test/jalview/viewmodel/OverviewDimensionsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.bin.Jalview;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.gui.AlignFrame;
  32 import jalview.gui.AlignViewport;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.io.FileLoader;
  35
  36 import org.testng.annotations.AfterClass;
  37 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  38 import org.testng.annotations.Test;
  39
  40 public class OverviewDimensionsTest {
  41
  42   boolean showConservationSetting;
  43
  44   SequenceI seq1 = new Sequence(
  45           "Seq1",
  46           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  47
  48   SequenceI seq2 = new Sequence(
  49           "Seq2",
  50           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  51
  52   SequenceI seq3 = new Sequence(
  53           "Seq3",
  54           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  55
  56   SequenceI seq4 = new Sequence(
  57           "Seq4",
  58           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  59
  60   SequenceI seq5 = new Sequence(
  61           "Seq5",
  62           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  63
  64   SequenceI seq6 = new Sequence(
  65           "Seq6",
  66           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  67
  68   SequenceI seq7 = new Sequence(
  69           "Seq7",
  70           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  71
  72   SequenceI seq8 = new Sequence(
  73           "Seq8",
  74           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  75
  76   SequenceI seq9 = new Sequence(
  77           "Seq9",
  78           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  79
  80   SequenceI seq10 = new Sequence(
  81           "Seq10",
  82           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  83
  84   SequenceI seq11 = new Sequence(
  85           "Seq11",
  86           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  87
  88   SequenceI seq12 = new Sequence(
  89           "Seq12",
  90           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  91
  92   SequenceI seq13 = new Sequence(
  93           "Seq13",
  94           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  95
  96   SequenceI seq14 = new Sequence(
  97           "Seq14",
  98           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
  99
 100   SequenceI seq15 = new Sequence(
 101           "Seq15",
 102           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 103
 104   SequenceI seq16 = new Sequence(
 105           "Seq16",
 106           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 107
 108   SequenceI seq17 = new Sequence(
 109           "Seq17",
 110           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 111
 112   SequenceI seq18 = new Sequence(
 113           "Seq18",
 114           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 115
 116   SequenceI seq19 = new Sequence(
 117           "Seq19",
 118           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 119
 120   SequenceI seq20 = new Sequence(
 121           "Seq20",
 122           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 123
 124   SequenceI seq21 = new Sequence(
 125           "Seq21",
 126           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 127
 128   SequenceI seq22 = new Sequence(
 129           "Seq22",
 130           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC"
 131                   + "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC"
 132                   + "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC"
 133                   + "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC"
 134                   + "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 135
 136   SequenceI seq23 = new Sequence(
 137           "Seq23",
 138           "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBACABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 139
 140   AlignFrame af;
 141
 142   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 143   public void setUp()
 144   {
 145     Jalview.main(new String[] { "-nonews", "-props",
 146         "test/jalview/testProps.jvprops" });
 147
 148     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 149             Boolean.TRUE.toString());
 150     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 151             "examples/testdata/bigal.fa",
 152             DataSourceType.FILE);
 153
 154     /*
 155      * wait for Consensus thread to complete
 156      */
 157     synchronized (this)
 158     {
 159       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 160       {
 161         try
 162         {
 163           wait(50);
 164         } catch (InterruptedException e)
 165         {
 166         }
 167       }
 168     }
 169     // get cached setting for showConservation
 170     // reset it in AfterClass!
