test/jalview/ws/dbsources/RemoteFormatTest.java

   1 package jalview.ws.dbsources;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import jalview.fts.api.FTSData;
   7 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
   8 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
   9 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  10 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  11 import jalview.fts.service.uniprot.UniProtFTSRestClient;
  12
  13 import java.util.ArrayList;
  14 import java.util.List;
  15
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18 /**
  19  * A class to verify that remotely fetched data has an expected format and can
  20  * be successfully processed by Jalview. This is intended as a first line of
  21  * defence and early warning of service affecting changes to data fetched
  22  * externally.
  23  * <p>
  24  * This is class is not intended to cover remote services e.g. alignment. Nor
  25  * should it duplicate tests already provided by other classes (such as
  26  * PDBFTSRestClientTest). Or maybe we will relocate those tests here...
  27  */
  28 public class RemoteFormatTest
  29 {
  30   @Test(groups = "Network")
  31   public void testFetchUniprot()
  32   {
  33     // P00340
  34   }
  35
  36   @Test(groups = "Network")
  37   public void testFetchPdb()
  38   {
  39     // 1QIP
  40   }
  41
  42   @Test(groups = "Network")
  43   public void testFetchEmbl()
  44   {
  45     // X53828
  46   }
  47
  48   @Test(groups = "Network")
  49   public void testFetchEmblCDS()
  50   {
  51     // CAA37824
  52   }
  53
  54   @Test(groups = "Network")
  55   public void testFetchEnsembl()
  56   {
  57     // ENSG00000157764
  58   }
  59
  60   @Test(groups = "Network")
  61   public void testFetchEnsemblGenomes()
  62   {
  63     // DDB_G0283883
  64   }
  65
  66   @Test(groups = "Network")
  67   public void testFetchPfamSeed()
  68   {
  69     // PF03760
  70   }
  71
  72   @Test(groups = "Network")
  73   public void testFetchPfamFull()
  74   {
  75     // PF03760
  76   }
  77
  78   @Test(groups = "Network")
  79   public void testFetchRfamSeed()
  80   {
  81     // RF00014
  82   }
  83
  84   @Test(groups = { "Network" })
  85   public void testUniprotFreeTextSearch() throws Exception
  86   {
  87     List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
  88     FTSRestClientI client = UniProtFTSRestClient.getInstance();
  89     wantedFields.add(client.getDataColumnByNameOrCode("id"));
  90     wantedFields.add(client.getDataColumnByNameOrCode("entry name"));
  91     wantedFields.add(client.getDataColumnByNameOrCode("organism"));
  92     wantedFields.add(client.getDataColumnByNameOrCode("reviewed")); // Status
  93     wantedFields.add(client.getDataColumnByNameOrCode("length"));
  94
  95     FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
  96     request.setAllowEmptySeq(false);
  97     request.setResponseSize(100);
  98     request.setFieldToSearchBy("Search All");
  99     request.setSearchTerm("metanephrops"); // lobster!
 100     request.setWantedFields(wantedFields);
 101
 102     FTSRestResponse response;
 103     response = client.executeRequest(request);
 104     assertTrue(response.getNumberOfItemsFound() > 20);
 105     assertTrue(response.getSearchSummary() != null);
 106     assertTrue(response.getSearchSummary().size() > 20);
 107     // verify we successfully filtered out the header row (JAL-2485)
 108     FTSData header = response.getSearchSummary().iterator().next();
 109     assertFalse("Failed to filter out summary header row",
 110             header.getSummaryData()[0].toString().equalsIgnoreCase("Entry"));
 111   }
 112 }