JAL-3013 resolve symlink to hmmer binaries folder
[jalview.git] / test / jalview / ws / gui / Jws2ParamView.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ws.gui;
22
23 import jalview.bin.Cache;
24 import jalview.gui.JvOptionPane;
25 import jalview.gui.WsJobParameters;
26 import jalview.util.MessageManager;
27 import jalview.ws.jabaws.JalviewJabawsTestUtils;
28 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
29 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
30 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
31 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
32
33 import java.awt.BorderLayout;
34 import java.awt.event.WindowAdapter;
35 import java.awt.event.WindowEvent;
36 import java.util.ArrayList;
37 import java.util.Iterator;
38 import java.util.List;
39
40 import javax.swing.JFrame;
41 import javax.swing.JPanel;
42
43 import org.testng.annotations.BeforeClass;
44 import org.testng.annotations.Test;
45
46 import compbio.metadata.Argument;
47 import compbio.metadata.Preset;
48 import compbio.metadata.PresetManager;
49
50 public class Jws2ParamView
51 {
52
53   @BeforeClass(alwaysRun = true)
54   public void setUpJvOptionPane()
55   {
56     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
57     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
58   }
59
60   /**
61    * which services to test
62    */
63   public static List<String> serviceTests = new ArrayList<>();
64
65   /**
66    * which presets to test for services
67    */
68   public static List<String> presetTests = new ArrayList<>();
69   static
70   {
71     serviceTests.add("AAConWS".toLowerCase());
72   }
73
74   public static Jws2Discoverer disc = null;
75
76   @BeforeClass(alwaysRun = true)
77   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
78   {
79     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
80     Cache.initLogger();
81     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
82   }
83
84   /**
85    * This test marked Interactive as it appears to need user action to complete
86    * rather than hang
87    */
88
89   @Test(groups = { "Interactive" }, enabled = true)
90   public void testJws2Gui()
91   {
92     Iterator<String> presetEnum = presetTests.iterator();
93     for (Jws2Instance service : disc.getServices())
94     {
95       if (serviceTests.size() == 0
96               || serviceTests.contains(service.serviceType.toLowerCase()))
97       {
98         List<Preset> prl = null;
99         Preset pr = null;
100         if (presetEnum.hasNext())
101         {
102           PresetManager prman = service.getPresets();
103           if (prman != null)
104           {
105             pr = prman.getPresetByName(presetEnum.next());
106             if (pr == null)
107             {
108               // just grab the last preset.
109               prl = prman.getPresets();
110             }
111           }
112         }
113         else
114         {
115           PresetManager prman = service.getPresets();
116           if (prman != null)
117           {
118             prl = prman.getPresets();
119           }
120         }
121         Iterator<Preset> en = (prl == null) ? null : prl.iterator();
122         while (en != null && en.hasNext())
123         {
124           if (en != null)
125           {
126             if (!en.hasNext())
127             {
128               en = prl.iterator();
129             }
130             pr = en.next();
131           }
132           WsJobParameters pgui = new WsJobParameters((ParamDatastoreI) null,
133                   service, new JabaPreset(service, pr),
134                   (List<Argument>) null);
135           JFrame jf = new JFrame(MessageManager
136                   .formatMessage("label.ws_parameters_for", new String[]
137                   { service.getActionText() }));
138           jf.setSize(700, 800);
139           JPanel cont = new JPanel(new BorderLayout());
140           pgui.validate();
141           cont.setPreferredSize(pgui.getPreferredSize());
142           cont.add(pgui, BorderLayout.CENTER);
143           jf.setLayout(new BorderLayout());
144           jf.add(cont, BorderLayout.CENTER);
145           jf.validate();
146
147           final Thread thr = Thread.currentThread();
148
149           /*
150            * This seems to need a user to manually inspect / test / close the
151            * GUI for each service tested. Not standalone JUnit.
152            */
153           jf.addWindowListener(new WindowAdapter()
154           {
155             @Override
156             public void windowClosing(WindowEvent e)
157             {
158               thr.interrupt();
159             }
160           });
161           jf.setVisible(true);
162           boolean inter = false;
163           while (!inter)
164           {
165             try
166             {
167               Thread.sleep(10 * 1000);
168             } catch (InterruptedException e)
169             {
170               inter = true;
171             }
172           }
173           jf.dispose();
174         }
175       }
176     }
177   }
178 }