 171     showConservationSetting = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 172   }
 173
 174
 175   @AfterClass(alwaysRun = true)
 176   public void tearDown()
 177   {
 178     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION",
 179             Boolean.toString(showConservationSetting));
 180   }
 181
 182   /**
 183    * Test that the OverviewDimensions constructor sets width and height
 184    * correctly
 185    */
 186   @Test(groups = { "Functional" })
 187   public void testConstructor()
 188   {
 189     SequenceI seqa = new Sequence("Seq1", "ABC");
 190     SequenceI seqb = new Sequence("Seq2", "ABC");
 191     SequenceI seqc = new Sequence("Seq3", "ABC");
 192     SequenceI seqd = new Sequence("Seq4", "ABC");
 193     SequenceI seqe = new Sequence("Seq5",
 194             "ABCABCABCABCABCABCABCABCBACBACBACBAC");
 195
 196     int defaultGraphHeight = 20;
 197     int maxWidth = 400;
 198     int minWidth = 120;
 199     int maxSeqHeight = 300;
 200     int minSeqHeight = 40;
 201
 202     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION",
 203             Boolean.toString(true));
 204
 205     // test for alignment with width > height
 206     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[] { seqa, seqb };
 207     Alignment al1 = new Alignment(seqs1);
 208     al1.setDataset(null);
 209     AlignViewport av1 = new AlignViewport(al1);
 210
 211     OverviewDimensions od = new OverviewDimensions(av1);
 212     int scaledHeight = 266;
 213     assertEquals(od.getGraphHeight(), defaultGraphHeight);
 214     assertEquals(od.getSequencesHeight(), scaledHeight);
 215     assertEquals(od.getWidth(), maxWidth);
 216     assertEquals(od.getHeight(), scaledHeight + defaultGraphHeight);
 217
 218     // test for alignment with width < height
 219     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[] { seqa, seqb, seqc, seqd };
 220     Alignment al2 = new Alignment(seqs2);
 221     al2.setDataset(null);
 222     AlignViewport av2 = new AlignViewport(al2);
 223
 224     od = new OverviewDimensions(av2);
 225     int scaledWidth = 300;
 226     assertEquals(od.getGraphHeight(), defaultGraphHeight);
 227     assertEquals(od.getSequencesHeight(), maxSeqHeight);
 228     assertEquals(od.getWidth(), scaledWidth);
 229     assertEquals(od.getHeight(), scaledWidth + defaultGraphHeight);
 230
 231     // test for alignment with width > height and sequence height scaled below
 232     // min value
 233     SequenceI[] seqs3 = new SequenceI[] { seqe };
 234     Alignment al3 = new Alignment(seqs3);
 235     al3.setDataset(null);
 236     AlignViewport av3 = new AlignViewport(al3);
 237
 238     od = new OverviewDimensions(av3);
 239     assertEquals(od.getGraphHeight(), defaultGraphHeight);
 240     assertEquals(od.getSequencesHeight(), minSeqHeight);
 241     assertEquals(od.getWidth(), maxWidth);
 242     assertEquals(od.getHeight(), minSeqHeight + defaultGraphHeight);
 243
 244     // test for alignment with width < height and width scaled below min value
 245     SequenceI[] seqs4 = new SequenceI[] { seqa, seqb, seqc, seqd, seqa,
 246         seqb, seqc, seqd, seqa, seqb, seqc, seqd, seqa, seqb, seqc, seqd };
 247     Alignment al4 = new Alignment(seqs4);
 248     al4.setDataset(null);
 249     AlignViewport av4 = new AlignViewport(al4);
 250
 251     od = new OverviewDimensions(av4);
 252     assertEquals(od.getGraphHeight(), defaultGraphHeight);
 253     assertEquals(od.getSequencesHeight(), maxSeqHeight);
 254     assertEquals(od.getWidth(), minWidth);
 255     assertEquals(od.getHeight(), maxSeqHeight + defaultGraphHeight);
 256
 257     // test for alignment where no conservation annotation is shown
 258     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION",
 259             Boolean.toString(false));
 260
 261     Alignment al5 = new Alignment(seqs4);
 262     al5.setDataset(null);
 263     AlignViewport av5 = new AlignViewport(al5);
 264
 265     od = new OverviewDimensions(av5);
 266     assertEquals(od.getGraphHeight(), 0);
 267     assertEquals(od.getSequencesHeight(), maxSeqHeight);
 268     assertEquals(od.getWidth(), minWidth);
 269     assertEquals(od.getHeight(), maxSeqHeight);
 270   }
 271
 272   /**
 273    * Test that validation after mouse adjustments to boxX and boxY sets box
 274    * dimensions and scroll values correctly, when there are no hidden rows or
 275    * columns.
 276    *
 277    * The current implementation uses multiple transformations between coordinate
 278    * systems which often involve casting to int, which causes values to be
 279    * truncated. As a result we can lose accuracy. The tests below use
 280    * approximate test values where appropriate.
