test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28 import jalview.ws.rest.clientdefs.ShmrRestClient;
  29
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 /**
  36  * @author jimp
  37  *
  38  */
  39 public class ShmmrRSBSService
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testShmmrService()
  51   {
  52
  53     assertTrue(
  54             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  55             testRsdExchange("Test using default Shmmr service",
  56                     ShmrRestClient.makeShmmrRestClient().service));
  57   }
  58
  59   @Test(groups = { "Functional" })
  60   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  61   {
  62     RestClient _rc = ShmrRestClient.makeShmmrRestClient();
  63     assertNotNull(_rc);
  64     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false)
  65             .LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa",
  66                     jalview.io.DataSourceType.FILE);
  67     assertNotNull("Couldn't find test data.", alf);
  68     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  69             jalview.io.DataSourceType.FILE, null, null);
  70     assertTrue(
  71             "Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "
  72                     + alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()
  73                     + ").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups()
  74                     .size() == 5);
  75
  76     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  77
  78     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.", rc);
  79     jalview.bin.Cache.initLogger();
  80     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),
  81             rc.av.getAlignment(), null);
  82     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(),
  83             rc.av.getAlignment());
  84     for (Map.Entry<String, InputType> e : rc.service.getInputParams()
  85             .entrySet())
  86     {
  87       System.out.println("For Input '" + e.getKey() + ":\n"
  88               + e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  89     }
  90   }
  91
  92   private static boolean testRsdExchange(String desc, String servicestring)
  93   {
  94     try
  95     {
  96       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
  97               servicestring);
  98       if (!newService.isValid())
  99       {
 100         throw new Error("Failed to create service from '" + servicestring
 101                 + "'.\n" + newService.getInvalidMessage());
 102       }
 103       return testRsdExchange(desc, newService);
 104     } catch (Throwable x)
 105     {
 106       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 107               + servicestring);
 108       x.printStackTrace();
 109       return false;
 110     }
 111   }
 112
 113   private static boolean testRsdExchange(String desc,
 114           RestServiceDescription service)
 115   {
 116     try
 117     {
 118       String fromservicetostring = service.toString();
 119       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 120               fromservicetostring);
 121       if (!newService.isValid())
 122       {
 123         throw new Error("Failed to create service from '"
 124                 + fromservicetostring + "'.\n"
 125                 + newService.getInvalidMessage());
 126       }
 127
 128       if (!service.equals(newService))
 129       {
 130         System.err.println("Failed for service (" + desc + ").");
 131         if (fromservicetostring.equals(newService.toString()))
 132         {
 133           System.err.println(
 134                   "Description strings are equivalent: fault during RestServiceDescription.equals()");
 135           return false;
 136         }
 137         System.err.println("Original service and parsed service differ.");
 138         System.err.println("Original: " + fromservicetostring);
 139         System.err.println("Parsed  : " + newService.toString());
 140         return false;
 141       }
 142     } catch (Throwable x)
 143     {
 144       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 145               + service.toString());
 146       x.printStackTrace();
 147       return false;
 148     }
 149     return true;
 150   }
 151
 152 }