test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  27
  28 import jalview.api.AlignViewportI;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  32 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  36 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  37 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  38 import jalview.datamodel.Sequence;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.gui.AlignViewport;
  42 import jalview.gui.JvOptionPane;
  43 import jalview.io.DataSourceType;
  44 import jalview.io.FileFormat;
  45 import jalview.io.FileFormatI;
  46 import jalview.io.FormatAdapter;
  47
  48 import java.awt.Color;
  49 import java.io.IOException;
  50 import java.util.ArrayList;
  51 import java.util.Arrays;
  52 import java.util.List;
  53
  54 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  55 import org.testng.annotations.Test;
  56
  57 public class MappingUtilsTest
  58 {
  59
  60   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  61   public void setUpJvOptionPane()
  62   {
  63     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  64     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  65   }
  66
  67   private AlignViewportI dnaView;
  68
  69   private AlignViewportI proteinView;
  70
  71   /**
  72    * Simple test of mapping with no intron involved.
  73    */
  74   @Test(groups = { "Functional" })
  75   public void testBuildSearchResults()
  76   {
  77     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1/5-10", "C-G-TA-GC");
  78     seq1.createDatasetSequence();
  79
  80     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1/12-13", "-P-R");
  81     aseq1.createDatasetSequence();
  82
  83     /*
  84      * Map dna bases 5-10 to protein residues 12-13
  85      */
  86     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  87     MapList map = new MapList(new int[] { 5, 10 }, new int[] { 12, 13 }, 3,
  88             1);
  89     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
  90     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays.asList(new AlignedCodonFrame[]
  91     { acf });
  92
  93     /*
  94      * Check protein residue 12 maps to codon 5-7, 13 to codon 8-10
  95      */
  96     SearchResultsI sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 12, acfList);
  97     assertEquals(1, sr.getResults().size());
  98     SearchResultMatchI m = sr.getResults().get(0);
  99     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 100     assertEquals(5, m.getStart());
 101     assertEquals(7, m.getEnd());
 102     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 13, acfList);
 103     assertEquals(1, sr.getResults().size());
 104     m = sr.getResults().get(0);
 105     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 106     assertEquals(8, m.getStart());
 107     assertEquals(10, m.getEnd());
 108
 109     /*
 110      * Check inverse mappings, from codons 5-7, 8-10 to protein 12, 13
 111      */
 112     for (int i = 5; i < 11; i++)
 113     {
 114       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
 115       assertEquals(1, sr.getResults().size());
 116       m = sr.getResults().get(0);
 117       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 118       int residue = i > 7 ? 13 : 12;
 119       assertEquals(residue, m.getStart());
 120       assertEquals(residue, m.getEnd());
 121     }
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Simple test of mapping with introns involved.
 126    */
 127   @Test(groups = { "Functional" })
 128   public void testBuildSearchResults_withIntron()
 129   {
 130     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1/5-17", "c-G-tAGa-GcAgCtt");
 131     seq1.createDatasetSequence();
 132
 133     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1/8-9", "-E-D");
 134     aseq1.createDatasetSequence();
 135
 136     /*
 137      * Map dna bases [6, 8, 9], [11, 13, 115] to protein residues 8 and 9
 138      */
 139     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 140     MapList map = new MapList(new int[] { 6, 6, 8, 9, 11, 11, 13, 13, 15,
 141         15 }, new int[] { 8, 9 }, 3, 1);
 142     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 143     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays.asList(new AlignedCodonFrame[]
 144     { acf });
 145
 146     /*
 147      * Check protein residue 8 maps to [6, 8, 9]
 148      */
 149     SearchResultsI sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 8, acfList);
 150     assertEquals(2, sr.getResults().size());
 151     SearchResultMatchI m = sr.getResults().get(0);
 152     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 153     assertEquals(6, m.getStart());
 154     assertEquals(6, m.getEnd());
 155     m = sr.getResults().get(1);
 156     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 157     assertEquals(8, m.getStart());
 158     assertEquals(9, m.getEnd());
 159
 160     /*
 161      * Check protein residue 9 maps to [11, 13, 15]
 162      */
 163     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 9, acfList);
 164     assertEquals(3, sr.getResults().size());
 165     m = sr.getResults().get(0);
 166     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 167     assertEquals(11, m.getStart());
 168     assertEquals(11, m.getEnd());
 169     m = sr.getResults().get(1);
 170     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 171     assertEquals(13, m.getStart());
 172     assertEquals(13, m.getEnd());
 173     m = sr.getResults().get(2);
 174     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 175     assertEquals(15, m.getStart());
 176     assertEquals(15, m.getEnd());
 177
 178     /*
 179      * Check inverse mappings, from codons to protein
 180      */
 181     for (int i = 5; i < 18; i++)
 182     {
 183       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
 184       int residue = (i == 6 || i == 8 || i == 9) ? 8 : (i == 11 || i == 13
 185               || i == 15 ? 9 : 0);
 186       if (residue == 0)
 187       {
 188         assertEquals(0, sr.getResults().size());
 189         continue;
 190       }
 191       assertEquals(1, sr.getResults().size());
 192       m = sr.getResults().get(0);
 193       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 194       assertEquals(residue, m.getStart());
 195       assertEquals(residue, m.getEnd());
 196     }
 197   }
 198
 199   /**
 200    * Test mapping a sequence group made of entire sequences.