 281    */
 282   @Test(groups = { "Functional" })
 283   public void testSetBoxFromMouseClick()
 284   {
 285     AlignViewport av = af.getViewport();
 286     OverviewDimensions od = new OverviewDimensions(av);
 287
 288     // Initial box sizing - default path through code
 289     od.setBoxPosition();
 290     float scalew = (float) od.getWidth()
 291             / (av.getAlignment().getWidth() * av.getCharWidth());
 292     float scaleh = (float) od.getSequencesHeight()
 293             / (av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight());
 294     int boxWidth = (int) ((av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1)
 295             * av.getCharWidth() * scalew);
 296     int boxHeight = (int) ((av.getEndSeq() - av.getStartSeq())
 297             * av.getCharHeight() * scaleh);
 298
 299     od.checkValid();
 300     assertEquals(od.getBoxX(), 0);
 301     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 302     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 303     assertEquals(od.getScrollCol(), 0);
 304     assertEquals(od.getScrollRow(), 0);
 305
 306     // negative boxX value reset to 0
 307     mouseClick(od, -5, 10);
 308     assertEquals(od.getBoxX(), 0);
 309     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 310     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 311     assertEquals(od.getScrollRow(),
 312             (int) (10 / scaleh / av.getCharHeight()));
 313     assertEquals(od.getScrollCol(), 0);
 314
 315     // negative boxY value reset to 0
 316     mouseClick(od, 6, -2);
 317     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 318     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 319     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 320     assertEquals(od.getScrollCol(), (int) (6 / scalew / av.getCharWidth()));
 321     assertEquals(od.getScrollRow(), 0);
 322
 323     // overly large boxX value reset to width-boxWidth
 324     mouseClick(od, 100, 6);
 325     assertEquals(od.getBoxX(), od.getWidth() - od.getBoxWidth(), 1.5);
 326     assertEquals(od.getBoxY(), 6, 1.5);
 327     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 328     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 329     assertEquals(od.getScrollCol(),
 330             (od.getBoxX() / scalew / av.getCharWidth()), 1.5);
 331     assertEquals(od.getScrollRow(),
 332             (od.getBoxY() / scaleh / av.getCharHeight()), 1.5);
 333
 334     // overly large boxY value reset to sequenceHeight - boxHeight
 335     mouseClick(od, 10, 520);
 336     assertEquals(od.getBoxX(), 10, 1.5);
 337     assertEquals(od.getBoxY(), od.getSequencesHeight() - od.getBoxHeight(),
 338             1.5);
 339     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 340     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight, 1.5);
 341     assertEquals(od.getScrollCol(),
 342             (od.getBoxX() / scalew / av.getCharWidth()), 1.5);
 343     assertEquals(od.getScrollRow(),
 344             (od.getBoxY() / scaleh / av.getCharHeight()), 1.5);
 345
 346     // click past end of alignment, as above
 347     mouseClick(od, 3000, 5);
 348     assertEquals(od.getBoxX(), od.getWidth() - od.getBoxWidth(), 1.5);
 349     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 350     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight, 1.5);
 351     assertEquals(od.getScrollCol(),
 352             (od.getBoxX() / scalew / av.getCharWidth()), 1.5);
 353     assertEquals(od.getScrollRow(),
 354             (od.getBoxY() / scaleh / av.getCharHeight()), 1.5);
 355
 356     // move viewport so startRes non-zero and then mouseclick
 357     moveViewportH(av, od, 50);
 358
 359     // click at viewport position
 360     int oldboxx = od.getBoxX();
 361     int oldboxy = od.getBoxY();
 362     mouseClick(od, od.getBoxX() + 5, od.getBoxY() + 2);
 363     assertEquals(od.getBoxX(), oldboxx + 5, 1.5);
 364     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 365     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight, 1.5);
 366     assertEquals(od.getScrollCol(),
 367             (od.getBoxX() / scalew / av.getCharWidth()), 1.5);
 368     assertEquals(od.getBoxY(), oldboxy + 2, 1.5);
 369     assertEquals(od.getScrollRow(),
 370             (od.getBoxY() / scaleh / av.getCharHeight()), 1.5);
 371
 372     // click at top corner
 373     mouseClick(od, 0, 0);
 374     assertEquals(od.getBoxX(), 0);
 375     assertEquals(od.getScrollCol(), 0);
 376     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 377     assertEquals(od.getScrollRow(), 0);
 378     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 379     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight, 1.5);
 380   }
 381
 382   /**
 383    * Test setting of the box position, when there are hidden cols at the start
 384    * of the alignment
 385    */
 386   @Test(groups = { "Functional" })
