  72      * Check inverse mappings, from codons 1-3, 4-6 to protein 1, 2
  73      */
  74     for (int i = 1; i < 7; i++)
  75     {
  76       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
  77       assertEquals(1, sr.getResults().size());
  78       m = sr.getResults().get(0);
  79       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  80       int residue = i > 3 ? 2 : 1;
  81       assertEquals(residue, m.getStart());
  82       assertEquals(residue, m.getEnd());
  83     }
  84   }
  85
  86   /**
  87    * Simple test of mapping with introns involved.
  88    */
  89   @Test
  90   public void testBuildSearchResults_withIntro()
  91   {
  92     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TAGA-GCAGCTT");
  93     seq1.createDatasetSequence();
  94
  95     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  96     aseq1.createDatasetSequence();
  97
  98     /*
  99      * Map dna bases [2, 4, 5], [7, 9, 11] to protein residues 1 and 2
 100      */
 101     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 102     MapList map = new MapList(new int[]
 103     { 2, 2, 4, 5, 7, 7, 9, 9, 11, 11 }, new int[]
 104     { 1, 2 }, 3, 1);
 105     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 106     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 107
 108     /*
 109      * Check protein residue 1 maps to [2, 4, 5]
 110      */
 111     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 1, acfList);
 112     assertEquals(2, sr.getResults().size());
 113     Match m = sr.getResults().get(0);
 114     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 115     assertEquals(2, m.getStart());
 116     assertEquals(2, m.getEnd());
 117     m = sr.getResults().get(1);
 118     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 119     assertEquals(4, m.getStart());
 120     assertEquals(5, m.getEnd());
 121
 122     /*
 123      * Check protein residue 2 maps to [7, 9, 11]
 124      */
 125     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 2, acfList);
 126     assertEquals(3, sr.getResults().size());
 127     m = sr.getResults().get(0);
 128     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 129     assertEquals(7, m.getStart());
 130     assertEquals(7, m.getEnd());
 131     m = sr.getResults().get(1);
 132     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 133     assertEquals(9, m.getStart());
 134     assertEquals(9, m.getEnd());
 135     m = sr.getResults().get(2);
 136     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 137     assertEquals(11, m.getStart());
 138     assertEquals(11, m.getEnd());
 139
 140     /*
 141      * Check inverse mappings, from codons to protein
 142      */
 143     for (int i = 1; i < 14; i++)
 144     {
 145       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
 146       int residue = (i == 2 || i == 4 || i == 5) ? 1 : (i == 7 || i == 9
 147               || i == 11 ? 2 : 0);
 148       if (residue == 0)
 149       {
 150         assertEquals(0, sr.getResults().size());
 151         continue;
 152       }
 153       assertEquals(1, sr.getResults().size());
 154       m = sr.getResults().get(0);
 155       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 156       assertEquals(residue, m.getStart());
 157       assertEquals(residue, m.getEnd());
 158     }
 159   }
 160
 161   /**
 162    * Test mapping a sequence group made of entire sequences.
 163    *
 164    * @throws IOException
 165    */
 166   @Test
 167   public void testMapSequenceGroup_sequences() throws IOException
 168   {
 169     /*
 170      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 171      * viewport).
 172      */
 173     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1\nACG\n>Seq2\nTGA\n>Seq3\nTAC\n",
 174             "FASTA");
 175     cdna.setDataset(null);
 176     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nK\n>Seq2\nL\n>Seq3\nQ\n",
 177             "FASTA");
 178     protein.setDataset(null);
 179     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 180     MapList map = new MapList(new int[]
 181     { 1, 3 }, new int[]
 182     { 1, 1 }, 3, 1);
 183     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 184     {
 185       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 186               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 187     }
 188     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 189
 190     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 191     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 192     protein.setCodonFrames(acfList);
 193
 194     /*
 195      * Select Seq1 and Seq3 in the protein (startRes=endRes=0)
 196      */
 197     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 198     sg.setColourText(true);
 199     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 200     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 201     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 202     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 203
 204     /*
 205      * Verify the mapped sequence group in dna
 206      */
 207     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 208     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 209     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 210     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 211     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 212     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 213     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(1));
 214     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 215     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 216
 217     /*
 218      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 219      */
 220     sg.clear();
 221     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 222     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 223     sg.setStartRes(0);
 224     sg.setEndRes(2);
 225     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 226     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 227     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 228     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 229     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 230     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(0));
 231     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(1));
 232     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 233     assertEquals(0, mappedGroup.getEndRes());
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
 238    *
 239    * @param data