 201    *
 202    * @throws IOException
 203    */
 204   @Test(groups = { "Functional" })
 205   public void testMapSequenceGroup_sequences() throws IOException
 206   {
 207     /*
 208      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 209      * viewport).
 210      */
 211     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1\nACG\n>Seq2\nTGA\n>Seq3\nTAC\n",
 212             FileFormat.Fasta);
 213     cdna.setDataset(null);
 214     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nK\n>Seq2\nL\n>Seq3\nQ\n",
 215             FileFormat.Fasta);
 216     protein.setDataset(null);
 217     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 218     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 3, 1);
 219     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 220     {
 221       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 222               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 223     }
 224     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays.asList(new AlignedCodonFrame[]
 225     { acf });
 226
 227     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 228     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 229     protein.setCodonFrames(acfList);
 230
 231     /*
 232      * Select Seq1 and Seq3 in the protein (startRes=endRes=0)
 233      */
 234     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 235     sg.setColourText(true);
 236     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 237     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 238     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 239     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 240
 241     /*
 242      * Verify the mapped sequence group in dna
 243      */
 244     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,
 245             proteinView, dnaView);
 246     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 247     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 248     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 249     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 250     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 251     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(1));
 252     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 253     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 254
 255     /*
 256      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 257      */
 258     sg.clear();
 259     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 260     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 261     sg.setStartRes(0);
 262     sg.setEndRes(2);
 263     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 264     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 265     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 266     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 267     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 268     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(0));
 269     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(1));
 270     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 271     assertEquals(0, mappedGroup.getEndRes());
 272   }
 273
 274   /**
 275    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
 276    *
 277    * @param data
 278    * @param format
 279    *          TODO
 280    * @return
 281    * @throws IOException
 282    */
 283   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, FileFormatI format)
 284           throws IOException
 285   {
 286     AlignmentI a = new FormatAdapter().readFile(data,
 287             DataSourceType.PASTE, format);
 288     a.setDataset(null);
 289     return a;
 290   }
 291
 292   /**
 293    * Test mapping a column selection in protein to its dna equivalent
 294    *
 295    * @throws IOException
 296    */
 297   @Test(groups = { "Functional" })
 298   public void testMapColumnSelection_proteinToDna() throws IOException
 299   {
 300     setupMappedAlignments();
 301
 302     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 303
 304     /*
 305      * Column 0 in protein picks up Seq2/L, Seq3/G which map to cols 0-4 and 0-3
 306      * in dna respectively, overall 0-4
 307      */
 308     colsel.addElement(0);
 309     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel,
 310             proteinView, dnaView);
 311     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 4]", cs.getSelected().toString());
 312
 313     /*
 314      * Column 1 in protein picks up Seq1/K which maps to cols 0-3 in dna
 315      */
 316     colsel.clear();
 317     colsel.addElement(1);
 318     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 319     assertEquals("[0, 1, 2, 3]", cs.getSelected().toString());
 320
 321     /*
 322      * Column 2 in protein picks up gaps only - no mapping
 323      */
 324     colsel.clear();
 325     colsel.addElement(2);
 326     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 327     assertEquals("[]", cs.getSelected().toString());
 328
 329     /*
 330      * Column 3 in protein picks up Seq1/P, Seq2/Q, Seq3/S which map to columns
 331      * 6-9, 6-10, 5-8 respectively, overall to 5-10
 332      */
 333     colsel.clear();
 334     colsel.addElement(3);
 335     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 336     assertEquals("[5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected().toString());
 337
 338     /*
 339      * Combine selection of columns 1 and 3 to get a discontiguous mapped
 340      * selection
 341      */
 342     colsel.clear();
 343     colsel.addElement(1);
 344     colsel.addElement(3);
 345     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 346     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected()
 347             .toString());
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Set up mappings for tests from 3 dna to 3 protein sequences. Sequences have
 352    * offset start positions for a more general test case.