 387   public void testFromMouseWithHiddenColsAtStart()
 388   {
 389     AlignViewport av = af.getViewport();
 390     OverviewDimensions od = new OverviewDimensions(av);
 391
 392     // Initial box sizing - default path through code
 393     od.setBoxPosition();
 394     float scalew = (float) od.getWidth()
 395             / (av.getAlignment().getWidth() * av.getCharWidth());
 396     float scaleh = (float) od.getSequencesHeight()
 397             / (av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight());
 398     int boxWidth = (int) ((av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1)
 399             * av.getCharWidth() * scalew);
 400     int boxHeight = (int) ((av.getEndSeq() - av.getStartSeq())
 401             * av.getCharHeight() * scaleh);
 402
 403     od.checkValid();
 404     assertEquals(od.getBoxX(), 0);
 405     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 406     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 407     assertEquals(od.getScrollCol(), 0);
 408     assertEquals(od.getScrollRow(), 0);
 409
 410     // hide cols at start and check updated box position is correct
 411     // changes boxX but not boxwidth
 412     int lastHiddenCol = 30;
 413     av.hideColumns(0, lastHiddenCol);
 414     od.setBoxPosition();
 415     assertEquals(od.getBoxX(),
 416             (int) ((lastHiddenCol + 1) * scalew * av.getCharWidth()));
 417     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 418     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 419
 420     // try to click in hidden cols, check box does not move
 421     int xpos = 10;
 422     mouseClick(od, xpos, 0);
 423     assertEquals(od.getBoxX(),
 424             (int) ((lastHiddenCol + 1) * scalew * av.getCharWidth()));
 425     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 426     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 427     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 428     assertEquals(od.getScrollRow(), 0);
 429     assertEquals(od.getScrollCol(),
 430             (int) (xpos / scalew / av.getCharWidth()));
 431
 432     // click to right of hidden columns, box moves to click point
 433     xpos = 40;
 434     mouseClick(od, xpos, 0);
 435     assertEquals(od.getBoxX(),
 436             (int) ((xpos - lastHiddenCol) * scalew * av.getCharWidth()));
 437     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 438     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 439     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 440     assertEquals(od.getScrollRow(), 0);
 441     assertEquals(od.getScrollCol(),
 442             (int) (xpos / scalew / av.getCharWidth()));
 443
 444     // click to right of hidden columns such that box runs over right hand side
 445     // of alignment
 446     // box position is adjusted away from the edge
 447     // overly large boxX value reset to width-boxWidth
 448     xpos = 100;
 449     mouseClick(od, xpos, 5);
 450     assertEquals(od.getBoxX(), od.getWidth() - od.getBoxWidth()
 451             - ((int) (lastHiddenCol * scalew * av.getCharWidth())));
 452     assertEquals(od.getBoxY(), 5);
 453     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 454     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 455     assertEquals(od.getScrollCol(),
 456             (int) (xpos / scalew / av.getCharWidth()));
 457     assertEquals(od.getScrollRow(),
 458             (int) (od.getBoxY() / scaleh / av.getCharHeight()));
 459
 460   }
 461
 462   @Test(groups = { "Functional" })
 463   public void testSetBoxPosWithHiddenColsAtEnd()
 464   {
 465
 466   }
 467
 468   @Test(groups = { "Functional" })
 469   public void testSetBoxPosWithHiddenColsMiddle()
 470   {
 471     AlignViewport av = af.getViewport();
 472     OverviewDimensions od = new OverviewDimensions(av);
 473     av.setStartRes(50);
 474
 475     // hiding columns before current position: changes boxX but not boxwidth
 476     od.setBoxPosition();
 477     int prevBoxX = od.getBoxX();
 478     int prevWidth = od.getBoxWidth();
 479
 480     av.hideColumns(10, 20);
 481     od.setBoxPosition();
 482     assertEquals(od.getBoxX(), 75);
 483     assertTrue(prevBoxX < od.getBoxX());
 484     assertEquals(od.getBoxWidth(), prevWidth);
 485
 486     // hiding columns after current position: changes end position but not start
 487     // so scrollCol and boxX do not change but boxWidth does
 488     prevWidth = od.getBoxWidth();
 489
 490     av.hideColumns(108, 110);
 491     od.setBoxPosition();
 492     assertEquals(od.getBoxX(), prevBoxX);
 493     assertEquals(od.getScrollCol(), 49);
 494     // assertEquals(od2.getBoxWidth(), prevWidth + ((int) 2 * av.getCharWidth()
 495     // / scalew));
 496   }
 497
 498   @Test(groups = { "Functional" })
 499   public void testSetBoxPosWithHiddenRowsAtStart()
 500   {
 501     AlignViewport av = af.getViewport();
