test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java

   1 /*
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  18  */
  19 package jalview.ws.jabaws;
  20
  21 import static org.junit.Assert.*;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.io.AnnotationFile;
  29 import jalview.io.FormatAdapter;
  30 import jalview.io.StockholmFileTest;
  31 import jalview.ws.jws2.AADisorderClient;
  32 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  33 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  34
  35 import org.junit.AfterClass;
  36 import org.junit.BeforeClass;
  37 import org.junit.Test;
  38
  39 public class DisorderAnnotExportImport
  40 {
  41   public static String testseqs = "examples/uniref50.fa";
  42
  43   public static Jws2Discoverer disc;
  44
  45   public static List<Jws2Instance> iupreds;
  46
  47   jalview.ws.jws2.AADisorderClient disorderClient;
  48
  49   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  50
  51   @BeforeClass
  52   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  53   {
  54
  55     jalview.bin.Cache.initLogger();
  56     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
  57     iupreds = new ArrayList<Jws2Instance>();
  58     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  59     {
  60       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("iupredws"))
  61       {
  62         iupreds.add(svc);
  63       }
  64     }
  65     assertTrue("Couldn't discover any IUPred services to use to test.",
  66             iupreds.size() > 0);
  67     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  68     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  69     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
  70   }
  71
  72   @AfterClass
  73   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  74   {
  75     if (af != null)
  76     {
  77       af.setVisible(false);
  78       af.dispose();
  79     }
  80   }
  81
  82   /**
  83    * test for patches to JAL-1294
  84    */
  85   @Test
  86   public void testDisorderAnnotExport()
  87   {
  88     disorderClient = new AADisorderClient(iupreds.get(0), af, null, null);
  89     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(disorderClient);
  90     do
  91     {
  92       try
  93       {
  94         Thread.sleep(50);
  95       } catch (InterruptedException x)
  96       {
  97       }
  98       ;
  99     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 100     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 101     // NOTE: Consensus annotation row cannot be exported and reimported faithfully - so we remove them
 102     List<AlignmentAnnotation> toremove = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
 103     for (AlignmentAnnotation aa:orig_alig.getAlignmentAnnotation())
 104     {
 105       if (aa.autoCalculated)
 106       {
 107         toremove.add(aa);
 108       }
 109     }
 110     for (AlignmentAnnotation aa:toremove)
 111     {
 112       orig_alig.deleteAnnotation(aa);
 113     }
 114     testAnnotationFileIO("Testing IUPred Annotation IO", orig_alig);
 115
 116   }
 117
 118   public static void testAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 119   {
 120     try
 121     {
 122       String aligfileout = new FormatAdapter().formatSequences("PFAM",
 123               al.getSequencesArray());
 124       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(
 125               al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
 126               al.getProperties());
 127       assertTrue(
 128               "Test "
 129                       + testname
 130                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 131               anfileout != null);
 132       assertTrue(
 133               "Test "
 134                       + testname
 135                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 136               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 137
 138       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 139               + "\n<<EOF\n");
 140
 141       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 142               FormatAdapter.PASTE, "PFAM");
 143       assertTrue(
 144               "Test "
 145                       + testname
 146                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 147               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 148                       FormatAdapter.PASTE));
 149
 150       // test for consistency in io
 151       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new);
 152       return;
 153     } catch (Exception e)
 154     {
 155       e.printStackTrace();
 156     }
 157     fail("Test "
 158             + testname
 159             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 160   }
 161
 162 }