 353    *
 354    * @throws IOException
 355    */
 356   protected void setupMappedAlignments() throws IOException
 357   {
 358     /*
 359      * Map (upper-case = coding):
 360      * Seq1/10-18 AC-GctGtC-T to Seq1/40 -K-P
 361      * Seq2/20-27 Tc-GA-G-T-T to Seq2/20-27 L--Q
 362      * Seq3/30-38 TtTT-AaCGg- to Seq3/60-61\nG--S
 363      */
 364     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1/10-18\nAC-GctGtC-T\n"
 365             + ">Seq2/20-27\nTc-GA-G-T-Tc\n" + ">Seq3/30-38\nTtTT-AaCGg-\n",
 366             FileFormat.Fasta);
 367     cdna.setDataset(null);
 368     AlignmentI protein = loadAlignment(
 369             ">Seq1/40-41\n-K-P\n>Seq2/50-51\nL--Q\n>Seq3/60-61\nG--S\n",
 370             FileFormat.Fasta);
 371     protein.setDataset(null);
 372
 373     // map first dna to first protein seq
 374     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 375     MapList map = new MapList(new int[] { 10, 12, 15, 15, 17, 18 },
 376             new int[] { 40, 41 }, 3, 1);
 377     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), protein
 378             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), map);
 379
 380     // map second dna to second protein seq
 381     map = new MapList(new int[] { 20, 20, 22, 23, 24, 26 }, new int[] { 50,
 382         51 }, 3, 1);
 383     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), protein
 384             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), map);
 385
 386     // map third dna to third protein seq
 387     map = new MapList(new int[] { 30, 30, 32, 34, 36, 37 }, new int[] { 60,
 388         61 }, 3, 1);
 389     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), protein
 390             .getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), map);
 391     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays.asList(new AlignedCodonFrame[]
 392     { acf });
 393
 394     dnaView = new AlignViewport(cdna);
 395     proteinView = new AlignViewport(protein);
 396     protein.setCodonFrames(acfList);
 397   }
 398
 399   /**
 400    * Test mapping a column selection in dna to its protein equivalent
 401    *
 402    * @throws IOException
 403    */
 404   @Test(groups = { "Functional" })
 405   public void testMapColumnSelection_dnaToProtein() throws IOException
 406   {
 407     setupMappedAlignments();
 408
 409     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 410
 411     /*
 412      * Column 0 in dna picks up first bases which map to residue 1, columns 0-1
 413      * in protein.
 414      */
 415     colsel.addElement(0);
 416     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, dnaView,
 417             proteinView);
 418     assertEquals("[0, 1]", cs.getSelected().toString());
 419
 420     /*
 421      * Columns 3-5 in dna map to the first residues in protein Seq1, Seq2, and
 422      * the first two in Seq3. Overall to columns 0, 1, 3 (col2 is all gaps).
 423      */
 424     colsel.addElement(3);
 425     colsel.addElement(4);
 426     colsel.addElement(5);
 427     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, dnaView, proteinView);
 428     assertEquals("[0, 1, 3]", cs.getSelected().toString());
 429   }
 430
 431   @Test(groups = { "Functional" })
 432   public void testMapColumnSelection_null() throws IOException
 433   {
 434     setupMappedAlignments();
 435     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(null, dnaView,
 436             proteinView);
 437     assertTrue("mapped selection not empty", cs.getSelected().isEmpty());
 438   }
 439
 440   /**
 441    * Tests for the method that converts a series of [start, end] ranges to
 442    * single positions
 443    */
 444   @Test(groups = { "Functional" })
 445   public void testFlattenRanges()
 446   {
 447     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 448             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 1, 4 })));
 449     assertEquals(
 450             "[1, 2, 3, 4]",
 451             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 1, 2, 3,
 452                 4 })));
 453     assertEquals(
 454             "[1, 2, 3, 4]",
 455             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 1, 1, 2,
 456                 2, 3, 3, 4, 4 })));
 457     assertEquals(
 458             "[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 459             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 1, 4, 7,
 460                 9, 12, 12 })));
 461     // trailing unpaired start position is ignored:
 462     assertEquals(
 463             "[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 464             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 1, 4, 7,
 465                 9, 12, 12, 15 })));
 466   }
 467
 468   /**
 469    * Test mapping a sequence group made of entire columns.
 470    *
 471    * @throws IOException
 472    */
 473   @Test(groups = { "Functional" })
 474   public void testMapSequenceGroup_columns() throws IOException
 475   {
 476     /*
 477      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 478      * viewport).