 502     OverviewDimensions od = new OverviewDimensions(av);
 503     av.setStartRes(50);
 504
 505     // account for hidden rows
 506     SequenceI[] hidden = { seq2, seq3, seq4, seq5, seq6, seq7 };
 507     av.showAllHiddenColumns();
 508     av.hideSequence(hidden);
 509     od.checkValid();
 510     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 511     assertEquals(od.getScrollRow(), 0);
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Test that the box position is set correctly when set from the viewport,
 516    * with no hidden rows or columns
 517    */
 518   @Test(groups = { "Functional" })
 519   public void testSetBoxFromViewport()
 520   {
 521     AlignViewport av = af.getViewport();
 522     OverviewDimensions od = new OverviewDimensions(av);
 523     od.setBoxPosition();
 524
 525     float scalew = (float) od.getWidth()
 526             / (av.getAlignment().getWidth() * av.getCharWidth());
 527     float scaleh = (float) od.getSequencesHeight()
 528             / (av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight());
 529     int boxWidth = (int) ((av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1)
 530             * av.getCharWidth() * scalew);
 531     int boxHeight = (int) ((av.getEndSeq() - av.getStartSeq())
 532             * av.getCharHeight() * scaleh);
 533
 534     // move viewport to start of alignment
 535     moveViewport(av, od, 0, 0);
 536     assertEquals(od.getBoxX(), 0);
 537     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 538     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 539     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 540
 541     // move viewport to right
 542     moveViewportH(av, od, 70);
 543     assertEquals(od.getBoxX(), (int) (70 * scalew * av.getCharWidth()));
 544     assertEquals(od.getBoxY(), 0);
 545     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 546     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 547
 548     // move viewport down
 549     moveViewportV(av, od, 100);
 550     assertEquals(od.getBoxX(), (int) (70 * scalew * av.getCharWidth()));
 551     assertEquals(od.getBoxY(), (int) (100 * scaleh * av.getCharHeight()));
 552     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 553     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 554
 555     // move viewport to bottom right
 556     moveViewport(av, od, 98, 508);
 557     assertEquals(od.getBoxX(), (int) (98 * scalew * av.getCharWidth()));
 558     assertEquals(od.getBoxY(), (int) (508 * scaleh * av.getCharHeight()));
 559     assertEquals(od.getBoxWidth(), boxWidth);
 560     assertEquals(od.getBoxHeight(), boxHeight);
 561   }
 562
 563   /*
 564    * Move viewport horizontally: startRes + previous width gives new horizontal extent. Vertical extent stays the same.
 565    */
 566   private void moveViewportH(AlignViewport av, OverviewDimensions od,
 567           int startRes)
 568   {
 569     int width = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 570     av.setStartRes(startRes);
 571     av.setEndRes(startRes + width);
 572     od.setBoxPosition();
 573   }
 574
 575   /*
 576    * Move viewport vertically: startSeq and endSeq give new vertical extent. Horizontal extent stays the same.
 577    */
 578   private void moveViewportV(AlignViewport av, OverviewDimensions od,
 579           int startSeq)
 580   {
 581     int height = av.getEndSeq() - av.getStartSeq();
 582     av.setStartSeq(startSeq);
 583     av.setEndSeq(startSeq + height);
 584     od.setBoxPosition();
 585   }
 586
 587   /*
 588    * Move viewport horizontally and vertically.
 589    */
 590   private void moveViewport(AlignViewport av, OverviewDimensions od,
 591           int startRes, int startSeq)
 592   {
 593     int width = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 594     int height = av.getEndSeq() - av.getStartSeq();
 595     av.setStartRes(startRes);
 596     av.setEndRes(startRes + width);
 597     av.setStartSeq(startSeq);
 598     av.setEndSeq(startSeq + height);
 599     od.setBoxPosition();
 600   }
 601
 602   /*
 603    * Mouse click as position x,y in overview window
 604    */
 605   private void mouseClick(OverviewDimensions od, int x, int y)
 606   {
 607     od.setBoxX(x);
 608     od.setBoxY(y);
 609     od.checkValid();
 610     // updates require an OverviewPanel to exist which it doesn't here
 611     // so call setBoxPosition() as it would be called by the AlignmentPanel
 612     // normally
 613     AlignViewport av = af.getViewport();
 614     int width = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 615     int height = av.getEndSeq() - av.getStartSeq();
 616     av.setStartRes(od.getScrollCol());
 617     av.setEndRes(od.getScrollCol() + width);
 618     av.setStartSeq(od.getScrollRow());
 619     av.setEndSeq(od.getScrollRow() + height);
 620     od.setBoxPosition();
 621   }
 622 }