 240    * @param format
 241    *          TODO
 242    * @return
 243    * @throws IOException
 244    */
 245   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format)
 246           throws IOException
 247   {
 248     Alignment a = new FormatAdapter().readFile(data,
 249             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 250     a.setDataset(null);
 251     return a;
 252   }
 253
 254   /**
 255    * Test mapping a column selection in protein to its dna equivalent
 256    *
 257    * @throws IOException
 258    */
 259   @Test
 260   public void testMapColumnSelection_proteinToDna() throws IOException
 261   {
 262     setupMappedAlignments();
 263
 264     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 265
 266     /*
 267      * Column 0 in protein picks up Seq2/L, Seq3/G which map to cols 0-4 and 0-3
 268      * in dna respectively, overall 0-4
 269      */
 270     colsel.addElement(0);
 271     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel,
 272             proteinView, dnaView);
 273     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 4]", cs.getSelected().toString());
 274
 275     /*
 276      * Column 1 in protein picks up Seq1/K which maps to cols 0-3 in dna
 277      */
 278     colsel.clear();
 279     colsel.addElement(1);
 280     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 281     assertEquals("[0, 1, 2, 3]", cs.getSelected().toString());
 282
 283     /*
 284      * Column 2 in protein picks up gaps only - no mapping
 285      */
 286     colsel.clear();
 287     colsel.addElement(2);
 288     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 289     assertEquals("[]", cs.getSelected().toString());
 290
 291     /*
 292      * Column 3 in protein picks up Seq1/P, Seq2/Q, Seq3/S which map to columns
 293      * 6-9, 6-10, 5-8 respectively, overall to 5-10
 294      */
 295     colsel.clear();
 296     colsel.addElement(3);
 297     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 298     assertEquals("[5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected().toString());
 299
 300     /*
 301      * Combine selection of columns 1 and 3 to get a discontiguous mapped
 302      * selection
 303      */
 304     colsel.clear();
 305     colsel.addElement(1);
 306     colsel.addElement(3);
 307     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 308     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected()
 309             .toString());
 310   }
 311
 312   /**
 313    * @throws IOException
 314    */
 315   protected void setupMappedAlignments() throws IOException
 316   {
 317     /*
 318      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 319      * viewport). Lower case for introns.
 320      */
 321     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1\nAC-GctGtC-T\n"
 322             + ">Seq2\nTc-GA-G-T-Tc\n" + ">Seq3\nTtTT-AaCGg-\n",
 323             "FASTA");
 324     cdna.setDataset(null);
 325     AlignmentI protein = loadAlignment(
 326             ">Seq1\n-K-P\n>Seq2\nL--Q\n>Seq3\nG--S\n",
 327             "FASTA");
 328     protein.setDataset(null);
 329     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 330     MapList map = new MapList(new int[]
 331     { 1, 3, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
 332     { 1, 2 }, 3, 1);
 333     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), protein
 334             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), map);
 335     map = new MapList(new int[]
 336     { 1, 1, 3, 4, 5, 7 }, new int[]
 337     { 1, 2 }, 3, 1);
 338     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), protein
 339             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), map);
 340     map = new MapList(new int[]
 341     { 1, 1, 3, 4, 5, 5, 7, 8 }, new int[]
 342     { 1, 2 }, 3, 1);
 343     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), protein
 344             .getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), map);
 345     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 346
 347     dnaView = new AlignViewport(cdna);
 348     proteinView = new AlignViewport(protein);
 349     protein.setCodonFrames(acfList);
 350   }
 351
 352   /**
 353    * Test mapping a column selection in dna to its protein equivalent
 354    *
 355    * @throws IOException
 356    */
 357   @Test
 358   public void testMapColumnSelection_dnaToProtein() throws IOException
 359   {
 360     setupMappedAlignments();
 361
 362     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 363
 364     /*
 365      * Column 0 in dna picks up first bases which map to residue 1, columns 0-1
 366      * in protein.
 367      */
 368     colsel.addElement(0);
 369     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, dnaView,
 370             proteinView);
 371     assertEquals("[0, 1]", cs.getSelected().toString());
 372
 373     /*
 374      * Columns 3-5 in dna map to the first residues in protein Seq1, Seq2, and
 375      * the first two in Seq3. Overall to columns 0, 1, 3 (col2 is all gaps).
 376      */
 377     colsel.addElement(3);
 378     colsel.addElement(4);
 379     colsel.addElement(5);
 380     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, dnaView, proteinView);
 381     assertEquals("[0, 1, 3]", cs.getSelected().toString());
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Tests for the method that converts a series of [start, end] ranges to
 386    * single positions
 387    */
 388   @Test
 389   public void testFlattenRanges()
 390   {
 391     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 392             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 393             { 1, 4 })));
 394     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 395             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 396             { 1, 2, 3, 4 })));
 397     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 398             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 399             { 1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 4 })));
 400     assertEquals("[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 401             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 402             { 1, 4, 7, 9, 12, 12 })));
 403     // unpaired start position is ignored:
 404     assertEquals("[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 405             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 406             { 1, 4, 7, 9, 12, 12, 15 })));
 407   }
 408
 409   /**
 410    * Test mapping a sequence group made of entire columns.
