test/jalview/ws/jws2/ParameterUtilsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.bin.Console;
  31 import jalview.gui.JvOptionPane;
  32 import jalview.ws.jabaws.JalviewJabawsTestUtils;
  33 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  34
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38
  39 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  40 import org.testng.annotations.Test;
  41
  42 import compbio.metadata.Option;
  43 import compbio.metadata.Parameter;
  44 import compbio.metadata.Preset;
  45 import compbio.metadata.PresetManager;
  46 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  47
  48 /*
  49  * All methods in this class are set to the Network group because setUpBeforeClass will fail
  50  * if there is no network.
  51  */
  52 @Test(singleThreaded = true)
  53 public class ParameterUtilsTest
  54 {
  55
  56   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  57   public void setUpJvOptionPane()
  58   {
  59     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  60     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  61   }
  62
  63   /*
  64    * To limit tests to specify services, add them to this list; leave list empty
  65    * to test all
  66    */
  67   private static List<String> serviceTests = new ArrayList<String>();
  68
  69   private static Jws2Discoverer disc = null;
  70
  71   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  72   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  73   {
  74     serviceTests.add("AAConWS".toLowerCase(Locale.ROOT));
  75     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  76     Console.initLogger();
  77     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
  78   }
  79
  80   @Test(groups = { "Network" })
  81   public void testWriteParameterSet() throws WrongParameterException
  82   {
  83     for (Jws2Instance service : disc.getServices())
  84     {
  85       if (isForTesting(service))
  86       {
  87
  88         List<Preset> prl = null;
  89         PresetManager prman = service.getPresets();
  90         if (prman == null)
  91         {
  92           continue;
  93         }
  94         prl = prman.getPresets();
  95         if (prl == null)
  96         {
  97           continue;
  98         }
  99         for (Preset pr : prl)
 100         {
 101           List<String> writeparam = null;
 102           List<String> readparam = null;
 103           writeparam = ParameterUtils.writeParameterSet(
 104                   pr.getArguments(service.getRunnerConfig()), " ");
 105           List<Option> pset = ParameterUtils.processParameters(writeparam,
 106                   service.getRunnerConfig(), " ");
 107           readparam = ParameterUtils.writeParameterSet(pset, " ");
 108           Iterator<String> o = pr.getOptions().iterator();
 109           Iterator<String> s = writeparam.iterator();
 110           Iterator<String> t = readparam.iterator();
 111           boolean failed = false;
 112           while (s.hasNext() && t.hasNext())
 113           {
 114             String on = o.next();
 115             String sn = s.next();
 116             String st = t.next();
 117             final String errorMsg = "Original was " + on
 118                     + " Phase 1 wrote " + sn + "\tPhase 2 wrote " + st;
 119             assertEquals(errorMsg, sn, st);
 120             assertEquals(errorMsg, sn, on);
 121           }
 122         }
 123       }
 124     }
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Returns true if the service is in the list of the ones we chose to test,
 129    * _or_ the list is empty (test all)
 130    *
 131    * @param service
 132    * @return
 133    */
 134   public boolean isForTesting(Jws2Instance service)
 135   {
 136     return serviceTests.size() == 0
 137             || serviceTests.contains(service.serviceType.toLowerCase(Locale.ROOT));
 138   }
 139
 140   @Test(groups = { "Network" })
 141   public void testCopyOption()
 142   {
 143     for (Jws2Instance service : disc.getServices())
 144     {
 145       if (isForTesting(service))
 146       {
 147         List<Option<?>> options = service.getRunnerConfig().getOptions();
 148         for (Option<?> o : options)
 149         {
 150           System.out.println("Testing copyOption for option " + o.getName()
 151                   + " of " + service.getActionText());
 152           Option<?> cpy = ParameterUtils.copyOption(o);
 153           assertTrue(cpy.equals(o));
 154           assertEquals(cpy.getName(), o.getName());
 155           assertFalse(cpy == o);
 156           // todo more assertions?
 157         }
 158       }
 159     }
 160   }
 161
 162   /**
 163    */
 164   @Test(groups = { "Network" })
 165   public void testCopyParameter()
 166   {
 167     for (Jws2Instance service : disc.getServices())
 168     {
 169       if (isForTesting(service))
 170       {
 171         List<Parameter> parameters = service.getRunnerConfig()
 172                 .getParameters();
 173         for (Parameter o : parameters)
 174         {
 175           System.out.println("Testing copyParameter for parameter "
 176                   + o.getName() + " of " + service.getActionText());
 177           Parameter cpy = ParameterUtils.copyParameter(o);
 178           assertTrue(cpy.equals(o));
 179           assertFalse(cpy == o);
 180           assertEquals(cpy.getName(), o.getName());
 181           // todo more assertions?
 182         }
 183       }
 184     }
 185   }
 186 }