 479      */
 480     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 481             ">Seq1\nACGGCA\n>Seq2\nTGACAG\n>Seq3\nTACGTA\n",
 482             FileFormat.Fasta);
 483     cdna.setDataset(null);
 484     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nKA\n>Seq2\nLQ\n>Seq3\nQV\n",
 485             FileFormat.Fasta);
 486     protein.setDataset(null);
 487     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 488     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 6 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
 489     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 490     {
 491       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 492               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 493     }
 494     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays.asList(new AlignedCodonFrame[]
 495     { acf });
 496
 497     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 498     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 499     protein.setCodonFrames(acfList);
 500
 501     /*
 502      * Select all sequences, column 2 in the protein
 503      */
 504     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 505     sg.setColourText(true);
 506     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 507     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 508     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 509     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 510     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 511     sg.setStartRes(1);
 512     sg.setEndRes(1);
 513
 514     /*
 515      * Verify the mapped sequence group in dna
 516      */
 517     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,
 518             proteinView, dnaView);
 519     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 520     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 521     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 522     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 523     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 524     assertSame(cdna.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 525     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 526     assertEquals(3, mappedGroup.getStartRes());
 527     assertEquals(5, mappedGroup.getEndRes());
 528
 529     /*
 530      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 531      */
 532     sg.clear();
 533     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 534     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 535     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 536     // select columns 2 and 3 in DNA which span protein columns 0 and 1
 537     sg.setStartRes(2);
 538     sg.setEndRes(3);
 539     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 540     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 541     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 542     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 543     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 544     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 545     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 546     assertSame(protein.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 547     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 548     assertEquals(1, mappedGroup.getEndRes());
 549   }
 550
 551   /**
 552    * Test mapping a sequence group made of a sequences/columns region.
 553    *
 554    * @throws IOException
 555    */
 556   @Test(groups = { "Functional" })
 557   public void testMapSequenceGroup_region() throws IOException
 558   {
 559     /*
 560      * Set up gapped dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 561      * viewport).
 562      */
 563     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 564             ">Seq1\nA-CG-GC--AT-CA\n>Seq2\n-TG-AC-AG-T-AT\n>Seq3\n-T--ACG-TAAT-G\n",
 565             FileFormat.Fasta);
 566     cdna.setDataset(null);
 567     AlignmentI protein = loadAlignment(
 568             ">Seq1\n-KA-S\n>Seq2\n--L-QY\n>Seq3\nQ-V-M\n", FileFormat.Fasta);
 569     protein.setDataset(null);
 570     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 571     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 9 }, new int[] { 1, 3 }, 3, 1);
 572     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 573     {
 574       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 575               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 576     }
 577     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays.asList(new AlignedCodonFrame[]
 578     { acf });
 579
 580     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 581     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 582     protein.setCodonFrames(acfList);
 583
 584     /*
 585      * Select Seq1 and Seq2 in the protein, column 1 (K/-). Expect mapped
 586      * sequence group to cover Seq1, columns 0-3 (ACG). Because the selection
 587      * only includes a gap in Seq2 there is no mappable selection region in the
 588      * corresponding DNA.
 589      */
 590     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 591     sg.setColourText(true);
 592     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 593     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 594     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 595     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 596     sg.setStartRes(1);
 597     sg.setEndRes(1);
 598
 599     /*
 600      * Verify the mapped sequence group in dna
 601      */
 602     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,
 603             proteinView, dnaView);
 604     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 605     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 606     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 607     assertEquals(1, mappedGroup.getSequences().size());
 608     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 609     // Seq2 in protein has a gap in column 1 - ignored
 610     // Seq1 has K which should map to columns 0-3 in Seq1
 611     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 612     assertEquals(3, mappedGroup.getEndRes());
 613
 614     /*
 615      * Now select cols 2-4 in protein. These cover Seq1:AS Seq2:LQ Seq3:VM which
 616      * extend over DNA columns 3-12, 1-7, 6-13 respectively, or 1-13 overall.