 411    *
 412    * @throws IOException
 413    */
 414   @Test
 415   public void testMapSequenceGroup_columns() throws IOException
 416   {
 417     /*
 418      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 419      * viewport).
 420      */
 421     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 422             ">Seq1\nACGGCA\n>Seq2\nTGACAG\n>Seq3\nTACGTA\n",
 423             "FASTA");
 424     cdna.setDataset(null);
 425     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nKA\n>Seq2\nLQ\n>Seq3\nQV\n",
 426             "FASTA");
 427     protein.setDataset(null);
 428     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 429     MapList map = new MapList(new int[]
 430     { 1, 6 }, new int[]
 431     { 1, 2 }, 3, 1);
 432     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 433     {
 434       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 435               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 436     }
 437     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 438
 439     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 440     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 441     protein.setCodonFrames(acfList);
 442
 443     /*
 444      * Select all sequences, column 2 in the protein
 445      */
 446     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 447     sg.setColourText(true);
 448     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 449     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 450     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 451     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 452     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 453     sg.setStartRes(1);
 454     sg.setEndRes(1);
 455
 456     /*
 457      * Verify the mapped sequence group in dna
 458      */
 459     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 460     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 461     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 462     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 463     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 464     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 465     assertSame(cdna.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 466     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 467     assertEquals(3, mappedGroup.getStartRes());
 468     assertEquals(5, mappedGroup.getEndRes());
 469
 470     /*
 471      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 472      */
 473     sg.clear();
 474     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 475     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 476     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 477     // select columns 2 and 3 in DNA which span protein columns 0 and 1
 478     sg.setStartRes(2);
 479     sg.setEndRes(3);
 480     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 481     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 482     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 483     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 484     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 485     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 486     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 487     assertSame(protein.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 488     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 489     assertEquals(1, mappedGroup.getEndRes());
 490   }
 491
 492   /**
 493    * Test mapping a sequence group made of a sequences/columns region.
 494    *
 495    * @throws IOException
 496    */
 497   @Test
 498   public void testMapSequenceGroup_region() throws IOException
 499   {
 500     /*
 501      * Set up gapped dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 502      * viewport).
 503      */
 504     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 505             ">Seq1\nA-CG-GC--AT-CA\n>Seq2\n-TG-AC-AG-T-AT\n>Seq3\n-T--ACG-TAAT-G\n",
 506             "FASTA");
 507     cdna.setDataset(null);
 508     AlignmentI protein = loadAlignment(
 509             ">Seq1\n-KA-S\n>Seq2\n--L-QY\n>Seq3\nQ-V-M\n", "FASTA");
 510     protein.setDataset(null);
 511     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 512     MapList map = new MapList(new int[]
 513     { 1, 9 }, new int[]
 514     { 1, 3 }, 3, 1);
 515     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 516     {
 517       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 518               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 519     }
 520     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 521
 522     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 523     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 524     protein.setCodonFrames(acfList);
 525
 526     /*
 527      * Select Seq1 and Seq2 in the protein, column 1 (K/-). Expect mapped
 528      * sequence group to cover Seq1, columns 0-3 (ACG). Because the selection
 529      * only includes a gap in Seq2 there is no mappable selection region in the
 530      * corresponding DNA.
 531      */
 532     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 533     sg.setColourText(true);
 534     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 535     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 536     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 537     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 538     sg.setStartRes(1);
 539     sg.setEndRes(1);
 540
 541     /*
 542      * Verify the mapped sequence group in dna
 543      */
 544     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 545     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 546     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 547     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 548     assertEquals(1, mappedGroup.getSequences().size());
 549     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 550     // Seq2 in protein has a gap in column 1 - ignored
 551     // Seq1 has K which should map to columns 0-3 in Seq1
 552     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 553     assertEquals(3, mappedGroup.getEndRes());
 554
 555     /*
 556      * Now select cols 2-4 in protein. These cover Seq1:AS Seq2:LQ Seq3:VM which
 557      * extend over DNA columns 3-12, 1-7, 6-13 respectively, or 1-13 overall.
 558      */
 559     sg.setStartRes(2);
 560     sg.setEndRes(4);
 561     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 562     assertEquals(1, mappedGroup.getStartRes());
 563     assertEquals(13, mappedGroup.getEndRes());
 564
 565     /*
 566      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 567      */
 568     sg.clear();
 569     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 570
 571     // select columns 4,5 - includes Seq1:codon2 (A) only
 572     sg.setStartRes(4);
 573     sg.setEndRes(5);
 574     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 575     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 576     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 577
 578     // add Seq2 to dna selection cols 4-5 include codons 1 and 2 (LQ)
 579     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 580     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 581     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 582     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 583
 584     // add Seq3 to dna selection cols 4-5 include codon 1 (Q)
 585     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 586     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 587     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 588     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 589   }
 590 }