test/jalview/ws/jws1/JPredWSUtilsTest.java

   1 package jalview.ws.jws1;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.Sequence;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 import org.testng.Assert;
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class JPredWSUtilsTest
  12 {
  13   @Test(groups = { "Functional" })
  14   public void testSingleSeqPrediction()
  15   {
  16
  17   }
  18
  19   @Test(groups = { "Functional" })
  20   public void testSingleSeqPredictionHiddenRegion()
  21   {
  22
  23   }
  24
  25   @Test(groups = { "Functional" })
  26   public void testMsaPrediction()
  27   {
  28
  29   }
  30
  31   @Test(groups = { "Functional" })
  32   public void testMsaPredictionHiddenRegion()
  33   {
  34
  35   }
  36
  37   @Test(groups = { "Functional" })
  38   public void testInsertHiddenResidues()
  39   {
  40     // orig: asdfPPPPPPPasdfPPPPasdf
  41     // pred: PPPPPPPPPPP
  42     // al: -----P-P-P---P---P----P---P-P--PP---P---
  43     // s1: SSSSSSS-SS---S---SSSSSS---S-S--SSSSSSSSS
  44     // s2: SSSSSSS-SSSSSSSSSSS----SSS-S-SSS-----SSS
  45     SequenceI orig = new Sequence("orig", "asdfPPPPPPPasdfPPPPasdf"), pred = new Sequence(
  46             "pred", "PPPPPPPPPPP"), al = new Sequence("al/5-23",
  47             "-----P-P-P---P---P----P---P-P--PP---P---"), s1 = new Sequence(
  48             "s1", "SSSSSSS-SS---S---SSSSSS---S-S--SSSSSSSSS"), s2 = new Sequence(
  49             "s2", "SSSSSSS-SSSSSSSSSSS----SSS-S-SSS-----SSS");
  50
  51     AlignmentI alpred = new Alignment(new SequenceI[] { al, s1, s2 });
  52     JPredWSUtils.insertHiddenResidues(alpred, '.', new int[] { 5, 6, 7, 8,
  53         9, 10, 11, 16, 17, 18, 19 }, orig);
  54     Assert.assertEquals(alpred.getSequenceAt(2).getSequenceAsString(),
  55             "....SSSSSSS-SS---S---SSSSSS---S....-S--SSSSSSSSS....");
  56     Assert.assertEquals(alpred.getSequenceAt(1).getSequenceAsString(),
  57             "....SSSSSSS-SSSSSSSSSSS----SSS-....S-SSS-----SSS....");
  58     Assert.assertEquals(alpred.getSequenceAt(0).getSequenceAsString(),
  59             "asdf-----P-P-P---P---P----P---Pasdf-P--PP---P---asdf");
  60
  61     // result:
  62     //
  63     // al: asdf-----P-P-P---P---P----P---Pasdf-P--PP---P---asdf
  64     // s1: ....SSSSSSS-SS---S---SSSSSS---S....-S--SSSSSSSSS....
  65     // s2: ....SSSSSSS-SSSSSSSSSSS----SSS-....S-SSS-----SSS....
  66   }
  67 }