 617      */
 618     sg.setStartRes(2);
 619     sg.setEndRes(4);
 620     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 621     assertEquals(1, mappedGroup.getStartRes());
 622     assertEquals(13, mappedGroup.getEndRes());
 623
 624     /*
 625      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 626      */
 627     sg.clear();
 628     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 629
 630     // select columns 4,5 - includes Seq1:codon2 (A) only
 631     sg.setStartRes(4);
 632     sg.setEndRes(5);
 633     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 634     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 635     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 636
 637     // add Seq2 to dna selection cols 4-5 include codons 1 and 2 (LQ)
 638     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 639     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 640     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 641     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 642
 643     // add Seq3 to dna selection cols 4-5 include codon 1 (Q)
 644     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 645     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 646     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 647     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 648   }
 649
 650   @Test(groups = { "Functional" })
 651   public void testFindMappingsForSequence()
 652   {
 653     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
 654     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
 655     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
 656     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "ABC");
 657     seq1.createDatasetSequence();
 658     seq2.createDatasetSequence();
 659     seq3.createDatasetSequence();
 660     seq4.createDatasetSequence();
 661
 662     /*
 663      * Create mappings from seq1 to seq2, seq2 to seq1, seq3 to seq1
 664      */
 665     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 666     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 3 }, 1, 1);
 667     acf1.addMap(seq1.getDatasetSequence(), seq2.getDatasetSequence(), map);
 668     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 669     acf2.addMap(seq2.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 670     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 671     acf3.addMap(seq3.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 672
 673     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 674     mappings.add(acf1);
 675     mappings.add(acf2);
 676     mappings.add(acf3);
 677
 678     /*
 679      * Seq1 has three mappings
 680      */
 681     List<AlignedCodonFrame> result = MappingUtils.findMappingsForSequence(
 682             seq1, mappings);
 683     assertEquals(3, result.size());
 684     assertTrue(result.contains(acf1));
 685     assertTrue(result.contains(acf2));
 686     assertTrue(result.contains(acf3));
 687
 688     /*
 689      * Seq2 has two mappings
 690      */
 691     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq2, mappings);
 692     assertEquals(2, result.size());
 693     assertTrue(result.contains(acf1));
 694     assertTrue(result.contains(acf2));
 695
 696     /*
 697      * Seq3 has one mapping
 698      */
 699     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq3, mappings);
 700     assertEquals(1, result.size());
 701     assertTrue(result.contains(acf3));
 702
 703     /*
 704      * Seq4 has no mappings
 705      */
 706     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq4, mappings);
 707     assertEquals(0, result.size());
 708
 709     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(null, mappings);
 710     assertEquals(0, result.size());
 711
 712     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq1, null);
 713     assertEquals(0, result.size());
 714
 715     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(null, null);
 716     assertEquals(0, result.size());
 717   }
 718
 719   /**
 720    * just like the one above, but this time, we provide a set of sequences to
 721    * subselect the mapping search
 722    */
 723   @Test(groups = { "Functional" })
 724   public void testFindMappingsForSequenceAndOthers()
 725   {
 726     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
 727     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
 728     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
 729     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "ABC");
 730     seq1.createDatasetSequence();
 731     seq2.createDatasetSequence();
 732     seq3.createDatasetSequence();
 733     seq4.createDatasetSequence();
 734
 735     /*
 736      * Create mappings from seq1 to seq2, seq2 to seq1, seq3 to seq1, seq3 to seq4
 737      */
 738     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 739     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 3 }, 1, 1);
 740     acf1.addMap(seq1.getDatasetSequence(), seq2.getDatasetSequence(), map);
 741     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 742     acf2.addMap(seq2.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 743     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 744     acf3.addMap(seq3.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 745     AlignedCodonFrame acf4 = new AlignedCodonFrame();
 746     acf4.addMap(seq3.getDatasetSequence(), seq4.getDatasetSequence(), map);
 747
 748     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 749     mappings.add(acf1);
 750     mappings.add(acf2);
 751     mappings.add(acf3);
 752     mappings.add(acf4);
 753
 754     /*
 755      * test for null args
 756      */
 757     List<AlignedCodonFrame> result = MappingUtils
 758             .findMappingsForSequenceAndOthers(null, mappings,
 759                     Arrays.asList(new SequenceI[] { seq1, seq2 }));
