test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 package jalview.ws;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
   7
   8 import java.util.List;
   9
  10 import org.junit.Before;
  11 import org.junit.Test;
  12
  13 public class PDBSequenceFetcherTest
  14 {
  15
  16   @Before
  17   public void setUp() throws Exception
  18   {
  19   }
  20
  21   @Test
  22   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  23   {
  24     List<DbSourceProxy> sps = new SequenceFetcher(false)
  25     .getSourceProxy("PDB");
  26     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  27     assertTrue(response!=null);
  28     assertTrue(response.getHeight()==1);
  29     for (SequenceI sq:response.getSequences())
  30     {
  31       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",sq.getAnnotation().length>0);
  32       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",sq.getPDBId().size()>0);
  33       assertTrue("No RNA annotation on sequence.", sq.getRNA()!=null);
  34     }
  35   }
  36
  37 }