test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
  24 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26
  27 import java.util.Map;
  28
  29 import org.junit.Test;
  30
  31 /**
  32  * @author jimp
  33  *
  34  */
  35 public class ShmmrRSBSService
  36 {
  37
  38   @Test
  39   public void testShmmrService()
  40   {
  41
  42     assertTrue(
  43             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  44             TestRestServiceDescription.testRsdExchange(
  45                     "Test using default Shmmr service",
  46                     RestClient.makeShmmrRestClient().service));
  47   }
  48
  49   @Test
  50   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  51   {
  52     RestClient _rc = RestClient.makeShmmrRestClient();
  53     assertNotNull(_rc);
  54     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false)
  55             .LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa",
  56                     jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  57     assertNotNull("Couldn't find test data.", alf);
  58     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  59             jalview.io.FormatAdapter.FILE, null, null);
  60     assertTrue(
  61             "Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "
  62                     + alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()
  63                     + ").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups()
  64                     .size() == 5);
  65
  66     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  67
  68     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.", rc);
  69     jalview.bin.Cache.initLogger();
  70     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),
  71             rc.av.getAlignment(), null);
  72     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(),
  73             rc.av.getAlignment());
  74     for (Map.Entry<String, InputType> e : rc.service.getInputParams()
  75             .entrySet())
  76     {
  77       System.out.println("For Input '" + e.getKey() + ":\n"
  78               + e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  79     }
  80   }
  81
  82 }