test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  29 import jalview.structure.StructureImportSettings.StructureParser;
  30 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  31
  32 import java.util.List;
  33
  34 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 public class PDBSequenceFetcherTest
  38 {
  39
  40   SequenceFetcher sf;
  41
  42   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  43   public void setUp() throws Exception
  44   {
  45     // ensure 'add annotation from structure' is selected
  46     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  47             Boolean.TRUE.toString());
  48     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  49             Boolean.TRUE.toString());
  50
  51     sf = new SequenceFetcher(false);
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Test that RNA structure can be added by a call to the RNAML service.
  56    *
  57    * Note this test depends on http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d which is
  58    * not always reliable.
  59    *
  60    * @throws Exception
  61    */
  62   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  63   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  64   {
  65     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  66             Boolean.TRUE.toString());
  67     Cache.applicationProperties.setProperty("DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT",
  68             "PDB");
  69     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
  70     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  71     assertTrue(response != null);
  72     assertTrue(response.getHeight() == 1);
  73     for (SequenceI sq : response.getSequences())
  74     {
  75       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
  76               sq.getAnnotation().length > 0);
  77       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
  78               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
  79       assertTrue(
  80               "No RNA annotation on sequence, possibly http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d not available?",
  81               sq.getRNA() != null);
  82     }
  83   }
  84
  85   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  86   public void testPdbSeqRetrieve() throws Exception
  87   {
  88     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  89             Boolean.TRUE.toString());
  90     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
  91     StructureImportSettings
  92             .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
  93
  94     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
  95   }
  96
  97   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  98   public void testmmCifSeqRetrieve() throws Exception
  99   {
 100     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
 101             Boolean.TRUE.toString());
 102     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("mmCIF");
 103     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
 104   }
 105
 106   private void testRetrieveProteinSeqFromPDB() throws Exception
 107   {
 108     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
 109     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("1QIP");
 110     assertTrue(response != null);
 111     assertTrue(response.getHeight() == 4);
 112     for (SequenceI sq : response.getSequences())
 113     {
 114       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
 115               sq.getAnnotation().length > 0);
 116       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
 117               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
 118       org.testng.Assert
 119               .assertEquals(sq.getEnd() - sq.getStart() + 1,
 120                       sq.getLength(),
 121                       "Sequence start/end doesn't match number of residues in sequence");
 122     }
 123   }
 124
 125 }