test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ws.rest;
   5
   6 import static org.junit.Assert.*;
   7
   8 import java.io.BufferedReader;
   9 import java.io.IOException;
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.Hashtable;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Map;
  14
  15 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  16 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  17 import jalview.gui.AlignFrame;
  18 import jalview.io.FileParse;
  19 import jalview.ws.rest.InputType;
  20 import jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector;
  21
  22 import org.junit.AfterClass;
  23 import org.junit.BeforeClass;
  24 import org.junit.Test;
  25
  26 /**
  27  * @author jimp
  28  *
  29  */
  30 public class ShmmrRSBSService
  31 {
  32
  33   @Test
  34   public void testSeparatorListToArrayForRestServiceDescriptions()
  35   {
  36     assertTrue(
  37             "separatorListToArray is faulty.",
  38             RestServiceDescription.separatorListToArray(
  39                     "foo=',',min='foo',max='1,2,3',fa=','", ",").length == 4);
  40     assertTrue("separatorListToArray is faulty.",
  41             RestServiceDescription.separatorListToArray(
  42                     "minsize='2', sep=','", ",").length != 2); // probably should come as 2
  43   }
  44
  45   @Test
  46   public void testShmmrService()
  47   {
  48
  49     assertTrue(
  50             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  51             testRsdExchange("Test using default Shmmr service",
  52                     RestClient.makeShmmrRestClient().service));
  53   }
  54   @Test
  55   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  56   {
  57     RestClient _rc = RestClient.makeShmmrRestClient();
  58     assertNotNull(_rc);
  59     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa", jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  60     assertNotNull("Couldn't find test data.",alf);
  61     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  62             jalview.io.FormatAdapter.FILE, null, null);
  63     assertTrue("Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "+alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()+").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()==5);
  64
  65     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  66
  67
  68
  69     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.",rc);
  70     jalview.bin.Cache.initLogger();
  71     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),rc.av.getAlignment(),null);
  72     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(), rc.av.getAlignment());
  73     for (Map.Entry<String,InputType> e:rc.service.getInputParams().entrySet()) {
  74       System.out.println("For Input '"+e.getKey()+":\n"+e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  75     }
  76   }
  77
  78   private static boolean testRsdExchange(String desc, String servicestring)
  79   {
  80     try
  81     {
  82       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
  83               servicestring);
  84       if (!newService.isValid())
  85       {
  86         throw new Error("Failed to create service from '" + servicestring
  87                 + "'.\n" + newService.getInvalidMessage());
  88       }
  89       return testRsdExchange(desc, newService);
  90     } catch (Throwable x)
  91     {
  92       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
  93               + servicestring);
  94       x.printStackTrace();
  95       return false;
  96     }
  97   }
  98
  99   private static boolean testRsdExchange(String desc,
 100           RestServiceDescription service)
 101   {
 102     try
 103     {
 104       String fromservicetostring = service.toString();
 105       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 106               fromservicetostring);
 107       if (!newService.isValid())
 108       {
 109         throw new Error("Failed to create service from '"
 110                 + fromservicetostring + "'.\n"
 111                 + newService.getInvalidMessage());
 112       }
 113
 114       if (!service.equals(newService))
 115       {
 116         System.err.println("Failed for service (" + desc + ").");
 117         System.err.println("Original service and parsed service differ.");
 118         System.err.println("Original: " + fromservicetostring);
 119         System.err.println("Parsed  : " + newService.toString());
 120         return false;
 121       }
 122     } catch (Throwable x)
 123     {
 124       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 125               + service.toString());
 126       x.printStackTrace();
 127       return false;
 128     }
 129     return true;
 130   }
 131
 132 }