test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

   1 package jalview.ws.jabaws;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Vector;
   9
  10 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  13 import jalview.datamodel.Annotation;
  14 import jalview.io.AnnotationFile;
  15 import jalview.io.FormatAdapter;
  16 import jalview.io.StockholmFileTest;
  17 import jalview.ws.jws2.AADisorderClient;
  18 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  19 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  20 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  21
  22 import org.junit.AfterClass;
  23 import org.junit.BeforeClass;
  24 import org.junit.Test;
  25
  26 public class RNAStructExportImport
  27 {
  28   public static String testseqs = "examples/unfolded_RF00031.aln";
  29
  30   public static Jws2Discoverer disc;
  31
  32   public static Jws2Instance rnaalifoldws;
  33
  34   jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient alifoldClient;
  35
  36   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  37
  38   @BeforeClass
  39   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  40   {
  41
  42
  43     jalview.bin.Cache.initLogger();
  44     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
  45
  46     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  47     {
  48
  49         System.out.println("Service type: " + svc.serviceType);
  50
  51       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("rnaalifoldws"))
  52       {
  53         rnaalifoldws = svc;
  54       }
  55     }
  56
  57     System.out.println("State of rnaalifoldws: " + rnaalifoldws);
  58
  59     if (rnaalifoldws == null) System.exit(0);
  60
  61     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  62
  63     // Following this method a long way we find some (probably important!)
  64     //  code that I have just commented out!
  65     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  66
  67     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
  68
  69   }
  70
  71   @AfterClass
  72   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  73   {
  74     if (af != null)
  75     {
  76       af.setVisible(false);
  77       af.dispose();
  78     }
  79   }
  80
  81   /**
  82    * test for patches to JAL-1294
  83    */
  84   @Test
  85   public void testRNAStructExport()
  86   {
  87     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, null);
  88
  89
  90     System.out.println("START FOLDING");
  91     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
  92
  93
  94     do
  95     {
  96       try
  97       {
  98         Thread.sleep(50);
  99       } catch (InterruptedException x)
 100       {
 101       }
 102       ;
 103     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 104
 105     System.out.println("END FOLDING");
 106
 107     // ALL FOR TESTING
 108     AlignCalcManagerI test = af.getViewport().getCalcManager();
 109     RNAalifoldClient testWorker = ((RNAalifoldClient)test.getRegisteredWorkersOfClass(RNAalifoldClient.class).get(0));
 110     testWorker.updateResultAnnotation(true);
 111     System.out.println("Annotation from RNAalifoldclient");
 112     for (Annotation ann : testWorker.ourAnnots.get(0).annotations) {
 113         System.out.print(ann.toString()+"|");
 114     }
 115     System.out.println();
 116
 117
 118     // Why are the AlignViewport.alignment and the RNAalifoldClient alignment
 119     //  Annotations different
 120     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 121
 122     System.out.println("orig_alig has class: " + orig_alig.getClass());
 123
 124     // some time before here but after the RNAalifoldClient Update method
 125     //  the alignment annotation is replaced....
 126
 127     System.out.println("orig_alig annotation:\n");
 128     for (AlignmentAnnotation an : orig_alig.getAlignmentAnnotation()) {
 129         for (Annotation ann : an.annotations) {
 130                 System.out.print(ann.toString()+"|");
 131         }
 132         System.out.println();
 133     }
 134
 135
 136     testAnnotationFileIO("Testing RNAalifold Annotation IO", orig_alig);
 137
 138   }
 139
 140   public static void testAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 141   {
 142     try
 143     {
 144       String aligfileout = new FormatAdapter().formatSequences("CLUSTAL",
 145               al.getSequencesArray());
 146
 147       // test
 148 //      System.out.println("aligfileout:\n" + aligfileout);
 149
 150       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(
 151               al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
 152               al.getProperties());
 153       assertTrue(
 154               "Test "
 155                       + testname
 156                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 157               anfileout != null);
 158       assertTrue(
 159               "Test "
 160                       + testname
 161                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 162               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 163
 164       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 165               + "\n<<EOF\n");
 166
 167       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 168               FormatAdapter.PASTE, "CLUSTAL");
 169       assertTrue(
 170               "Test "
 171                       + testname
 172                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 173               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 174                       FormatAdapter.PASTE));
 175
 176       // test for consistency in io
 177       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new);
 178       return;
 179     } catch (Exception e)
 180     {
 181       e.printStackTrace();
 182     }
 183     fail("Test "
 184             + testname
 185             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 186   }
 187
 188 }