test/jalview/ws/SequenceFetcherTest.java

   1 package jalview.ws;
   2
   3 import jalview.analysis.CrossRef;
   4 import jalview.datamodel.Alignment;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.DBRefSource;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
   9 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  10
  11 import java.util.Enumeration;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Vector;
  14
  15 public class SequenceFetcherTest
  16 {
  17
  18   /**
  19    * simple run method to test dbsources.
  20    *
  21    * @param argv
  22    */
  23   public static void main(String[] argv)
  24   {
  25     // TODO: extracted from SequenceFetcher - convert to proper unit test with
  26     // assertions
  27
  28     String usage = "SequenceFetcher.main [-nodas] [<DBNAME> [<ACCNO>]]\n"
  29             + "With no arguments, all DbSources will be queried with their test Accession number.\n"
  30             + "With one argument, the argument will be resolved to one or more db sources and each will be queried with their test accession only.\n"
  31             + "If given two arguments, SequenceFetcher will try to find the DbFetcher corresponding to <DBNAME> and retrieve <ACCNO> from it.\n"
  32             + "The -nodas option will exclude DAS sources from the database fetchers Jalview will try to use.";
  33     boolean withDas = true;
  34     if (argv != null && argv.length > 0
  35             && argv[0].toLowerCase().startsWith("-nodas"))
  36     {
  37       withDas = false;
  38       String targs[] = new String[argv.length - 1];
  39       System.arraycopy(argv, 1, targs, 0, targs.length);
  40       argv = targs;
  41     }
  42     if (argv != null && argv.length > 0)
  43     {
  44       List<DbSourceProxy> sps = new SequenceFetcher(withDas)
  45               .getSourceProxy(argv[0]);
  46
  47       if (sps != null)
  48       {
  49         for (DbSourceProxy sp : sps)
  50         {
  51           AlignmentI al = null;
  52           try
  53           {
  54             testRetrieval(argv[0], sp,
  55                     argv.length > 1 ? argv[1] : sp.getTestQuery());
  56           } catch (Exception e)
  57           {
  58             e.printStackTrace();
  59             System.err.println("Error when retrieving "
  60                     + (argv.length > 1 ? argv[1] : sp.getTestQuery())
  61                     + " from " + argv[0] + "\nUsage: " + usage);
  62           }
  63         }
  64         return;
  65       }
  66       else
  67       {
  68         System.err.println("Can't resolve " + argv[0]
  69                 + " as a database name. Allowed values are :\n"
  70                 + new SequenceFetcher().getSupportedDb());
  71       }
  72       System.out.println(usage);
  73       return;
  74     }
  75     ASequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher(withDas);
  76     String[] dbSources = sfetcher.getSupportedDb();
  77     for (int dbsource = 0; dbsource < dbSources.length; dbsource++)
  78     {
  79       String db = dbSources[dbsource];
  80       // skip me
  81       if (db.equals(DBRefSource.PDB))
  82       {
  83         continue;
  84       }
  85       for (DbSourceProxy sp : sfetcher.getSourceProxy(db))
  86       {
  87         testRetrieval(db, sp, sp.getTestQuery());
  88       }
  89     }
  90
  91   }
  92
  93   private static void testRetrieval(String db, DbSourceProxy sp,
  94           String testQuery)
  95   {
  96     AlignmentI ds = null;
  97     Vector<Object[]> noProds = new Vector<Object[]>();
  98     System.out.println("Source: " + sp.getDbName() + " (" + db
  99             + "): retrieving test:" + sp.getTestQuery());
 100     {
 101       AlignmentI al = null;
 102       try
 103       {
 104         al = sp.getSequenceRecords(testQuery);
 105         if (al != null && al.getHeight() > 0)
 106         {
 107           boolean dna = sp.isDnaCoding();
 108           al.setDataset(null);
 109           AlignmentI alds = al.getDataset();
 110           // try and find products
 111           CrossRef crossRef = new CrossRef(al.getSequencesArray(), alds);
 112           List<String> types = crossRef.findXrefSourcesForSequences(dna);
 113           if (types != null)
 114           {
 115             System.out.println("Xref Types for: " + (dna ? "dna" : "prot"));
 116             for (String source : types)
 117             {
 118               System.out.println("Type: " + source);
 119               SequenceI[] prod = crossRef.findXrefSequences(source, dna)
 120                       .getSequencesArray();
 121               System.out.println("Found "
 122                       + ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length)
 123                       + " products");
 124               if (prod != null)
 125               {
 126                 for (int p = 0; p < prod.length; p++)
 127                 {
 128                   System.out.println("Prod " + p + ": "
 129                           + prod[p].getDisplayId(true));
 130                 }
 131               }
 132             }
 133           }
 134           else
 135           {
 136             noProds.addElement((dna ? new Object[] { al, al }
 137                     : new Object[] { al }));
 138           }
 139
 140         }
 141       } catch (Exception ex)
 142       {
 143         System.out.println("ERROR:Failed to retrieve test query.");
 144         ex.printStackTrace(System.out);
 145       }
 146
 147       if (al == null)
 148       {
 149         System.out.println("ERROR:No alignment retrieved.");
 150         StringBuffer raw = sp.getRawRecords();
 151         if (raw != null)
 152         {
 153           System.out.println(raw.toString());
 154         }
 155         else
 156         {
 157           System.out.println("ERROR:No Raw results.");
 158         }
 159       }
 160       else
 161       {
 162         System.out.println("Retrieved " + al.getHeight() + " sequences.");
 163         if (ds == null)
 164         {
 165           ds = al.getDataset();
 166         }
 167         else
 168         {
 169           ds.append(al.getDataset());
 170           al.setDataset(ds);
 171         }
 172       }
 173       System.out.flush();
 174       System.err.flush();
 175     }
 176     if (noProds.size() > 0)
 177     {
 178       Enumeration<Object[]> ts = noProds.elements();
 179       while (ts.hasMoreElements())
 180
 181       {
 182         Object[] typeSq = ts.nextElement();
 183         boolean dna = (typeSq.length > 1);
 184         AlignmentI al = (AlignmentI) typeSq[0];
 185         System.out.println("Trying getProducts for "
 186                 + al.getSequenceAt(0).getDisplayId(true));
 187         System.out.println("Search DS Xref for: " + (dna ? "dna" : "prot"));
 188         // have a bash at finding the products amongst all the retrieved
 189         // sequences.
 190         SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
 191         Alignment prodal = new CrossRef(seqs, ds).findXrefSequences(null,
 192                 dna);
 193         System.out.println("Found "
 194                 + ((prodal == null) ? "no" : "" + prodal.getHeight())
 195                 + " products");
 196         if (prodal != null)
 197         {
 198           SequenceI[] prod = prodal.getSequencesArray(); // note
 199           // should
 200           // test
 201           // rather
 202           // than
 203           // throw
 204           // away
 205           // codon
 206           // mapping
 207           // (if
 208           // present)
 209           for (int p = 0; p < prod.length; p++)
 210           {
 211             System.out.println("Prod " + p + ": "
 212                     + prod[p].getDisplayId(true));
 213           }
 214         }
 215       }
 216     }
 217   }
 218 }