test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)\r
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.ws;\r
  22 \r
  23 import static org.junit.Assert.*;\r
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  26 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  27 \r
  28 import java.util.List;\r
  29 \r
  30 import org.junit.Before;\r
  31 import org.junit.Test;\r
  32 \r
  33 public class PDBSequenceFetcherTest\r
  34 {\r
  35 \r
  36   SequenceFetcher sf;\r
  37 \r
  38   @Before\r
  39   public void setUp() throws Exception\r
  40   {\r
  41     sf = new SequenceFetcher(false);\r
  42   }\r
  43 \r
  44   @Test\r
  45   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception\r
  46   {\r
  47     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");\r
  48     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");\r
  49     assertTrue(response != null);\r
  50     assertTrue(response.getHeight() == 1);\r
  51     for (SequenceI sq : response.getSequences())\r
  52     {\r
  53       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",\r
  54               sq.getAnnotation().length > 0);\r
  55       assertTrue("No PDBEntry on sequence.", sq.getPDBId().size() > 0);\r
  56       assertTrue("No RNA annotation on sequence.", sq.getRNA() != null);\r
  57     }\r
  58   }\r
  59 \r
  60 }\r