 760     assertTrue(result.isEmpty());
 761
 762     result = MappingUtils.findMappingsForSequenceAndOthers(seq1, null,
 763             Arrays.asList(new SequenceI[] { seq1, seq2 }));
 764     assertTrue(result.isEmpty());
 765
 766     /*
 767      * Seq1 has three mappings, but filter argument will only accept
 768      * those to seq2
 769      */
 770     result = MappingUtils.findMappingsForSequenceAndOthers(
 771             seq1,
 772             mappings,
 773             Arrays.asList(new SequenceI[] { seq1, seq2,
 774                 seq1.getDatasetSequence() }));
 775     assertEquals(2, result.size());
 776     assertTrue(result.contains(acf1));
 777     assertTrue(result.contains(acf2));
 778     assertFalse("Did not expect to find mapping acf3 - subselect failed",
 779             result.contains(acf3));
 780     assertFalse(
 781             "Did not expect to find mapping acf4 - doesn't involve sequence",
 782             result.contains(acf4));
 783
 784     /*
 785      * and verify the no filter case
 786      */
 787     result = MappingUtils.findMappingsForSequenceAndOthers(seq1, mappings,
 788             null);
 789     assertEquals(3, result.size());
 790     assertTrue(result.contains(acf1));
 791     assertTrue(result.contains(acf2));
 792     assertTrue(result.contains(acf3));
 793   }
 794
 795   @Test(groups = { "Functional" })
 796   public void testMapEditCommand()
 797   {
 798     SequenceI dna = new Sequence("Seq1", "---ACG---GCATCA", 8, 16);
 799     SequenceI protein = new Sequence("Seq2", "-T-AS", 5, 7);
 800     dna.createDatasetSequence();
 801     protein.createDatasetSequence();
 802     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 803     MapList map = new MapList(new int[] { 8, 16 }, new int[] { 5, 7 }, 3, 1);
 804     acf.addMap(dna.getDatasetSequence(), protein.getDatasetSequence(), map);
 805     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 806     mappings.add(acf);
 807
 808     AlignmentI prot = new Alignment(new SequenceI[] { protein });
 809     prot.setCodonFrames(mappings);
 810     AlignmentI nuc = new Alignment(new SequenceI[] { dna });
 811
 812     /*
 813      * construct and perform the edit command to turn "-T-AS" in to "-T-A--S"
 814      * i.e. insert two gaps at column 4
 815      */
 816     EditCommand ec = new EditCommand();
 817     final Edit edit = ec.new Edit(Action.INSERT_GAP,
 818             new SequenceI[] { protein }, 4, 2, '-');
 819     ec.appendEdit(edit, prot, true, null);
 820
 821     /*
 822      * the mapped edit command should be to insert 6 gaps before base 4 in the
 823      * nucleotide sequence, which corresponds to aligned column 12 in the dna
 824      */
 825     EditCommand mappedEdit = MappingUtils.mapEditCommand(ec, false, nuc,
 826             '-', mappings);
 827     assertEquals(1, mappedEdit.getEdits().size());
 828     Edit e = mappedEdit.getEdits().get(0);
 829     assertEquals(1, e.getSequences().length);
 830     assertEquals(dna, e.getSequences()[0]);
 831     assertEquals(12, e.getPosition());
 832     assertEquals(6, e.getNumber());
 833   }
 834
 835   /**
 836    * Tests for the method that converts a series of [start, end] ranges to
 837    * single positions, where the mapping is to a reverse strand i.e. start is
 838    * greater than end point mapped to
 839    */
 840   @Test(groups = { "Functional" })
 841   public void testFlattenRanges_reverseStrand()
 842   {
 843     assertEquals("[4, 3, 2, 1]",
 844             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 4, 1 })));
 845     assertEquals(
 846             "[4, 3, 2, 1]",
 847             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 4, 3, 2,
 848                 1 })));
 849     assertEquals(
 850             "[4, 3, 2, 1]",
 851             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 4, 4, 3,
 852                 3, 2, 2, 1, 1 })));
 853     assertEquals(
 854             "[12, 9, 8, 7, 4, 3, 2, 1]",
 855             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 12, 12,
 856                 9, 7, 4, 1 })));
 857     // forwards and backwards anyone?
 858     assertEquals(
 859             "[4, 5, 6, 3, 2, 1]",
 860             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 4, 6, 3,
 861                 1 })));
 862     // backwards and forwards
 863     assertEquals(
 864             "[3, 2, 1, 4, 5, 6]",
 865             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 3, 1, 4,
 866                 6 })));
 867     // trailing unpaired start position is ignored:
 868     assertEquals(
 869             "[12, 9, 8, 7, 4, 3, 2]",
 870             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[] { 12, 12,
 871                 9, 7, 4, 2, 1 })));
 872   }
 873
 874   /**
 875    * Test mapping a column selection including hidden columns
 876    *
 877    * @throws IOException
 878    */
 879   @Test(groups = { "Functional" })
 880   public void testMapColumnSelection_hiddenColumns() throws IOException
 881   {
 882     setupMappedAlignments();
 883
 884     ColumnSelection proteinSelection = new ColumnSelection();
 885
 886     /*
 887      * Column 0 in protein picks up Seq2/L, Seq3/G which map to cols 0-4 and 0-3
 888      * in dna respectively, overall 0-4
 889      */
 890     proteinSelection.hideSelectedColumns(0);
 891     ColumnSelection dnaSelection = MappingUtils.mapColumnSelection(
 892             proteinSelection, proteinView, dnaView);
 893     assertEquals("[]", dnaSelection.getSelected().toString());
 894     List<int[]> hidden = dnaSelection.getListOfCols();
 895     assertEquals(1, hidden.size());
 896     assertEquals("[0, 4]", Arrays.toString(hidden.get(0)));
 897
 898     /*
 899      * Column 1 in protein picks up Seq1/K which maps to cols 0-3 in dna
 900      */
 901     proteinSelection.revealAllHiddenColumns();
 902     // the unhidden columns are now marked selected!
