test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  29
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class PDBSequenceFetcherTest
  36 {
  37
  38   SequenceFetcher sf;
  39
  40   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  41   public void setUp() throws Exception
  42   {
  43     // ensure 'add annotation from structure' is selected
  44     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  45             Boolean.TRUE.toString());
  46     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  47             Boolean.TRUE.toString());
  48
  49     sf = new SequenceFetcher(false);
  50   }
  51
  52   /**
  53    * Test that RNA structure can be added by a call to the RNAML service.
  54    *
  55    * Note this test depends on http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d which is
  56    * not always reliable.
  57    *
  58    * @throws Exception
  59    */
  60   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  61   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  62   {
  63     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
  64     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  65     assertTrue(response != null);
  66     assertTrue(response.getHeight() == 1);
  67     for (SequenceI sq : response.getSequences())
  68     {
  69       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
  70               sq.getAnnotation().length > 0);
  71       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
  72               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
  73       assertTrue(
  74               "No RNA annotation on sequence, possibly http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d not available?",
  75               sq.getRNA() != null);
  76     }
  77   }
  78
  79 }