test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  29 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  30
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class PDBSequenceFetcherTest
  37 {
  38
  39   SequenceFetcher sf;
  40
  41   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  42   public void setUp() throws Exception
  43   {
  44     // ensure 'add annotation from structure' is selected
  45     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  46             Boolean.TRUE.toString());
  47     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  48             Boolean.TRUE.toString());
  49
  50     sf = new SequenceFetcher(false);
  51   }
  52
  53   /**
  54    * Test that RNA structure can be added by a call to the RNAML service.
  55    *
  56    * Note this test depends on http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d which is
  57    * not always reliable.
  58    *
  59    * @throws Exception
  60    */
  61   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  62   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  63   {
  64     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  65             Boolean.TRUE.toString());
  66     Cache.applicationProperties.setProperty("PDB_DOWNLOAD_FORMAT",
  67             "PDB");
  68     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
  69     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  70     assertTrue(response != null);
  71     assertTrue(response.getHeight() == 1);
  72     for (SequenceI sq : response.getSequences())
  73     {
  74       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
  75               sq.getAnnotation().length > 0);
  76       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
  77               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
  78       assertTrue(
  79               "No RNA annotation on sequence, possibly http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d not available?",
  80               sq.getRNA() != null);
  81     }
  82   }
  83
  84   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  85   public void testPdbSeqRetrieve() throws Exception
  86   {
  87     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  88             Boolean.TRUE.toString());
  89     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
  90
  91     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
  92   }
  93
  94   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  95   public void testmmCifSeqRetrieve() throws Exception
  96   {
  97     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  98             Boolean.TRUE.toString());
  99     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("mmCIF");
 100     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
 101   }
 102
 103   private void testRetrieveProteinSeqFromPDB() throws Exception
 104   {
 105     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
 106     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("1QIP");
 107     assertTrue(response != null);
 108     assertTrue(response.getHeight() == 4);
 109     for (SequenceI sq : response.getSequences())
 110     {
 111       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
 112               sq.getAnnotation().length > 0);
 113       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
 114               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
 115       org.testng.Assert
 116               .assertEquals(sq.getEnd() - sq.getStart() + 1,
 117                       sq.getLength(),
 118                       "Sequence start/end doesn't match number of residues in sequence");
 119     }
 120   }
 121
 122 }