 903     assertEquals("[0]", proteinSelection.getSelected().toString());
 904     // deselect these or hideColumns will be expanded to include 0
 905     proteinSelection.clear();
 906     proteinSelection.hideSelectedColumns(1);
 907     dnaSelection = MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection,
 908             proteinView, dnaView);
 909     hidden = dnaSelection.getListOfCols();
 910     assertEquals(1, hidden.size());
 911     assertEquals("[0, 3]", Arrays.toString(hidden.get(0)));
 912
 913     /*
 914      * Column 2 in protein picks up gaps only - no mapping
 915      */
 916     proteinSelection.revealAllHiddenColumns();
 917     proteinSelection.clear();
 918     proteinSelection.hideSelectedColumns(2);
 919     dnaSelection = MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection,
 920             proteinView, dnaView);
 921     assertTrue(dnaSelection.getListOfCols().isEmpty());
 922
 923     /*
 924      * Column 3 in protein picks up Seq1/P, Seq2/Q, Seq3/S which map to columns
 925      * 6-9, 6-10, 5-8 respectively, overall to 5-10
 926      */
 927     proteinSelection.revealAllHiddenColumns();
 928     proteinSelection.clear();
 929     proteinSelection.hideSelectedColumns(3); // 5-10 hidden in dna
 930     proteinSelection.addElement(1); // 0-3 selected in dna
 931     dnaSelection = MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection,
 932             proteinView, dnaView);
 933     assertEquals("[0, 1, 2, 3]", dnaSelection.getSelected().toString());
 934     hidden = dnaSelection.getListOfCols();
 935     assertEquals(1, hidden.size());
 936     assertEquals("[5, 10]", Arrays.toString(hidden.get(0)));
 937
 938     /*
 939      * Combine hiding columns 1 and 3 to get discontiguous hidden columns
 940      */
 941     proteinSelection.revealAllHiddenColumns();
 942     proteinSelection.clear();
 943     proteinSelection.hideSelectedColumns(1);
 944     proteinSelection.hideSelectedColumns(3);
 945     dnaSelection = MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection,
 946             proteinView, dnaView);
 947     hidden = dnaSelection.getListOfCols();
 948     assertEquals(2, hidden.size());
 949     assertEquals("[0, 3]", Arrays.toString(hidden.get(0)));
 950     assertEquals("[5, 10]", Arrays.toString(hidden.get(1)));
 951   }
 952
 953   @Test(groups = { "Functional" })
 954   public void testGetLength()
 955   {
 956     assertEquals(0, MappingUtils.getLength(null));
 957
 958     /*
 959      * [start, end] ranges
 960      */
 961     List<int[]> ranges = new ArrayList<int[]>();
 962     assertEquals(0, MappingUtils.getLength(ranges));
 963     ranges.add(new int[] { 1, 1 });
 964     assertEquals(1, MappingUtils.getLength(ranges));
 965     ranges.add(new int[] { 2, 10 });
 966     assertEquals(10, MappingUtils.getLength(ranges));
 967     ranges.add(new int[] { 20, 10 });
 968     assertEquals(21, MappingUtils.getLength(ranges));
 969
 970     /*
 971      * [start, end, start, end...] ranges
 972      */
 973     ranges.clear();
 974     ranges.add(new int[] { 1, 5, 8, 4 });
 975     ranges.add(new int[] { 8, 2 });
 976     ranges.add(new int[] { 12, 12 });
 977     assertEquals(18, MappingUtils.getLength(ranges));
 978   }
 979
 980   @Test(groups = { "Functional" })
 981   public void testContains()
 982   {
 983     assertFalse(MappingUtils.contains(null, 1));
 984     List<int[]> ranges = new ArrayList<int[]>();
 985     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 1));
 986
 987     ranges.add(new int[] { 1, 4 });
 988     ranges.add(new int[] { 6, 6 });
 989     ranges.add(new int[] { 8, 10 });
 990     ranges.add(new int[] { 30, 20 });
 991     ranges.add(new int[] { -16, -44 });
 992
 993     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 0));
 994     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 1));
 995     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 2));
 996     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 3));
 997     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 4));
 998     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 5));
 999
1000     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 6));
1001     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 7));
1002
1003     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 8));
1004     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 9));
1005     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 10));
1006
1007     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 31));
1008     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 30));
1009     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 29));
1010     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 20));
1011     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 19));
1012
1013     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, -15));
1014     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, -16));
1015     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, -44));
