test/jalview/util/ShiftListTest.java

   1 /*
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  16  *
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  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import java.util.Arrays;
  27 import java.util.List;
  28
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class ShiftListTest
  32 {
  33
  34   @Test(groups = { "Functional" })
  35   public void testParseMap()
  36   {
  37     assertNull(ShiftList.parseMap(null));
  38     assertNull(ShiftList.parseMap(new int[] {}));
  39
  40     /*
  41      * Gap map showing residues in aligned positions 2,3,6,8,9,10,12
  42      */
  43     int[] gm = new int[] { 2, 3, 6, 8, 9, 10, 12 };
  44     List<int[]> shifts = ShiftList.parseMap(gm).getShifts();
  45     assertEquals(4, shifts.size());
  46
  47     // TODO are these results (which pass) correct??
  48     assertEquals("[0, 2]", Arrays.toString(shifts.get(0)));
  49     assertEquals("[4, 2]", Arrays.toString(shifts.get(1)));
  50     assertEquals("[7, 1]", Arrays.toString(shifts.get(2)));
  51     assertEquals("[11, 1]", Arrays.toString(shifts.get(3)));
  52   }
  53 }