test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

   1 /*
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27
  28 import java.util.Map;
  29
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 /**
  33  * @author jimp
  34  *
  35  */
  36 public class ShmmrRSBSService
  37 {
  38
  39   @Test(groups = { "Functional" })
  40   public void testShmmrService()
  41   {
  42
  43     assertTrue(
  44             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  45             testRsdExchange("Test using default Shmmr service",
  46                     RestClient.makeShmmrRestClient().service));
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  51   {
  52     RestClient _rc = RestClient.makeShmmrRestClient();
  53     assertNotNull(_rc);
  54     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false)
  55             .LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa",
  56                     jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  57     assertNotNull("Couldn't find test data.", alf);
  58     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  59             jalview.io.FormatAdapter.FILE, null, null);
  60     assertTrue(
  61             "Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "
  62                     + alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()
  63                     + ").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups()
  64                     .size() == 5);
  65
  66     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  67
  68     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.", rc);
  69     jalview.bin.Cache.initLogger();
  70     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),
  71             rc.av.getAlignment(), null);
  72     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(),
  73             rc.av.getAlignment());
  74     for (Map.Entry<String, InputType> e : rc.service.getInputParams()
  75             .entrySet())
  76     {
  77       System.out.println("For Input '" + e.getKey() + ":\n"
  78               + e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  79     }
  80   }
  81
  82   private static boolean testRsdExchange(String desc, String servicestring)
  83   {
  84     try
  85     {
  86       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
  87               servicestring);
  88       if (!newService.isValid())
  89       {
  90         throw new Error("Failed to create service from '" + servicestring
  91                 + "'.\n" + newService.getInvalidMessage());
  92       }
  93       return testRsdExchange(desc, newService);
  94     } catch (Throwable x)
  95     {
  96       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
  97               + servicestring);
  98       x.printStackTrace();
  99       return false;
 100     }
 101   }
 102
 103   private static boolean testRsdExchange(String desc,
 104           RestServiceDescription service)
 105   {
 106     try
 107     {
 108       String fromservicetostring = service.toString();
 109       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 110               fromservicetostring);
 111       if (!newService.isValid())
 112       {
 113         throw new Error("Failed to create service from '"
 114                 + fromservicetostring + "'.\n"
 115                 + newService.getInvalidMessage());
 116       }
 117
 118       if (!service.equals(newService))
 119       {
 120         System.err.println("Failed for service (" + desc + ").");
 121         System.err.println("Original service and parsed service differ.");
 122         System.err.println("Original: " + fromservicetostring);
 123         System.err.println("Parsed  : " + newService.toString());
 124         return false;
 125       }
 126     } catch (Throwable x)
 127     {
 128       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 129               + service.toString());
 130       x.printStackTrace();
 131       return false;
 132     }
 133     return true;
 134   }
 135
 136 }