test/jalview/ws/rest/Jpred4RSBSService.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
  24 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26
  27 import java.util.Map;
  28
  29 import org.junit.Test;
  30
  31 /**
  32  * @author jimp
  33  *
  34  */
  35 public class Jpred4RSBSService
  36 {
  37
  38   @Test
  39   public void testJPred4ServiceDefinition()
  40   {
  41
  42     assertTrue(
  43             "Test Rsd Exchange with JPred4",
  44             TestRestServiceDescription.testRsdExchange("Test using JPred4",
  45                     RestClient.makeJPred4RestClient().service));
  46   }
  47
  48   @Test
  49   public void testJPred4ServiceDataprep() throws Exception
  50   {
  51     RestClient _rc = RestClient.makeJPred4RestClient();
  52     assertNotNull(_rc);
  53     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false)
  54             .LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa",
  55                     jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  56     assertNotNull("Couldn't find test data.", alf);
  57
  58     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  59
  60     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.", rc);
  61     jalview.bin.Cache.initLogger();
  62     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),
  63             rc.av.getAlignment(), null);
  64     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(),
  65             rc.av.getAlignment());
  66     for (Map.Entry<String, InputType> e : rc.service.getInputParams()
  67             .entrySet())
  68     {
  69       System.out.println("For Input '" + e.getKey() + ":\n"
  70               + e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  71     }
  72   }
  73
  74
  75 }