1016     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, -45));
1017   }
1018
1019   /**
1020    * Test the method that drops positions from the start of a mapped range
1021    */
1022   @Test(groups = "Functional")
1023   public void testRemoveStartPositions()
1024   {
1025     int[] ranges = new int[] { 1, 10 };
1026     int[] adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(0, ranges);
1027     assertEquals("[1, 10]", Arrays.toString(adjusted));
1028
1029     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1030     assertEquals("[2, 10]", Arrays.toString(adjusted));
1031     assertEquals("[1, 10]", Arrays.toString(ranges));
1032
1033     ranges = adjusted;
1034     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1035     assertEquals("[3, 10]", Arrays.toString(adjusted));
1036     assertEquals("[2, 10]", Arrays.toString(ranges));
1037
1038     ranges = new int[] { 2, 3, 10, 12 };
1039     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1040     assertEquals("[3, 3, 10, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1041     assertEquals("[2, 3, 10, 12]", Arrays.toString(ranges));
1042
1043     ranges = new int[] { 2, 2, 8, 12 };
1044     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1045     assertEquals("[8, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1046     assertEquals("[2, 2, 8, 12]", Arrays.toString(ranges));
1047
1048     ranges = new int[] { 2, 2, 8, 12 };
1049     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(2, ranges);
1050     assertEquals("[9, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1051     assertEquals("[2, 2, 8, 12]", Arrays.toString(ranges));
1052
1053     ranges = new int[] { 2, 2, 4, 4, 9, 12 };
1054     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1055     assertEquals("[4, 4, 9, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1056     assertEquals("[2, 2, 4, 4, 9, 12]", Arrays.toString(ranges));
1057
1058     ranges = new int[] { 2, 2, 4, 4, 9, 12 };
1059     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(2, ranges);
1060     assertEquals("[9, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1061     assertEquals("[2, 2, 4, 4, 9, 12]", Arrays.toString(ranges));
1062
1063     ranges = new int[] { 2, 3, 9, 12 };
1064     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(3, ranges);
1065     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1066     assertEquals("[2, 3, 9, 12]", Arrays.toString(ranges));
1067   }
1068
1069   /**
1070    * Test the method that drops positions from the start of a mapped range, on
1071    * the reverse strand
1072    */
1073   @Test(groups = "Functional")
1074   public void testRemoveStartPositions_reverseStrand()
1075   {
1076     int[] ranges = new int[] { 10, 1 };
1077     int[] adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(0, ranges);
1078     assertEquals("[10, 1]", Arrays.toString(adjusted));
1079     assertEquals("[10, 1]", Arrays.toString(ranges));
1080
1081     ranges = adjusted;
1082     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1083     assertEquals("[9, 1]", Arrays.toString(adjusted));
1084     assertEquals("[10, 1]", Arrays.toString(ranges));
1085
1086     ranges = adjusted;
1087     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1088     assertEquals("[8, 1]", Arrays.toString(adjusted));
1089     assertEquals("[9, 1]", Arrays.toString(ranges));
1090
1091     ranges = new int[] { 12, 11, 9, 6 };
1092     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1093     assertEquals("[11, 11, 9, 6]", Arrays.toString(adjusted));
1094     assertEquals("[12, 11, 9, 6]", Arrays.toString(ranges));
1095
1096     ranges = new int[] { 12, 12, 8, 4 };
1097     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1098     assertEquals("[8, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1099     assertEquals("[12, 12, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1100
1101     ranges = new int[] { 12, 12, 8, 4 };
1102     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(2, ranges);
1103     assertEquals("[7, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1104     assertEquals("[12, 12, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1105
1106     ranges = new int[] { 12, 12, 10, 10, 8, 4 };
1107     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1108     assertEquals("[10, 10, 8, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1109     assertEquals("[12, 12, 10, 10, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1110
1111     ranges = new int[] { 12, 12, 10, 10, 8, 4 };
1112     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(2, ranges);
1113     assertEquals("[8, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1114     assertEquals("[12, 12, 10, 10, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1115
1116     ranges = new int[] { 12, 11, 8, 4 };
1117     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(3, ranges);
1118     assertEquals("[7, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1119     assertEquals("[12, 11, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1120   }
1121
1122 }