test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

   1 /*
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  18  */
  19 package jalview.ws.rest;
  20
  21 import static org.junit.Assert.*;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.Hashtable;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Map;
  29
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  32 import jalview.gui.AlignFrame;
  33 import jalview.io.FileParse;
  34 import jalview.ws.rest.InputType;
  35 import jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector;
  36
  37 import org.junit.AfterClass;
  38 import org.junit.BeforeClass;
  39 import org.junit.Test;
  40
  41 /**
  42  * @author jimp
  43  *
  44  */
  45 public class ShmmrRSBSService
  46 {
  47
  48   @Test
  49   public void testSeparatorListToArrayForRestServiceDescriptions()
  50   {
  51     assertTrue(
  52             "separatorListToArray is faulty.",
  53             RestServiceDescription.separatorListToArray(
  54                     "foo=',',min='foo',max='1,2,3',fa=','", ",").length == 4);
  55     assertTrue("separatorListToArray is faulty.",
  56             RestServiceDescription.separatorListToArray(
  57                     "minsize='2', sep=','", ",").length != 2); // probably should come as 2
  58   }
  59
  60   @Test
  61   public void testShmmrService()
  62   {
  63
  64     assertTrue(
  65             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  66             testRsdExchange("Test using default Shmmr service",
  67                     RestClient.makeShmmrRestClient().service));
  68   }
  69   @Test
  70   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  71   {
  72     RestClient _rc = RestClient.makeShmmrRestClient();
  73     assertNotNull(_rc);
  74     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa", jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  75     assertNotNull("Couldn't find test data.",alf);
  76     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  77             jalview.io.FormatAdapter.FILE, null, null);
  78     assertTrue("Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "+alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()+").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()==5);
  79
  80     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  81
  82
  83
  84     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.",rc);
  85     jalview.bin.Cache.initLogger();
  86     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),rc.av.getAlignment(),null);
  87     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(), rc.av.getAlignment());
  88     for (Map.Entry<String,InputType> e:rc.service.getInputParams().entrySet()) {
  89       System.out.println("For Input '"+e.getKey()+":\n"+e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  90     }
  91   }
  92
  93   private static boolean testRsdExchange(String desc, String servicestring)
  94   {
  95     try
  96     {
  97       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
  98               servicestring);
  99       if (!newService.isValid())
 100       {
 101         throw new Error("Failed to create service from '" + servicestring
 102                 + "'.\n" + newService.getInvalidMessage());
 103       }
 104       return testRsdExchange(desc, newService);
 105     } catch (Throwable x)
 106     {
 107       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 108               + servicestring);
 109       x.printStackTrace();
 110       return false;
 111     }
 112   }
 113
 114   private static boolean testRsdExchange(String desc,
 115           RestServiceDescription service)
 116   {
 117     try
 118     {
 119       String fromservicetostring = service.toString();
 120       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 121               fromservicetostring);
 122       if (!newService.isValid())
 123       {
 124         throw new Error("Failed to create service from '"
 125                 + fromservicetostring + "'.\n"
 126                 + newService.getInvalidMessage());
 127       }
 128
 129       if (!service.equals(newService))
 130       {
 131         System.err.println("Failed for service (" + desc + ").");
 132         System.err.println("Original service and parsed service differ.");
 133         System.err.println("Original: " + fromservicetostring);
 134         System.err.println("Parsed  : " + newService.toString());
 135         return false;
 136       }
 137     } catch (Throwable x)
 138     {
 139       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 140               + service.toString());
 141       x.printStackTrace();
 142       return false;
 143     }
 144     return true;
 145   }
 146
 147 }